PDB-4zlx: N-terminal DNA binding domain of the antitoxin Phd from phage P1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zlx

タイトル

N-terminal DNA binding domain of the antitoxin Phd from phage P1

要素

Antitoxin phd

キーワード

TRANSCRIPTION / transcription factor / toxin-antitoxin / DNA binding / intrinsic disorder / conditional cooperativity

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin sequestering activity / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage P1 (ファージ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Garcia-Pino, A. / Loris, R.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: An intrinsically disordered entropic switch determines allostery in Phd-Doc regulation.
著者: Garcia-Pino, A. / De Gieter, S. / Talavera, A. / De Greve, H. / Efremov, R.G. / Loris, R.

履歴

登録	2015年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月4日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月18日	Group: Database references
改定 1.3	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zlx.cif.gz	52.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zlx.ent.gz	36.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zlx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zlx_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zlx_full_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示
XML形式データ	4zlx_validation.xml.gz	6.6 KB	表示
CIF形式データ	4zlx_validation.cif.gz	8.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/4zlx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/4zlx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zm0C 4zm2C 3hs2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zbo-2 6gpm-d 3rl7-5 4dhj-6 1c6r-d 6lvu-1 4eie-d 5ht9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antitoxin phd

B: Antitoxin phd

ヘテロ分子

12.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.940, 42.940, 100.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Antitoxin phd / Addiction protein pdh / Prevent host death protein 分子量: 6169.816 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-45 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ) 遺伝子: phd / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06253
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM Lithium Sulfate monohydrate, 20% w/v PEG3350 / PH範囲: 6.0 - 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→29.9 Å / Num. obs: 4518 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.14 Å² / Net I/σ(I): 57.8
反射シェル	解像度: 2.31→2.39 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 17.9 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HS2

3hs2

解像度: 2.31→29.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9335 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8965 / SU R Cruickshank DPI: 0.329 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.338 / SU R_free Blow DPI: 0.24 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.241

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2452	211	5 %	RANDOM
R_work	0.1787	-	-	-
obs	0.1817	4497	97.53 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7423 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.7423 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.4845 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.302 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→29.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	715	0	20	55	790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	753	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.19	1013	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		265	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		23	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		111	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		753	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.2
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.27
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		100	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		935	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.31→2.58 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2518	67	5.44 %
R_work	0.1702	1165	-
all	0.1746	1232	-
obs	-	-	97.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8749	0.0272	-2.9685	3.2026	-1.4573	4.9776	-0.374	-0.3316	-0.7485	0.06	-0.2377	-0.1436	0.5428	-0.0341	0.6116	-0.0743	0.0516	0.1191	-0.1664	0.0411	0.0345	-20.8251	-2.4148	10.8436
2	6.7195	1.234	-4.0898	1.5547	0.8259	3.7963	-0.3514	0.6023	-0.4009	-0.364	-0.0252	-0.0043	-0.0308	-0.431	0.3766	0.0169	0.0079	0.0252	-0.0827	-0.0219	0.0174	-19.8115	2.8559	4.3883

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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