PDB-4zhy: Crystal structure of a bacterial signalling complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zhy

タイトル

Crystal structure of a bacterial signalling complex

要素

YfiB
YfiR

キーワード

TRANSCRIPTION/SIGNALING PROTEIN / Signalling complex / outer membrane protein / periplasmic binding protein / repressor / TRANSCRIPTION-SIGNALING PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum stator complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell outer membrane / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.969 Å

データ登録者

Li, S. / Li, T. / Wang, Y. / Bartlam, M.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural insights into YfiR sequestering by YfiB in Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Li, S. / Li, T. / Xu, Y. / Zhang, Q. / Zhang, W. / Che, S. / Liu, R. / Wang, Y. / Bartlam, M.

履歴

登録	2015年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zhy.cif.gz	122.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zhy.ent.gz	94.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zhy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zhy_validation.pdf.gz	456.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zhy_full_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示
XML形式データ	4zhy_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	4zhy_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/4zhy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/4zhy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zhuC 4zhvC 4zhwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ikk-2 6w07-d 6ikk-1 3b6q-d 2q7s-1 5eb1-1 1lbc-1 3os3-d 1ot7-1 3fvk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: YfiR

B: YfiB

ヘテロ分子

39.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.539, 160.989, 43.636
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-399- HOH

#1: タンパク質	YfiR 分子量: 20688.793 Da / 分子数: 1 / 変異: C71S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: yfiR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4L4
#2: タンパク質	YfiB 分子量: 18341.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: yfiB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4L6
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 1.8M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.969→50 Å / Num. obs: 29376 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 29.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.969→48.887 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2186	1497	5.11 %	Random selection
R_work	0.1814	-	-	-
obs	0.1833	29322	97.29 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.969→48.887 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2007	0	22	160	2189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2051
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.054	2762
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.054	777
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	312
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	366

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9694-2.0329	0.3357	104	0.2611	2105	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0329-2.1056	0.2728	129	0.2337	2369	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1056-2.1899	0.2498	115	0.2076	2499	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1899-2.2896	0.2341	149	0.2019	2541	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2896-2.4103	0.2451	138	0.1892	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4103-2.5613	0.218	145	0.1997	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5613-2.759	0.2469	154	0.1894	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.759-3.0366	0.2422	137	0.193	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0366-3.4759	0.2331	143	0.1805	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4759-4.3789	0.1827	150	0.1511	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3789-48.9019	0.1928	133	0.1719	2774	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.1863	0.6957	1.3691	1.9228	0.1068	2.7857	-0.0404	-0.4435	-0.2182	0.191	-0.0285	-0.149	-0.0752	-0.1183	-0.0004	0.2864	0.0254	0.0032	0.2593	-0.0093	0.2301	-11.2636	5.8147	-0.9471
2	1.8253	0.8192	0.1193	2.1771	0.2885	1.7712	-0.0018	0.0329	-0.0415	-0.1237	-0.0364	-0.044	0.0664	-0.3164	-0.0218	0.2156	0.0253	-0.008	0.2464	-0.0057	0.1846	-13.5129	5.011	-11.9804
3	0.7901	0.287	0.0229	1.1758	-0.1605	1.5851	-0.0148	0.2071	0.0987	-0.1937	0.0167	-0.0458	-0.009	-0.1422	0.0054	0.2355	0.0309	0.0226	0.2507	-0.0097	0.2548	-12.1887	6.0697	-15.6318
4	2.6351	0.0817	0.2805	2.1828	-0.4249	3.6772	0.0536	0.4023	0.3984	-0.1962	0.0371	0.067	-0.5195	-0.184	0.0492	0.3402	0.1016	0.0169	0.2814	0.0384	0.2736	-14.3589	17.6682	-18.9258
5	5.5075	-3.4567	1.6629	2.1653	-1.0744	0.6794	0.0098	0.0966	0.8699	0.1435	-0.1544	-0.4991	-0.7582	-0.1763	0.1853	0.5737	0.1352	0.0153	0.3453	0.0043	0.3865	-12.3247	20.6296	-8.0618
6	1.5494	-0.4554	-0.0407	2.8844	-0.5947	3.1955	-0.0045	-0.0083	0.0281	0.0944	0.0224	-0.1114	-0.3328	-0.3557	0.1129	0.3146	0.1087	-0.0091	0.2604	-0.0049	0.2547	-18.7598	15.8607	-4.8641
7	6.4796	-0.5841	3.593	2.1575	0.5494	5.1186	-0.2669	-0.2725	0.0119	0.3502	-0.0248	0.2436	-0.2265	-0.6781	0.1239	0.4476	0.0566	0.0735	0.3266	-0.0394	0.2761	-21.627	12.8601	4.9501
8	0.9715	-0.4678	0.2322	4.4319	-1.8965	1.8838	-0.0262	0.0573	0.0799	-0.1589	0.1112	0.5652	-0.6482	-0.7903	0.1126	0.7793	0.3504	-0.0385	0.5984	-0.0309	0.4029	-30.4838	30.791	-11.873
9	1.6885	-0.734	0.8368	2.0889	-0.7021	2.0481	-0.3146	0.1222	-0.1481	-0.0959	0.3058	0.8469	-0.4316	-0.8836	0.0174	0.6939	0.1789	0.1252	0.9032	-0.19	0.6561	-36.3678	26.5127	-3.6826
10	2.2776	0.9277	-0.1125	3.6626	-1.6074	3.0633	-0.2558	-0.2045	0.1105	0.6128	-0.29	-0.0547	-0.0776	-0.517	0.1707	0.7484	0.1768	0.0692	0.4319	-0.0534	0.2985	-22.8992	26.3859	-0.9124
11	1.69	-0.5889	0.5191	2.3249	-0.3309	3.1982	-0.6869	0.0324	0.5807	-0.0541	-0.2338	-0.1886	-0.9508	0.0617	-0.9028	1.0414	0.351	-0.1657	0.3195	0.0686	0.4623	-23.4664	38.2538	-9.2833
12	0.3853	-0.462	-0.4602	2.3641	-1.0115	4.842	-0.6231	-0.1129	0.0277	0.2889	-0.2065	-0.0164	-0.3577	-0.1858	0.269	0.7652	0.1779	-0.095	0.4158	-0.0691	0.3536	-23.171	31.2176	3.0418
13	1.2815	-0.1081	0.1079	2.274	-1.0405	4.1075	-0.2325	0.3148	0.2486	-0.6195	-0.0996	-0.2852	-0.4442	-0.081	0.1807	0.7052	0.22	0.0053	0.435	0.0153	0.3383	-21.1346	29.9376	-16.6445

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 40 through 58 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 119 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 120 through 139 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 140 through 150 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 151 through 177 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 178 through 189 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 56 through 73 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 74 through 90 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 91 through 100 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 101 through 128 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 129 through 139 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 140 through 167 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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