[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6ebg: Ohr (Organic Hydroperoxide Resistance protein) mutant - C60S inte... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ebg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Ohr (Organic Hydroperoxide Resistance protein) mutant - C60S interacting with dihydrolipoamide | ||||||
![]() | Organic hydroperoxide resistance protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Ohr / thiol-proxidase / dihydrolipoamide | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Domingos, R.M. / Teixeira, R.D. / Alegria, T.G.P. / Vieira, P.S. / Murakami, M.T. / Netto, L.E.S. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Substrate and product-assisted catalysis: molecular aspects behind structural switches along Organic Hydroperoxide Resistance Protein catalytic cycle Authors: Domingos, R.M. / Teixeira, R.D. / Zeida, A. / Agudelo, W.A. / Alegria, T.G.P. / da Silva Neto, J.F. / Vieira, P.S. / Murakami, M.T. / Farah, C.S. / Estrin, D.A. / Netto, L.E.S. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 221.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 178.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6eb4SC ![]() 6ebcC ![]() 6ebdC ![]() 6ecyC ![]() 6ed0C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 16836.842 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C60S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-J3S / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.45 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Purified Ohr_C60S protein 10mg/ml in 5mM Tris-Hcl pH 7.4 Crystallisation conditions: Magnesium Clhoride 200mM, BIS-TRIS 100mM pH 5.5, PEG 3,350 25%w/v crystal was soaked overnight in ...Details: Purified Ohr_C60S protein 10mg/ml in 5mM Tris-Hcl pH 7.4 Crystallisation conditions: Magnesium Clhoride 200mM, BIS-TRIS 100mM pH 5.5, PEG 3,350 25%w/v crystal was soaked overnight in Lipoamide 5mM, solved in 5% ethanol and Crystallisation condition |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2016 |
Radiation | Monochromator: 0.97946 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→39.8 Å / Num. obs: 40280 / % possible obs: 92.5 % / Redundancy: 19.8 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.227 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.22 Å / Redundancy: 17.9 % / Num. unique obs: 3786 / CC1/2: 0.463 / Rpim(I) all: 1.913 / Rrim(I) all: 5.789 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6EB4 Resolution: 2.15→39.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 16.723 / SU ML: 0.182 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.176 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 55.961 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.15→39.8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|