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- PDB-4zl5: Crystal structure of the PmFTN variant E44H soaked in iron (45 min) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zl5
タイトルCrystal structure of the PmFTN variant E44H soaked in iron (45 min)
要素Ferritin
キーワードOXIDOREDUCTASE / ferritin / di-iron ferroxidase centre / 4-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudo-nitzschia multiseries (珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
Model details45 min soaked
データ登録者Pfaffen, S. / Murphy, M.E.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: A Diatom Ferritin Optimized for Iron Oxidation but Not Iron Storage.
著者: Pfaffen, S. / Bradley, J.M. / Abdulqadir, R. / Firme, M.R. / Moore, G.R. / Le Brun, N.E. / Murphy, M.E.
履歴
登録2015年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_keywords.pdbx_keywords

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ferritin
A: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,19130
ポリマ－113,8516
非ポリマー1,34024
水12,592699
1
B: Ferritin
A: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

B: Ferritin
A: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

B: Ferritin
A: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子

B: Ferritin
A: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,765120
ポリマ－455,40424
非ポリマー5,36196
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area78240 Å2
ΔGint-1401 kcal/mol
Surface area136820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.460, 126.460, 170.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-204-

FE

21A-427-

HOH

31C-402-

HOH

41C-403-

HOH

51D-412-

HOH

61E-306-

HOH

71E-307-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Ferritin


分子量: 18975.146 Da / 分子数: 6 / 変異: E44H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudo-nitzschia multiseries (珪藻)
遺伝子: FTN / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: B6DMH6, ferroxidase
#2: 化合物...
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 699 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodiaum acetate pH 5.5, Ammonium sulfate, NaCl / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.7 % / 数: 789488 / Rsym value: 0.083 / D res high: 1.85 Å / D res low: 170.31 Å / Num. obs: 117178 / % possible obs: 99.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
5.8544.7110.0320.0328.9
4.145.8510.0570.0578.5
3.384.1410.060.068
2.933.3810.0630.0637.1
2.622.9310.0940.0946.7
2.392.6210.1360.1366.4
2.212.3910.1870.1876.2
2.072.2110.2770.2776.2
1.952.0710.470.476.2
1.851.9510.8090.8096.3
反射解像度: 1.85→47.93 Å / Num. all: 117178 / Num. obs: 117178 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.096 / Rsym value: 0.083 / Net I/av σ(I): 6.578 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 789488
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.85-1.956.30.8090.9105995168100.3510.8092.199.2
1.95-2.076.20.471.699043158980.2070.473.599.1
2.07-2.216.20.2772.792854150470.1240.2775.699.4
2.21-2.396.20.1873.987303140810.0840.187899.7
2.39-2.626.40.1365.383469129890.060.13610.899.8
2.62-2.936.70.0947.378786118050.0410.09414.799.9
2.93-3.387.10.06310.174385105190.0270.06320.4100
3.38-4.1480.06107153889470.0230.0628100
4.14-5.858.50.0579.85994270260.0210.05730.7100
5.85-44.718.90.03217.83617340560.0120.03231.999.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP11.1.03位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZKH

4zkh


解像度: 1.85→47.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.2028 / WRfactor Rwork: 0.1679 / FOM work R set: 0.8637 / SU B: 2.757 / SU ML: 0.08 / SU R Cruickshank DPI: 0.1068 / SU Rfree: 0.1072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2069 5867 5 %RANDOM
Rwork0.1722 ---
obs0.1739 111284 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.54 Å2 / Biso mean: 29.158 Å2 / Biso min: 6.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å2-0 Å2
2--0.35 Å2-0 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→47.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7517 0 24 699 8240
Biso mean--36.2 34.79 -
残基数----948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0197865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8051.93510740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.922316533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4585988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.51625.481405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.913151275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4031537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.21193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.029254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.622.6043901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6162.6033900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5673.8784906
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 434 -
Rwork0.295 8090 -
all-8524 -
obs--99.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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