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Yorodumi- PDB-4zi6: Crystal structure of leucine aminopeptidase from Helicobacter pylori -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zi6 | ||||||
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Title | Crystal structure of leucine aminopeptidase from Helicobacter pylori | ||||||
Components | Cytosol aminopeptidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Leucyl aminopeptidase / Cytosol | ||||||
Function / homology | Function and homology information bacterial leucyl aminopeptidase / leucyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Modak, J.K. / Roujeinikova, A. | ||||||
Citation | Journal: Biochimie / Year: 2016 Title: Structural basis for substrate specificity of Helicobacter pylori M17 aminopeptidase. Authors: Modak, J.K. / Rut, W. / Wijeyewickrema, L.C. / Pike, R.N. / Drag, M. / Roujeinikova, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zi6.cif.gz | 607.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zi6.ent.gz | 491.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zi6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4zi6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4zi6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 55141.812 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (bacteria) Strain: ATCC 700392 / 26695 / Gene: pepA, HP_0570 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) References: UniProt: O25294, leucyl aminopeptidase, bacterial leucyl aminopeptidase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-BCT / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 100 mM sodium formate, 11% PEG 3350, 5.6 mg/ml protein |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jul 27, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→96.142 Å / Num. all: 179957 / Num. obs: 179957 / % possible obs: 85.1 % / Redundancy: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 17.08 Å2 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.095 / Rsym value: 0.067 / Net I/av σ(I): 10.34 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 310850 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→32.397 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 24.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.08 Å2 / Biso mean: 20.4961 Å2 / Biso min: 4.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→32.397 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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