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- PDB-4zou: Crystal structure of the BTB domain of SLX4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zou
タイトルCrystal structure of the BTB domain of SLX4
要素Structure-specific endonuclease subunit SLX4
キーワードHYDROLASE / telomere / t-loop / endonuclease / ALT
機能・相同性
機能・相同性情報


Slx1-Slx4 complex / positive regulation of t-circle formation / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / resolution of meiotic recombination intermediates / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / positive regulation of telomere maintenance ...Slx1-Slx4 complex / positive regulation of t-circle formation / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / resolution of meiotic recombination intermediates / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / positive regulation of telomere maintenance / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / nucleotide-excision repair / enzyme activator activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / DNA repair / chromatin / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Structure-specific endonuclease subunit Slx4 / Slx4 endonuclease / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain ...Structure-specific endonuclease subunit Slx4 / Slx4 endonuclease / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Structure-specific endonuclease subunit SLX4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Wan, B. / Chen, Y. / Wu, J. / Liu, Y. / Lei, M.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: The BTB domain is both a structural and functional pivot of the SLX4-nuclease complex
著者: Wan, B. / Chen, Y. / Wu, J. / Liu, Y. / Lei, M.
履歴
登録2015年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structure-specific endonuclease subunit SLX4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0231
ポリマ－13,0231
非ポリマー00
水57632
1
A: Structure-specific endonuclease subunit SLX4

A: Structure-specific endonuclease subunit SLX4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0452
ポリマ－26,0452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.391, 96.391, 71.825
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-801-

HOH

21A-820-

HOH

31A-824-

HOH

41A-829-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Structure-specific endonuclease subunit SLX4 / BTB/POZ domain-containing protein 12


分子量: 13022.712 Da / 分子数: 1 / 断片: BTB domain (UNP RESIDUES 669-787) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLX4, BTBD12, KIAA1784, KIAA1987 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IY92
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 4-6% PEG 6000, 0.1 M HEPES, pH 7.6, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→100 Å / Num. obs: 11151 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 16.8 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.078 / Net I/av σ(I): 37.125 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 187864
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.2312.40.80810460.627196.1
2.23-2.3215.80.77110880.65199.9
2.32-2.4217.90.5610850.6551100
2.42-2.5518.10.39711010.6791100
2.55-2.71180.27210960.6931100
2.71-2.9217.90.16511040.7331100
2.92-3.2117.80.11611160.8871100
3.21-3.6817.60.08911241.6751100
3.68-4.6317.10.0711562.4921100
4.63-10015.90.03712351.483199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータ削減
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→41.739 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 532 4.79 %
Rwork0.2011 --
obs0.203 11108 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.708 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 131.9 Å2 / Biso mean: 58.5748 Å2 / Biso min: 22.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.0259 Å2-0 Å2-0 Å2
2--7.0259 Å20 Å2
3----14.0517 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→41.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数906 0 0 32 938
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07150.0093-0.10080.4182-0.16441.3130.1135-0.0455-0.05480.22150.04650.3342-0.9854-0.0730.02560.7834-0.0273-0.0350.3984-0.00010.383-48.5624-8.20385.897
20.09990.2153-0.39650.7917-0.35951.27220.04130.021-0.33360.0819-0.1848-0.1982-0.19860.43790.10550.3168-0.0641-0.03920.39390.02910.3536-37.9724-23.7563-0.6263
31.1780.1542-0.6782.632-1.42832.7923-0.262-0.4043-0.2556-0.5380.09390.02930.53110.54630.06850.4688-0.0047-0.00440.57380.03310.4381-37.7123-29.9235-8.157
41.71921.3303-0.86992.0735-1.42531.3102-0.2818-0.0363-0.2851-0.647-0.034-0.1970.35930.44980.13680.43120.0040.00960.82830.08030.4156-36.21-32.8142-2.8505
51.94-1.00550.0842.40930.47942.43480.18440.04250.4718-0.1703-0.1196-0.6085-0.77410.9799-0.06580.4728-0.1781-0.02890.60650.01560.4293-32.898-16.0126-2.4334
61.51190.49490.23592.3996-0.19691.0727-0.03740.55340.47480.0476-0.4562-0.6186-0.75750.2371-0.3510.7322-0.3531-0.0260.49690.15860.5631-32.1925-9.1205-8.7846
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 669:684)A669 - 684
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 685:714)A685 - 714
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 715:732)A715 - 732
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 733:739)A733 - 739
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 740:757)A740 - 757
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 758:787)A758 - 787

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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