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- PDB-4zox: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae Sqt1 bound to t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zox
タイトルCrystal structure of the Saccharomyces cerevisiae Sqt1 bound to the N-terminus of the ribosomal protein L10
要素
  • 60S ribosomal protein L10
  • Ribosome assembly protein SQT1
キーワードCHAPERONE / ribosomal biogenesis / WD40 - repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translational termination / ribosomal large subunit biogenesis / unfolded protein binding / ribosomal large subunit assembly ...SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translational termination / ribosomal large subunit biogenesis / unfolded protein binding / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily ...: / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome assembly protein SQT1 / Large ribosomal subunit protein uL16
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Pausch, P. / Altegoer, F. / Bange, G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Co-translational capturing of nascent ribosomal proteins by their dedicated chaperones.
著者: Pausch, P. / Singh, U. / Ahmed, Y.L. / Pillet, B. / Murat, G. / Altegoer, F. / Stier, G. / Thoms, M. / Hurt, E. / Sinning, I. / Bange, G. / Kressler, D.
履歴
登録2015年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月8日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome assembly protein SQT1
B: 60S ribosomal protein L10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9032
ポリマ－44,9032
非ポリマー00
水10,070559
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area15750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.273, 89.252, 53.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-673-

HOH

21A-845-

HOH

31A-904-

HOH

41A-1029-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ribosome assembly protein SQT1


分子量: 41408.727 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 53-431 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SQT1, YIR012W, YIB12W / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P35184
#2: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L10 / rpl10 / L9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein


分子量: 3494.010 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RPL10, GRC5, QSR1, YLR075W / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41805
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ca-acetate, 0.1 M Nacacodylate pH 6.5, 40% (v/v) PEG600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97239 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97239 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→44.63 Å / Num. obs: 44971 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 18.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1685精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZOV

4zov


解像度: 1.6→44.626 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1806 2267 5.04 %
Rwork0.1461 --
obs0.1479 44971 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.626 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3015 0 0 559 3574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1274171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4651090
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005537
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.63480.19421230.152599X-RAY DIFFRACTION97
1.6348-1.67290.19331510.14322663X-RAY DIFFRACTION100
1.6729-1.71470.18631310.15092673X-RAY DIFFRACTION100
1.7147-1.76110.17651560.14072658X-RAY DIFFRACTION100
1.7611-1.81290.19181460.14092669X-RAY DIFFRACTION100
1.8129-1.87140.17451440.1462645X-RAY DIFFRACTION99
1.8714-1.93830.17831430.14192648X-RAY DIFFRACTION99
1.9383-2.01590.17241440.14292650X-RAY DIFFRACTION100
2.0159-2.10760.20131360.14642674X-RAY DIFFRACTION100
2.1076-2.21870.1851420.14732681X-RAY DIFFRACTION100
2.2187-2.35770.191480.15422662X-RAY DIFFRACTION99
2.3577-2.53980.17641490.15752653X-RAY DIFFRACTION99
2.5398-2.79530.2051270.16422706X-RAY DIFFRACTION100
2.7953-3.19970.18941470.15312691X-RAY DIFFRACTION100
3.1997-4.03090.16341440.13582677X-RAY DIFFRACTION100
4.0309-44.64330.1621360.13522755X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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