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- PDB-4zho: The crystal structure of Arabidopsis ferredoxin 2 with 2Fe-2S cluster -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zho
タイトルThe crystal structure of Arabidopsis ferredoxin 2 with 2Fe-2S cluster
要素Ferredoxin-2, chloroplastic
キーワードELECTRON TRANSPORT / Ferredoxin 2Fe-2S cluster Electron Transfer Chloroplast
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthetic acclimation / photosynthetic electron transport chain / chloroplast / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin-2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Grinter, R. / Josts, I. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Walker, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structure of the bacterial plant-ferredoxin receptor FusA.
著者: Grinter, R. / Josts, I. / Mosbahi, K. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Bonvin, A.M. / Milner, J.J. / Kelly, S.M. / Byron, O. / Smith, B.O. / Walker, D.
履歴
登録2015年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conf / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin-2, chloroplastic
B: Ferredoxin-2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3706
ポリマ－22,9472
非ポリマー4234
水68538
1
A: Ferredoxin-2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6853
ポリマ－11,4741
非ポリマー2112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferredoxin-2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6853
ポリマ－11,4741
非ポリマー2112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.730, 60.730, 154.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-319-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ferredoxin-2, chloroplastic / AtFd2


分子量: 11473.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: FD2, PETF, PETF1, At1g60950, T7P1.9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P16972
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.33 %
解説: Thin plates, deep red brown colour due to 2Fe-2S iron sulphur cluster
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris, 20 % PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.74 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月21日
放射モノクロメーター: Silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.74 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→60.73 Å / Num. obs: 12894 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.34→60.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 12.808 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21582 627 4.9 %RANDOM
Rwork0.1974 ---
obs0.19831 12221 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.545 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.75 Å20 Å2-0 Å2
2--2.75 Å2-0 Å2
3----5.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→60.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1440 0 10 38 1488
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191468
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9331.9751990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91233026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2885192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.29826.9766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.91815234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.922152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6024.642774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5844.636773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7416.949964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7386.957965
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6855.263694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6245.277691
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.2987.6481021
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.82437.4881582
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.82537.4921580
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.401 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 39 -
Rwork0.239 864 -
obs--98.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9618-0.2237-2.42442.5662-0.77773.5301-0.14520.23120.06780.10820.02010.17020.1983-0.39710.12510.0724-0.02550.03620.0486-0.02570.0466-11.9068-7.9134-35.1151
22.29210.01220.22262.7795-0.53966.45970.0678-0.21910.09820.13610.0490.0984-0.1717-0.0459-0.11680.01530.00140.01240.0305-0.00380.011-27.4515-16.6414-12.3927
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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