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万見

- PDB-4zjy: Structure of Acetobacter aceti PurE-S57N -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zjy

タイトル

Structure of Acetobacter aceti PurE-S57N

要素

N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

キーワード

ISOMERASE / acidophile / PurE / purine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.791 Å

データ登録者

Sullivan, K.L. / Kappock, T.J.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Serine mutants of Acetobacter aceti PurE
著者: Sullivan, K.L. / Kappock, T.J.

履歴

登録	2015年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zjy.cif.gz	141.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zjy.ent.gz	112 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zjy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4zjy_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zjy_full_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示
XML形式データ	4zjy_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	4zjy_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4zk2C 4zmbC 4ycbS 1u11 4z7j 4zc8 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5clf-1 4ycj-1 5ctj-1 1u11-1 2fw6-1 5clh-1 4zmb-1 2fwb-1 2fwi-1 4ycc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.981, 99.981, 164.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質

N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase / N5-CAIR mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase

分子量: 18909.736 Da / 分子数: 2 / 変異: S57N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)
遺伝子: purE, AZ09_02690 / プラスミド: pET23a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase

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非ポリマー , 5種, 358分子

#2: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 25% (v/v) PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月15日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 39536 / Num. obs: 39533 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 28.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 51.4
反射シェル	解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 28 % / R_merge(I) obs: 0.834 / Mean I/σ(I) obs: 6.295 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4YCB chain A

解像度: 1.791→43.151 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1637	1880	4.76 %	Same as 4ZC8
R_work	0.1379	-	-	-
obs	0.1391	39524	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.791→43.151 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2335	0	17	354	2706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2516
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.027	3464
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.193	933
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	416
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	450

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7913-1.8397	0.2172	137	0.1775	2847	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8397-1.8938	0.19	149	0.151	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8938-1.955	0.1601	138	0.1434	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
1.955-2.0248	0.1683	143	0.1413	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0248-2.1059	0.1624	144	0.138	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1059-2.2017	0.162	142	0.1372	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2017-2.3178	0.1624	144	0.1306	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3178-2.463	0.1748	141	0.1386	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.463-2.6532	0.1744	147	0.1428	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6532-2.9201	0.1889	145	0.1524	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9201-3.3425	0.1544	146	0.1436	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3425-4.2107	0.1494	148	0.1272	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2107-43.1638	0.1489	156	0.1268	3099	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6291	-2.1264	0.775	1.8247	-1.2844	4.5077	0.1393	-0.3974	0.4009	0.348	-0.0354	0.0827	-0.263	0.0234	-0.0373	0.0986	0.0049	0.0139	0.1213	-0.0772	0.1262	-5.7377	30.2912	35.703
2	4.6574	4.335	-1.2338	4.4518	-1.4216	1.8864	0.0528	-0.477	-0.0039	0.1933	-0.1369	-0.0559	0.1356	0.0529	0.0671	0.1683	0.0068	-0.0128	0.2139	-0.027	0.1211	-0.6668	22.9823	41.0836
3	6.4555	4.2455	1.5952	3.8152	1.1636	0.68	0.1264	-0.3787	0.0838	0.2724	-0.1428	-0.1006	0.0399	-0.0851	0.0167	0.1455	-0.0049	-0.0015	0.135	-0.046	0.1082	-8.0633	27.5913	36.1108
4	6.1652	5.27	-4.2435	4.6804	-3.6554	2.9424	0.0387	0.1506	0.6259	0.0166	0.0492	0.4102	-0.1558	-0.1147	-0.1364	0.1294	0.0337	-0.0035	0.11	-0.0399	0.1613	-16.2573	30.517	28.6693
5	2.5662	-0.7954	0.3935	3.0863	0.268	2.6027	0.0208	-0.0578	0.1719	-0.0373	-0.0921	0.0692	-0.0895	-0.1158	0.0504	0.0682	-0.0026	0.0002	0.0911	-0.0302	0.0912	-7.3846	26.8918	27.0659
6	3.1349	-1.0662	-2.0423	1.5888	0.0199	1.7199	0.3518	-1.125	-0.6801	1.4249	-0.3672	-0.5044	0.298	0.1435	0.1578	0.3434	-0.087	-0.0425	0.2879	0.058	0.2055	-4.46	5.8645	34.573
7	2.1222	1.5579	0.402	3.0267	0.2231	1.3687	-0.0243	-0.0301	0.0257	0.0348	-0.0217	0.0037	-0.03	-0.0264	0.0504	0.0578	0.0167	0.001	0.0865	-0.0184	0.0631	1.3237	22.3084	26.4831
8	3.3896	-3.8453	2.5189	5.4455	-2.4758	2.2344	0.0751	0.1266	-0.0682	-0.1218	-0.1013	0.0884	-0.0171	0.146	0.0291	0.141	-0.0266	-0.0297	0.1193	-0.0474	0.1209	15.3755	32.0727	35.2264
9	8.2734	-4.9603	2.2036	5.7765	-5.8374	8.8936	0.0728	-0.4068	-0.3956	0.701	0.119	-0.5406	0.4996	0.1402	-0.1843	0.2746	0.0114	-0.0937	0.1894	-0.0351	0.1781	24.5452	14.2947	43.2706
10	5.5308	-0.1082	0.5315	0.1776	0.9348	4.7801	0.138	0.1483	0.3294	-0.4551	-0.0821	-0.0084	-0.2266	0.0482	0.0195	0.1352	-0.0256	0.0086	0.1233	0.0324	0.0836	13.7344	27.9643	11.5176
11	4.0945	-2.9512	-1.8686	6.8854	2.8088	3.5963	0.1036	0.3592	0.0205	-0.2581	-0.15	0.1499	-0.0777	-0.216	0.0443	0.1307	-0.0127	-0.0188	0.1712	0.0099	0.0582	6.9559	22.2548	6.015
12	2.2289	-0.6653	0.0763	1.6218	-0.3663	0.9744	0.0293	0.0484	0.1573	-0.0375	-0.0669	-0.1061	-0.0534	0.0915	0.0421	0.1227	-0.0164	-0.0152	0.0985	0.0098	0.0904	16.6484	24.4958	17.5606
13	6.1503	4.2829	0.0602	3.0238	0.3218	6.293	0.0475	0.9015	-0.3478	-1.3207	-0.0129	0.4379	0.4764	-0.0917	0.1029	0.2944	0.0458	-0.0366	0.2519	-0.0537	0.166	5.9442	4.6369	12.1414
14	1.3777	-1.0097	0.1494	3.6616	-0.3591	1.4853	-0.0207	-0.0031	0.0418	-0.0073	0.0158	0.004	-0.0376	0.0475	0.0114	0.0504	-0.0156	0.0018	0.0937	-0.0092	0.0582	4.6779	21.7494	20.5599
15	2.4973	2.1711	2.2799	2.0074	2.0117	2.1197	-0.1548	-0.04	0.4095	-0.0086	0.1106	0.4086	-0.2624	-0.124	0.0837	0.2008	0.0148	-0.0357	0.1451	0.0335	0.1967	-6.5499	35.175	12.4262
16	2.4782	2.8808	1.1154	6.7174	3.8378	6.5775	-0.3261	0.3344	-0.0483	-0.496	0.0378	0.7356	0.049	-0.409	0.2094	0.2252	-0.0361	-0.0556	0.2324	0.0137	0.1612	-21.3677	17.9348	2.1827

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 61 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 72 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 73 through 107 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 108 through 114 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 115 through 154 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 155 through 171 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 172 through 179 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 20 through 30 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 31 through 46 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 47 through 107 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 108 through 114 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 115 through 154 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 155 through 171 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 172 through 181 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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