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- PDB-4zot: Crystal structure of BbKI, a disulfide-free plasma kallikrein inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zot
タイトルCrystal structure of BbKI, a disulfide-free plasma kallikrein inhibitor at 1.4 A resolution
要素Kunitz-type serine protease inhibitor BbKI
キーワードPROTEIN BINDING / kallikrein inhibitor / Kunitz-type kallikrein inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kunitz-type serine protease inhibitor BbKI
類似検索 - 構成要素
生物種Bauhinia bauhinioides (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / Zhou, D. / Wlodawer, A. / Oliva, M.L.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of BbKI, a disulfide-free plasma kallikrein inhibitor.
著者: Zhou, D. / Hansen, D. / Shabalin, I.G. / Gustchina, A. / Vieira, D.F. / de Brito, M.V. / Araujo, A.P. / Oliva, M.L. / Wlodawer, A.
履歴
登録2015年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22015年8月19日Group: Database references
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kunitz-type serine protease inhibitor BbKI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3661
ポリマ－18,3661
非ポリマー00
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.736, 59.462, 64.011
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kunitz-type serine protease inhibitor BbKI


分子量: 18365.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bauhinia bauhinioides (マメ科) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P83052
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: rBbKI in 0.05 M Tris/HCl, pH 8.0, and 0.15 M NaCl was concentrated to 6.3 mg/ml and crystallized using the conditions 8% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6. Cryoprotectant solution - ...詳細: rBbKI in 0.05 M Tris/HCl, pH 8.0, and 0.15 M NaCl was concentrated to 6.3 mg/ml and crystallized using the conditions 8% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6. Cryoprotectant solution - mother liquor with extra 25% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月7日
詳細: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 34445 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.054 / Rsym value: 0.048 / Χ2: 0.958 / Net I/av σ(I): 32.805 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 171809
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.4-1.424.80.6281.916310.7520.3110.7040.63593.3
1.42-1.4550.51916630.8150.2540.5810.6594
1.45-1.4850.46916570.8330.2280.5240.66494.9
1.48-1.515.10.37616810.9040.1810.420.6993.8
1.51-1.5450.31516780.9190.1540.3530.69696.2
1.54-1.585.10.25516760.9420.1240.2850.70494.7
1.58-1.6250.20916920.9610.1010.2340.69595
1.62-1.6650.17917010.9690.0870.2010.7596.3
1.66-1.715.10.14617040.9780.0710.1630.76595.7
1.71-1.7650.11716970.9860.0570.1310.81896.2
1.76-1.8350.09517230.990.0460.1060.84996.6
1.83-1.950.07517280.9950.0370.0840.86296.8
1.9-1.9950.06217490.9950.030.0690.96497.2
1.99-2.0950.05317290.9960.0260.061.01297
2.09-2.2250.05117390.9960.0250.0581.22196.9
2.22-2.3950.04917610.9960.0240.0551.33598.3
2.39-2.634.90.04417750.9960.0220.0491.30797.8
2.63-3.024.90.03818010.9980.0190.0421.28998.5
3.02-3.84.90.03418190.9980.0160.0381.48397.8
3.8-504.80.03418410.9970.0170.0391.66693.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GO2

2go2


解像度: 1.4→43.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.1634 / WRfactor Rwork: 0.1235 / FOM work R set: 0.8947 / SU B: 1.823 / SU ML: 0.032 / SU R Cruickshank DPI: 0.0503 / SU Rfree: 0.0519 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1665 1726 5 %RANDOM
Rwork0.1226 ---
obs0.1247 32686 96.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.6 Å2 / Biso mean: 23.091 Å2 / Biso min: 8.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.11 Å2-0 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→43.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1248 0 0 213 1461
Biso mean---40.52 -
残基数----163
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191358
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7791.9731864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8633049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6455182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.02224.03557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.19715231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.965157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1690.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9431.935678
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.94167.566677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6562.906853
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.81731358
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.7520.169
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.4850.11458
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 128 -
Rwork0.229 2284 -
all-2412 -
obs--92.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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