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万見
- PDB-4zjd: Small heat shock protein AgsA from Salmonella typhimurium: Trunca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zjd
タイトルSmall heat shock protein AgsA from Salmonella typhimurium: Truncations at N- and C- termini
要素Aggregation suppressing protein
キーワードCHAPERONE / small heat shock protein / oligomer / crystallin
機能・相同性Small heat shock protein IbpA/IbpB, ACD domain / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / identical protein binding / cytoplasm / Aggregation suppressing protein / Molecular chaperone (Small heat shock protein)
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Mani, N. / Suguna, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Multiple oligomeric structures of a bacterial small heat shock protein
著者: Mani, N. / Bhandari, S. / Moreno, R. / Hu, L. / Prasad, B.V. / Suguna, K.
履歴
登録2015年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aggregation suppressing protein
B: Aggregation suppressing protein
C: Aggregation suppressing protein
D: Aggregation suppressing protein
E: Aggregation suppressing protein
F: Aggregation suppressing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7596
ポリマ－93,7596
非ポリマー00
水00
1
A: Aggregation suppressing protein
B: Aggregation suppressing protein
C: Aggregation suppressing protein
D: Aggregation suppressing protein
E: Aggregation suppressing protein
F: Aggregation suppressing protein

A: Aggregation suppressing protein
B: Aggregation suppressing protein
C: Aggregation suppressing protein
D: Aggregation suppressing protein
E: Aggregation suppressing protein
F: Aggregation suppressing protein

A: Aggregation suppressing protein
B: Aggregation suppressing protein
C: Aggregation suppressing protein
D: Aggregation suppressing protein
E: Aggregation suppressing protein
F: Aggregation suppressing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,27718
ポリマ－281,27718
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.780, 89.780, 707.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質
Aggregation suppressing protein


分子量: 15626.481 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 12-147 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: agsA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D1MC98, UniProt: Q8ZPY6*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30 % Polypropylene glycol 400, 0.1 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7.5→78.61 Å / Num. obs: 1625 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 7.5→7.91 Å / Rmerge(I) obs: 0.948 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
精密化解像度: 7.5→68.14 Å / SU ML: 1.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 51.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 74 4.59 %
Rwork0.351 --
obs0.354 1611 99.4 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7.5→68.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4294 0 0 0 4294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0164378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.9195967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5931541
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.14696
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013767
LS精密化 シェル解像度: 7.5004→7.91 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3958 74 -
Rwork0.3515 1537 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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