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- PDB-4zhh: Siderocalin-mediated recognition and cellular uptake of actinides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zhh
タイトルSiderocalin-mediated recognition and cellular uptake of actinides
要素Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
キーワードMetal Binding Protein/inhibitor / Metal Binding Protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4OL / SAMARIUM (III) ION / Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Allred, B.E. / Rupert, P.B. / Gauny, S.S. / An, D.D. / Ralston, C.Y. / Sturzbecher-Hoehne, M. / Strong, R.K. / Abergel, R.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Siderocalin-mediated recognition, sensitization, and cellular uptake of actinides.
著者: Allred, B.E. / Rupert, P.B. / Gauny, S.S. / An, D.D. / Ralston, C.Y. / Sturzbecher-Hoehne, M. / Strong, R.K. / Abergel, R.J.
履歴
登録2015年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22015年9月2日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
D: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
E: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
F: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,83436
ポリマ－124,2036
非ポリマー6,63130
水9,044502
1
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8256
ポリマ－20,7011
非ポリマー1,1255
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7335
ポリマ－20,7011
非ポリマー1,0334
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7696
ポリマ－20,7011
非ポリマー1,0685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9498
ポリマ－20,7011
非ポリマー1,2487
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8256
ポリマ－20,7011
非ポリマー1,1255
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7335
ポリマ－20,7011
非ポリマー1,0334
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.683, 115.320, 120.517
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERILEILEAA3 - 1765 - 178
21SERSERILEILEBB3 - 1765 - 178
12SERSERILEILEAA3 - 1765 - 178
22SERSERILEILECC3 - 1765 - 178
13ASPASPILEILEAA2 - 1764 - 178
23ASPASPILEILEDD2 - 1764 - 178
14ASPASPILEILEAA2 - 1764 - 178
24ASPASPILEILEEE2 - 1764 - 178
15SERSERILEILEAA3 - 1765 - 178
25SERSERILEILEFF3 - 1765 - 178
16SERSERASPASPBB3 - 1775 - 179
26SERSERASPASPCC3 - 1775 - 179
17SERSERILEILEBB3 - 1765 - 178
27SERSERILEILEDD3 - 1765 - 178
18SERSERILEILEBB3 - 1765 - 178
28SERSERILEILEEE3 - 1765 - 178
19SERSERASPASPBB3 - 1775 - 179
29SERSERASPASPFF3 - 1775 - 179
110SERSERILEILECC3 - 1765 - 178
210SERSERILEILEDD3 - 1765 - 178
111SERSERILEILECC3 - 1765 - 178
211SERSERILEILEEE3 - 1765 - 178
112SERSERASPASPCC3 - 1775 - 179
212SERSERASPASPFF3 - 1775 - 179
113ASPASPASPASPDD2 - 1774 - 179
213ASPASPASPASPEE2 - 1774 - 179
114SERSERILEILEDD3 - 1765 - 178
214SERSERILEILEFF3 - 1765 - 178
115SERSERILEILEEE3 - 1765 - 178
215SERSERILEILEFF3 - 1765 - 178

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / ...NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / Siderocalin LCN2 / p25


分子量: 20700.564 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 22-198 / 変異: C87S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P80188

-
非ポリマー , 6種, 532分子

#2: 化合物
ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#3: 化合物
ChemComp-4OL / N,N'-butane-1,4-diylbis[1-hydroxy-N-(3-{[(1-hydroxy-6-oxo-1,6-dihydropyridin-2-yl)carbonyl]amino}propyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-2-carboxamide] / HOPO


分子量: 750.712 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H38N8O12
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4 / 詳細: NaCl, Li2SO4, Acetate, Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月13日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 98255 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 2.525 / Net I/av σ(I): 38.676 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 473803
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.04-2.084.60.20845641.56293.2
2.08-2.114.90.18949001.555100
2.11-2.154.90.16748781.596100
2.15-2.24.90.1649181.663100
2.2-2.2550.15248931.682100
2.25-2.34.90.13748651.80399.8
2.3-2.3550.12649321.887100
2.35-2.4250.11848981.96199.9
2.42-2.4950.10848762.068100
2.49-2.5750.10149722.184100
2.57-2.6650.09248652.24299.8
2.66-2.774.90.08549342.49399.9
2.77-2.894.90.07949172.61499.9
2.89-3.054.90.07149412.96699.8
3.05-3.244.90.06649403.25899.8
3.24-3.494.80.06349673.73899.5
3.49-3.844.60.06148974.1398.7
3.84-4.394.30.05649164.25498
4.39-5.544.50.05250083.92198.7
5.54-504.60.04651743.44998.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 2.04→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.1992 / WRfactor Rwork: 0.1759 / FOM work R set: 0.8874 / SU B: 4.96 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.1492 / SU Rfree: 0.1312 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1985 4899 5 %RANDOM
Rwork0.1743 ---
obs0.1755 93282 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.97 Å2 / Biso mean: 28.344 Å2 / Biso min: 9.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8485 0 393 502 9380
Biso mean--29.08 29.5 -
残基数----1054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.029160
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.028513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2472.00212448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.865319605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.451068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3524.425409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.117151489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9871539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02110333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1551.484230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1551.4794229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9872.25282
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A101750.11
12B101750.11
21A100580.12
22C100580.12
31A105360.07
32D105360.07
41A101290.11
42E101290.11
51A101590.11
52F101590.11
61B103800.1
62C103800.1
71B102210.11
72D102210.11
81B100300.11
82E100300.11
91B102090.11
92F102090.11
101C100750.12
102D100750.12
111C98470.13
112E98470.13
121C100220.13
122F100220.13
131D100760.11
132E100760.11
141D101130.11
142F101130.11
151E105050.06
152F105050.06
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.091 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 328 -
Rwork0.186 6626 -
all-6954 -
obs--96.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5427-0.0887-0.39842.53610.59371.4927-0.01830.03440.1153-0.17080.0312-0.0948-0.12120.1021-0.01290.0392-0.0046-0.00980.01230.00010.0211-16.7115-11.768629.3551
21.6969-0.6148-0.31671.99620.27181.7718-0.0051-0.06690.05980.02610.0071-0.1346-0.03650.0979-0.0020.0095-0.00070.00180.00750.00030.01163.8007-38.74512.719
31.5477-0.0676-0.24571.75420.55432.74370.01570.0254-0.1211-0.0392-0.06820.1120.0723-0.21870.05250.0053-0.0051-0.00140.0178-0.00640.0195-31.3018-41.073712.8954
41.7418-0.1855-0.08151.50850.41972.6634-0.06710.1703-0.0292-0.0830.07270.0699-0.0872-0.0893-0.00550.0477-0.01830.01480.0402-0.02390.0541-11.7295-55.3066-16.2232
52.8832-0.59730.20822.1744-0.07252.44210.03580.0737-0.0989-0.1510.05720.0340.1854-0.1773-0.0930.0467-0.0329-0.02350.02830.01690.07396.6599-31.1446-42.0052
62.8416-0.89290.192.73870.0552.12870.23180.32330.0564-0.3723-0.2439-0.17690.027600.01210.11150.06290.01070.10330.03530.030121.2699-67.5788-2.672
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 178
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 177
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 177
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 177
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 177
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 177

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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