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万見
- PDB-4znb: METALLO-BETA-LACTAMASE (C181S MUTANT) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4znb
タイトルMETALLO-BETA-LACTAMASE (C181S MUTANT)
要素METALLO-BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / BETA-LACTAMASE / METALLO BETA-LACTAMASE / CADMIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Li, Z. / Herzberg, O.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Structural consequences of the active site substitution Cys181 --> Ser in metallo-beta-lactamase from Bacteroides fragilis.
著者: Li, Z. / Rasmussen, B.A. / Herzberg, O.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Crystal Structures of the Cadmium-and Mercury-Substituted Metallo-Beta-Lactamase from Bacteroides Fragilis
著者: Concha, N.O. / Rasmussen, B.A. / Bush, K. / Herzberg, O.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of the Wide-Spectrum Binuclear Zinc Beta-Lactamase from Bacteroides Fragilis
著者: Concha, N.O. / Rasmussen, B.A. / Bush, K. / Herzberg, O.
履歴
登録1998年10月20日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.source / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METALLO-BETA-LACTAMASE
B: METALLO-BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6866
ポリマ－50,5092
非ポリマー1774
水1,838102
1
A: METALLO-BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3433
ポリマ－25,2541
非ポリマー882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: METALLO-BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3433
ポリマ－25,2541
非ポリマー882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.000, 78.000, 139.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 METALLO-BETA-LACTAMASE / CLASS B BETA-LACTAMASE


分子量: 25254.430 Da / 分子数: 2 / 変異: C181S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: CCRA3 (WITHOUT SIGNAL SEQUENCE / Variant: CLINICAL ISOLATE QMCN3
Plasmid details: MK16 DERIVATIVE HARBORING THE T7 EXPRESSION REGION OF PET3 CLONED WITHIN THE TETRACYCLINE RESISTANCE MARKER
プラスミド: PCLL2216 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): CCRA3 (WITHOUT SIGNAL SEQUENCE) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P25910, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CYS 181 IS REPLACED BY SER. THE ZN2 SITE IS UNOCCUPIED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
30.01 mM1dropZnCl2
40.3 M1dropNaCl
526-28 %PEG20001reservoir
60.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→10.9 Å / Num. obs: 12469 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.65→2.82 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.452 / % possible all: 83
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83 % / Num. unique obs: 1781

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.65→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT (ALMOST) / σ(F): 2 / 詳細: OVERALL R IS 0.177 (WORK+TEST SET)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 831 8 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.173 10349 95 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3393 0 4 102 3499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19_CA.IONTOPH19_CA.ION
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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