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- PDB-4zii: Crystal Structure of core/latch dimer of BaxI66A in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zii
タイトルCrystal Structure of core/latch dimer of BaxI66A in complex with BidBH3
要素
  • Apoptosis regulator BAX
  • BH3-interacting domain death agonist
キーワードAPOPTOSIS / Bax / BH3 domain / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / mitochondrial outer membrane permeabilization / positive regulation of motor neuron apoptotic process ...cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / mitochondrial outer membrane permeabilization / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Activation, translocation and oligomerization of BAX / spermatid differentiation / Activation and oligomerization of BAK protein / NTRK3 as a dependence receptor / Sertoli cell proliferation / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / positive regulation of B cell apoptotic process / development of secondary sexual characteristics / glycosphingolipid metabolic process / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / retinal cell programmed cell death / B cell homeostatic proliferation / B cell negative selection / BAK complex / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / mitochondrial permeability transition pore complex / Release of apoptotic factors from the mitochondria / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / Transcriptional regulation by RUNX2 / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / regulation of nitrogen utilization / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / B cell apoptotic process / regulation of epithelial cell proliferation / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / death receptor binding / fertilization / calcium ion transport into cytosol / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial membrane potential / mitochondrial fusion / epithelial cell apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / protein targeting to mitochondrion / motor neuron apoptotic process / execution phase of apoptosis / hepatocyte apoptotic process / thymocyte apoptotic process / pore complex / hypothalamus development / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / BH3 domain binding / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / vagina development / negative regulation of mitochondrial membrane potential / B cell homeostasis / regulation of T cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of apoptotic signaling pathway / blood vessel remodeling / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / signal transduction in response to DNA damage / Activation of BAD and translocation to mitochondria / cellular response to unfolded protein / ectopic germ cell programmed cell death / Pyroptosis / response to axon injury / ovarian follicle development / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / supramolecular fiber organization / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein binding / response to salt stress / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of sequestered calcium ion into cytosol / homeostasis of number of cells within a tissue / Hsp70 protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway
類似検索 - 分子機能
BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. ...BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BH3-interacting domain death agonist / Apoptosis regulator BAX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.191 Å
データ登録者Czabotar, P.E. / Robin, A.Y. / Krishna Kumar, K. / Westphal, D. / Wardak, A.Z. / Thompson, G.V. / Dewson, G. / Colman, P.M.
資金援助 オーストラリア, 4件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)Projects Grant 1079706 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)Projects Grant 1059331 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)Projects Grant 1023055 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)Program Grant 1016701 オーストラリア
引用ジャーナル: Cell Death Dis / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of Bax bound to the BH3 peptide of Bim identifies important contacts for interaction.
著者: Robin, A.Y. / Krishna Kumar, K. / Westphal, D. / Wardak, A.Z. / Thompson, G.V. / Dewson, G. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2015年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator BAX
C: BH3-interacting domain death agonist
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8277
ポリマ－22,5162
非ポリマー3105
水95553
1
A: Apoptosis regulator BAX
C: BH3-interacting domain death agonist
ヘテロ分子

A: Apoptosis regulator BAX
C: BH3-interacting domain death agonist
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,65414
ポリマ－45,0334
非ポリマー62110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area13440 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area16960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.801, 103.801, 38.007
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator BAX / Bcl-2-like protein 4 / Bcl2-L-4


分子量: 18823.373 Da / 分子数: 1 / 変異: C62S, C126S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAX, BCL2L4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07812
#2: タンパク質・ペプチド BH3-interacting domain death agonist / p22 BID / BID


分子量: 3693.111 Da / 分子数: 1 / Fragment: BH3 motif / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55957
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Tri-sodium citrate, sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.191→46.42 Å / Num. obs: 11053 / % possible obs: 98.87 % / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1086 / Net I/σ(I): 17.29
反射 シェル解像度: 2.191→2.269 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 1.947 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / % possible all: 94.33

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BD2

4bd2


解像度: 2.191→46.42 Å / FOM work R set: 0.7954 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 1106 10.01 %
Rwork0.1751 9943 -
obs0.18 11049 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 202.95 Å2 / Biso mean: 59.92 Å2 / Biso min: 19.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.191→46.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1372 0 20 53 1445
Biso mean--85.7 54.75 -
残基数----176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071409
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0541887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072207
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.135519
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1912-2.29090.42341300.36241169129995
2.2909-2.41170.29371350.24281218135399
2.4117-2.56270.25741360.19291216135299
2.5627-2.76060.2531360.18851231136799
2.7606-3.03830.22351370.18112341371100
3.0383-3.47790.23271410.17811261140299
3.4779-4.38120.19421400.144912651405100
4.3812-46.43160.19771510.15841349150099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.0334 Å / Origin y: -9.5138 Å / Origin z: 4.6275 Å
111213212223313233
T0.26 Å2-0.0488 Å2-0.0024 Å2-0.34 Å20.108 Å2--0.2728 Å2
L1.2249 °21.1108 °2-0.3059 °2-1.1708 °2-0.0616 °2---0.2743 °2
S-0.0306 Å °0.2025 Å °0.2165 Å °-0.0213 Å °0.1085 Å °0.2342 Å °0.0661 Å °-0.0409 Å °0.0127 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain CA10 - 167
2X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain CC76 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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