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- PDB-5e5l: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis L,D-transpeptidas... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5e5l | ||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis L,D-transpeptidase 1 at 1.89 Angstrom | ||||||
![]() | L,D-transpeptidase 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Peptidoglycan synthesis enzyme / cell wall enzyme | ||||||
Function / homology | ![]() peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / Transferases; Acyltransferases; Aminoacyltransferases / acyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / periplasmic space / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumar, P. / Lamichhane, G. / Ginell, S.L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Non-classical transpeptidases yield insight into new antibacterials. Authors: Kumar, P. / Kaushik, A. / Lloyd, E.P. / Li, S.G. / Mattoo, R. / Ammerman, N.C. / Bell, D.T. / Perryman, A.L. / Zandi, T.A. / Ekins, S. / Ginell, S.L. / Townsend, C.A. / Freundlich, J.S. / Lamichhane, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 165.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 129.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 450.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 466.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 32.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 47.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5du7C ![]() 5dujC ![]() 5dvpC ![]() 5dzjC ![]() 5dzpC ![]() 5e1gC ![]() 5e1iC ![]() 5e51C ![]() 5k69C ![]() 3jmnS ![]() 5dvq ![]() 5dwt C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23966.965 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Residues 32-251 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O53638, Transferases; Acyltransferases; Aminoacyltransferases #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG6000, Bicine / PH range: pH 9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 17, 2015 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.89→24.54 Å / Num. obs: 72790 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 0.984 / Net I/av σ(I): 18.615 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 317362 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3JMN Resolution: 1.89→24.537 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 27.83 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.89→24.537 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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