PDB-4zj9: Small heat shock protein AgsA from Salmonella typhimurium: Alpha ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zj9

タイトル

Small heat shock protein AgsA from Salmonella typhimurium: Alpha crystallin domain

要素

Aggregation suppressing protein

キーワード

CHAPERONE / small heat shock protein / crystallin / dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Mani, N. / Suguna, K.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Multiple oligomeric structures of a bacterial small heat shock protein
著者: Mani, N. / Bhandari, S. / Moreno, R. / Hu, L. / Prasad, B.V. / Suguna, K.

履歴

登録	2015年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zj9.cif.gz	54.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zj9.ent.gz	37.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zj9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zj9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zj9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zjaC 4zjdC 3w1zS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2z3r-7 2z3r-2 6w2r-1 2z3r-4 4f1p-2 6w2r-4 2xnz-d 1yyc-d 2z3q-2 2z3r-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aggregation suppressing protein

ヘテロ分子

17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aggregation suppressing protein

ヘテロ分子

A: Aggregation suppressing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.090, 53.090, 81.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Aggregation suppressing protein 分子量: 17103.096 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-147 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: agsA / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D1MC98, UniProt: Q8ZPY6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.04 % / 解説: Tetragonal crystal
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 0.1M MES-NaOH, 20% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→34.12 Å / Num. obs: 8413 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.8 % / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0.719 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
MOSFLM	7.0.9	データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER	2.5.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3W1Z

3w1z

解像度: 2→34.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 9.865 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25435	378	4.5 %	RANDOM
R_work	0.21994	-	-	-
obs	0.22155	7995	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.336 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→34.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	717	0	8	28	753

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	738
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.991	1.96	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.874	3	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.339	5	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	47.233	26.364	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.114	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.229	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.908	4.201	371
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.897	4.198	370
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.147	6.274	462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.141	6.279	463
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.7	4.921	367
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.69	4.932	368
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.441	7.147	545
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	15.506	35.027	768
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	15.568	34.847	759
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	31	-
R_work	0.265	571	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3429	-0.3094	-0.6074	0.4137	-0.0536	3.8497	-0.1352	0.0082	0.0499	0.1334	-0.0536	-0.0986	0.0754	0.1827	0.1888	0.1469	-0.0326	-0.0248	0.0583	0.0139	0.105	9.6827	57.2837	96.3879
2	1.3517	0.2114	-1.074	2.5202	0.3633	1.0266	0.056	0.1039	-0.0339	0.1597	-0.1704	0.1167	-0.1353	-0.2047	0.1144	0.3119	0.095	-0.1084	0.23	-0.1151	0.0744	-0.9056	63.0362	97.3576
3	0.4545	-0.3861	0.5656	1.2118	-1.9699	3.22	-0.2696	-0.0669	0.0473	0.0678	0.3119	-0.0293	-0.0765	-0.6752	-0.0423	0.1079	0.0148	-0.051	0.3696	-0.0297	0.0617	-6.9708	64.9044	75.9112
4	2.3948	-1.699	-2.894	1.6373	1.2752	4.9031	0.0873	0.4443	0.1031	0.04	-0.2847	-0.2588	-0.2823	-0.6026	0.1974	0.1184	0.0356	-0.0511	0.1026	0.0217	0.106	1.9925	66.5323	85.2965
5	23.849	16.0719	-18.4088	10.832	-12.4049	14.2102	0.9119	-0.5105	0.7066	0.6348	-0.3467	0.4674	-0.7061	0.4018	-0.5652	0.2418	0.0651	-0.0298	0.1007	-0.1014	0.1102	-1.1731	65.2795	106.5264
6	3.7849	1.8895	2.9065	3.2963	-2.1986	7.947	0.3944	-0.3123	-0.0613	0.4276	-0.2193	0.0388	-0.1088	-0.1222	-0.1751	0.1224	-0.0335	0.0034	0.0459	-0.0199	0.0336	6.1979	60.2865	107.8289

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	44 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	52 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	118 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	125 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	68 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	76 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	2	A	105 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	82 - 104
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	60 - 67
10	X-RAY DIFFRACTION	5	A	72 - 75
11	X-RAY DIFFRACTION	6	A	109 - 117

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)