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- PDB-4zk5: MAP4K4 in complex with inhibitor GNE-495 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zk5
タイトルMAP4K4 in complex with inhibitor GNE-495
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / kinase / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ARF protein signal transduction / MAP kinase kinase kinase kinase activity / creatine kinase activity / positive regulation of hippo signaling / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of MAPK cascade / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of JNK cascade ...positive regulation of ARF protein signal transduction / MAP kinase kinase kinase kinase activity / creatine kinase activity / positive regulation of hippo signaling / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of MAPK cascade / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of JNK cascade / neuron projection morphogenesis / positive regulation of GTPase activity / MAPK cascade / microtubule binding / Oxidative Stress Induced Senescence / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4P4 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Harris, S.F. / Wu, P. / Coons, M.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Structure-Based Design of GNE-495, a Potent and Selective MAP4K4 Inhibitor with Efficacy in Retinal Angiogenesis.
著者: Ndubaku, C.O. / Crawford, T.D. / Chen, H. / Boggs, J.W. / Drobnick, J. / Harris, S.F. / Jesudason, R. / McNamara, E. / Nonomiya, J. / Sambrone, A. / Schmidt, S. / Smyczek, T. / Vitorino, P. / ...著者: Ndubaku, C.O. / Crawford, T.D. / Chen, H. / Boggs, J.W. / Drobnick, J. / Harris, S.F. / Jesudason, R. / McNamara, E. / Nonomiya, J. / Sambrone, A. / Schmidt, S. / Smyczek, T. / Vitorino, P. / Wang, L. / Wu, P. / Yeung, S. / Chen, J. / Chen, K. / Ding, C.Z. / Wang, T. / Xu, Z. / Gould, S.E. / Murray, L.J. / Ye, W.
履歴
登録2015年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Data collection
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3655
ポリマ－75,7402
非ポリマー6253
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area27060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.352, 89.335, 91.011
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4 / HPK/GCK-like kinase HGK / MAPK/ERK kinase kinase kinase 4 / MEKKK 4 / Nck-interacting kinase


分子量: 37870.078 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain, UNP residues 2-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K4, HGK, KIAA0687, NIK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: O95819, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-4P4 / 8-amino-N-[1-(cyclopropylcarbonyl)azetidin-3-yl]-2-(3-fluorophenyl)-1,7-naphthyridine-5-carboxamide / GNE-495


分子量: 405.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20FN5O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 0.2 M potassium citrate pH 8.3, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月25日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→91.011 Å / Num. all: 15054 / Num. obs: 15054 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 81.23 Å2 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.088 / Rsym value: 0.074 / Net I/av σ(I): 8.786 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 97652
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.89-3.056.60.5281.51423221510.240.5283.399.9
3.05-3.236.30.3572.21285920340.1670.3574.8100
3.23-3.456.80.2043.81327619520.0910.2048.5100
3.45-3.736.70.126.51197917800.0540.1213.599.9
3.73-4.096.30.076101046016520.0360.07618.599.9
4.09-4.576.60.0514.61006115230.0230.0525.899.9
4.57-5.286.60.04117.1892213450.0190.04129.599.9
5.28-6.4660.04715.2691211450.0220.04727.499.8
6.46-9.146.40.03517.259219260.0160.03537.299.9
9.14-91.0115.50.0318.730305460.0140.0344.799.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89→49.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9169 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8837 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.43
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2645 771 5.14 %RANDOM
Rwork0.2129 ---
obs0.2155 15002 99.83 %-
原子変位パラメータBiso max: 166.71 Å2 / Biso mean: 71.95 Å2 / Biso min: 33.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.2 Å20 Å20 Å2
2---15.2792 Å20 Å2
3---9.0792 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.414 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.89→49.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4678 0 43 96 4817
Biso mean--69.4 56.51 -
残基数----580
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1722SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes116HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes712HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4835HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion618SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5529SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4835HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6540HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.17
LS精密化 シェル解像度: 2.89→3.09 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2859 139 5.21 %
Rwork0.2489 2527 -
all0.2507 2666 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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