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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zju | ||||||
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タイトル | Structure of a NADH-dependent enoyl-ACP reductase from Acinetobacter baumannii in complex with NAD | ||||||
![]() | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / NADH-dependent enoyl-ACP reductase / NAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a NADH-dependent enoyl-ACP reductase from Acinetobacter baumannii in complex with NAD 著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4nqzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29691.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fabI, IOMTU433_3282 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: V5VH25, UniProt: A0A7U4SQ27*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, h12: Morpheus H12: 20mM each L-Na-Glutamate, Alanine (racemic), Glycine, Lysine HCl (racemic), Serine (racemic); 100mM Tris (base)/Bicine pH 8.5; 15% ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, h12: Morpheus H12: 20mM each L-Na-Glutamate, Alanine (racemic), Glycine, Lysine HCl (racemic), Serine (racemic); 100mM Tris (base)/Bicine pH 8.5; 15% each MPD (racemic), PEG 1000, PEG 3350; AcbaC.00170.a.B1.PW37673 at 25mg/ml with 5mM NADH; tray 262582, puck oxi7-1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 96282 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 9.45 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 18.71 / Num. measured all: 463957 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4NQZ 解像度: 1.2→46.915 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.16 Å2 / Biso mean: 15.1289 Å2 / Biso min: 6.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.2→46.915 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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