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Yorodumi- PDB-4zm0: Antitoxin Phd from phage P1 in complex with its operator DNA inve... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zm0 | ||||||
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Title | Antitoxin Phd from phage P1 in complex with its operator DNA inverted repeat | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / transcription factor / toxin-antitoxin / DNA binding / intrinsic disorder / conditional cooperativity / protein-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information toxin sequestering activity / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterobacteria phage P1 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.17 Å | ||||||
Authors | Garcia-Pino, A. / Loris, R. | ||||||
Funding support | Belgium, 1items
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Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2016 Title: An intrinsically disordered entropic switch determines allostery in Phd-Doc regulation. Authors: Garcia-Pino, A. / De Gieter, S. / Talavera, A. / De Greve, H. / Efremov, R.G. / Loris, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zm0.cif.gz | 159 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zm0.ent.gz | 126.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zm0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4zm0_validation.pdf.gz | 486.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4zm0_full_validation.pdf.gz | 488.3 KB | Display | |
Data in XML | 4zm0_validation.xml.gz | 11.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4zm0_validation.cif.gz | 15.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/4zm0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4zlxC 4zm2C 3hs2S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 8143.076 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The C-terminal region of the protein is intrinsically disordered Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage P1 (virus) / Gene: phd / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q06253 #2: DNA chain | Mass: 4270.790 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Enterobacteria phage P1 (virus) #3: DNA chain | Mass: 4288.817 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Enterobacteria phage P1 (virus) #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.28 Å3/Da / Density % sol: 80.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 25% PEG1000 / PH range: 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 13, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.17→49.1 Å / Num. obs: 22065 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 21.6 % / Biso Wilson estimate: 64.42 Å2 / Net I/σ(I): 10.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.17→3.28 Å / Redundancy: 20.5 % / Rmerge(I) obs: 5.7 / Mean I/σ(I) obs: 0.42 / % possible all: 96.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3HS2 Resolution: 3.17→49.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9224 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9356 / SU R Cruickshank DPI: 0.351 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.365 / SU Rfree Blow DPI: 0.279 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.275
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Displacement parameters | Biso mean: 167.2 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 1.285 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.17→49.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.17→3.33 Å / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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