[日本語] English
万見
- PDB-4zlr: Structure of the Brat-NHL domain bound to consensus RNA motif -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zlr
タイトルStructure of the Brat-NHL domain bound to consensus RNA motif
要素
  • Brain tumor protein
  • RNA (5'-R(*UP*UP*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードTRANSLATION / NHL-domain / beta-propeller / RNA binding / translational repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


asymmetric neuroblast division resulting in ganglion mother cell formation / ganglion mother cell fate determination / neuroblast development / neuroblast fate determination / segmentation / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / asymmetric cell division / ventral cord development / basal cortex / regulation of neuroblast proliferation ...asymmetric neuroblast division resulting in ganglion mother cell formation / ganglion mother cell fate determination / neuroblast development / neuroblast fate determination / segmentation / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / asymmetric cell division / ventral cord development / basal cortex / regulation of neuroblast proliferation / neuroblast differentiation / Neutrophil degranulation / apical cortex / regulation of synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of neuroblast proliferation / oogenesis / rRNA transcription / regulation of neurogenesis / neuroblast proliferation / translation regulator activity / translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / brain development / neuron differentiation / regulation of translation / negative regulation of translation / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / TolB, C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like ...: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / TolB, C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Brain tumor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jakob, L. / Treiber, N. / Treiber, T. / Stotz, M. / Loedige, I. / Meister, G.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of the NHL Domain in Complex with RNA Reveals the Molecular Basis of Drosophila Brain-Tumor-Mediated Gene Regulation.
著者: Loedige, I. / Jakob, L. / Treiber, T. / Ray, D. / Stotz, M. / Treiber, N. / Hennig, J. / Cook, K.B. / Morris, Q. / Hughes, T.R. / Engelmann, J.C. / Krahn, M.P. / Meister, G.
履歴
登録2015年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Brain tumor protein
C: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
B: Brain tumor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,21015
ポリマ－68,5583
非ポリマー1,65212
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7200 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area23740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.190, 70.190, 279.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Brain tumor protein


分子量: 31966.416 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 756-1037 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: brat, CG10719 / プラスミド: pHUE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8MQJ9
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 4625.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 350分子

#3: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2 M Ammonium Sulfate, 5 % PEG 400, 100 mM MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.765 Å / Num. obs: 32238 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.04 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rsym value: 0.235 / Net I/σ(I): 11.77
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 12.27 % / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q7F

1q7f


解像度: 2.3→19.765 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2194 1612 5 %
Rwork0.1875 --
obs0.1891 32237 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4398 275 98 338 5109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034899
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7546665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.591865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002825
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.36760.30181310.23942498X-RAY DIFFRACTION100
2.3676-2.44390.25461310.23332486X-RAY DIFFRACTION100
2.4439-2.53110.27391320.23232507X-RAY DIFFRACTION100
2.5311-2.63220.28071310.22212489X-RAY DIFFRACTION100
2.6322-2.75170.24221320.20842518X-RAY DIFFRACTION100
2.7517-2.89630.23231320.20712505X-RAY DIFFRACTION100
2.8963-3.07720.25391340.19562547X-RAY DIFFRACTION100
3.0772-3.31370.23541340.18972530X-RAY DIFFRACTION100
3.3137-3.64530.22741340.16672548X-RAY DIFFRACTION100
3.6453-4.16850.16041360.15372584X-RAY DIFFRACTION100
4.1685-5.23570.15091380.14642621X-RAY DIFFRACTION100
5.2357-19.76610.23411470.20782792X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る