PDB-4zit: Crystal structure of AcrB in P21 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zit

タイトル

Crystal structure of AcrB in P21 space group

要素

Multidrug efflux pump subunit AcrB

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / AcrB / RND Efflux pump / Bacterial multidrug resistance / Export mechanism

機能・相同性

機能・相同性情報

alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.296 Å

データ登録者

Ababou, A. / Koronakis, V.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structures of Gate Loop Variants of the AcrB Drug Efflux Pump Bound by Erythromycin Substrate.
著者: Ababou, A. / Koronakis, V.

履歴

登録	2015年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zit.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zit.ent.gz	954.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zit.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zit_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zit_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	4zit_validation.xml.gz	236.7 KB	表示
CIF形式データ	4zit_validation.cif.gz	318.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4zit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4zit	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zivC 4ziwC 4zjlC 4zjoC 4zjqC 2gifS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zjl-2 4zjo-1 4ziv-1 4ziw-1 5lq3-1 5lq3-2 4zjq-2 2v50-2 1oy9-1 3aob-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB

B: Multidrug efflux pump subunit AcrB

C: Multidrug efflux pump subunit AcrB

D: Multidrug efflux pump subunit AcrB

E: Multidrug efflux pump subunit AcrB

F: Multidrug efflux pump subunit AcrB

ヘテロ分子

685 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB

B: Multidrug efflux pump subunit AcrB

C: Multidrug efflux pump subunit AcrB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
343 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Multidrug efflux pump subunit AcrB

E: Multidrug efflux pump subunit AcrB

F: Multidrug efflux pump subunit AcrB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
343 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.840, 156.856, 218.582
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B / Acriflavine ...AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B / Acriflavine resistance protein B 分子量: 113665.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224
#2: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.74 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M MgAc, 10% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.29→127.01 Å / Num. obs: 153515 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 3.29→3.47 Å / 冗長度: 14 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GIF

2gif

解像度: 3.296→19.945 Å / SU ML: 0.68 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3386	7652	5.02 %
R_work	0.2682	-	-
obs	0.2717	152521	99.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.296→19.945 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	47560	0	213	0	47773

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	48706
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.796	66127
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.65	17619
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	7795
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	8426

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2962-3.3334	0.4168	199	0.3437	3920	X-RAY DIFFRACTION	81
3.3334-3.3725	0.4003	256	0.3439	4916	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3725-3.4134	0.4239	284	0.3334	4828	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4134-3.4564	0.3879	229	0.3178	4838	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4564-3.5016	0.3985	239	0.3236	4817	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5016-3.5493	0.3777	264	0.3036	4856	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5493-3.5998	0.3804	266	0.2959	4816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5998-3.6532	0.3686	255	0.3034	4878	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6532-3.7099	0.3973	272	0.3151	4842	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7099-3.7703	0.3938	231	0.3064	4850	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7703-3.8349	0.3675	273	0.3038	4863	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8349-3.9041	0.3607	265	0.2976	4830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9041-3.9786	0.3696	256	0.3014	4869	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9786-4.0592	0.362	242	0.297	4846	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0592-4.1467	0.3633	259	0.2991	4843	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1467-4.2422	0.3736	269	0.3086	4847	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2422-4.3472	0.3738	259	0.2925	4886	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3472-4.4635	0.3124	255	0.2742	4873	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4635-4.5933	0.3569	249	0.2747	4834	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5933-4.7397	0.3474	258	0.2735	4880	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7397-4.9066	0.3679	258	0.274	4874	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9066-5.0999	0.3123	246	0.2635	4872	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0999-5.3278	0.3611	263	0.2674	4849	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3278-5.6028	0.3283	266	0.258	4889	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6028-5.9451	0.3386	254	0.2445	4840	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9451-6.3901	0.3278	249	0.228	4882	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3901-7.0077	0.2958	265	0.2269	4899	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0077-7.9647	0.2753	261	0.2117	4916	X-RAY DIFFRACTION	100
7.9647-9.8305	0.2658	260	0.199	4907	X-RAY DIFFRACTION	100
9.8305-19.9453	0.2971	250	0.2451	4809	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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