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- PDB-4zk1: Crystal Structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-Binding Prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zk1
タイトルCrystal Structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-Binding Protein (LsAChBP) in Complex with 3-Pyrrolylmethylene Anabaseine
要素Acetylcholine-binding protein
キーワードACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN / AChBP / nicotinic / receptor / Anabaseine
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4P7 / PHOSPHATE ION / Acetylcholine-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Bobango, J. / Wu, J. / Talley, T.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-Binding Protein (LsAChBP) in Complex with 3-Pyrrolylmethylene Anabaseine
著者: Bobango, J. / Wu, J. / Talley, T.T.
履歴
登録2015年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholine-binding protein
B: Acetylcholine-binding protein
C: Acetylcholine-binding protein
D: Acetylcholine-binding protein
E: Acetylcholine-binding protein
F: Acetylcholine-binding protein
G: Acetylcholine-binding protein
H: Acetylcholine-binding protein
I: Acetylcholine-binding protein
J: Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,91830
ポリマ－248,59510
非ポリマー3,32320
水14,484804
1
A: Acetylcholine-binding protein
B: Acetylcholine-binding protein
C: Acetylcholine-binding protein
D: Acetylcholine-binding protein
E: Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,95915
ポリマ－124,2975
非ポリマー1,66110
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17120 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area41290 Å2
手法PISA
2
F: Acetylcholine-binding protein
G: Acetylcholine-binding protein
H: Acetylcholine-binding protein
I: Acetylcholine-binding protein
J: Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,95915
ポリマ－124,2975
非ポリマー1,66110
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16950 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area41580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.045, 127.998, 122.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Acetylcholine-binding protein / AchBP


分子量: 24859.496 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 20-229 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P58154
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-4P7 / (3E)-3-(1H-pyrrol-3-ylmethylidene)-3,4,5,6-tetrahydro-2,3'-bipyridine / 3-pyrrolylmethylene anabaseine


分子量: 237.300 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H15N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.26 M ammonium phosphate, 35% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月20日
回折測定詳細: 1.00 degrees, 2.0 sec, detector distance 250.00 mm
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.065 / 数: 1844560
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 250015 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/av σ(I): 44.68 / Net I/σ(I): 47.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 3.921 / Rsym value: 0.389 / % possible all: 96.2
Cell measurementReflection used: 1844560

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1YI5, 1UV6, 1UW6, 1UX2, 2ZJU, 2ZJV

1yi5

1uv6

1uw6

1ux2

2zju

2zjv


解像度: 1.75→42.604 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 1997 0.8 %
Rwork0.1918 247244 -
obs0.192 249241 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 64.55 Å2 / Biso mean: 24.0972 Å2 / Biso min: 9.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→42.604 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16401 0 380 804 17585
Biso mean--26.07 27.2 -
残基数----2112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00617045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29523309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053076
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4045993
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.79370.25321370.2211169831712096
1.7937-1.84220.23481430.21031757717720100
1.8422-1.89640.23451480.19811763217780100
1.8964-1.95770.22511400.19011772417864100
1.9577-2.02760.20761400.18741760917749100
2.0276-2.10880.25451450.19571770317848100
2.1088-2.20480.21341440.19661771517859100
2.2048-2.3210.24791420.20371766417806100
2.321-2.46640.23851420.20431774117883100
2.4664-2.65680.24031420.21421767817820100
2.6568-2.92410.25521430.21161773717880100
2.9241-3.34710.23561440.20271775817902100
3.3471-4.21640.18361440.17361779517939100
4.2164-42.61630.17481430.16841792818071100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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