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万見
- PDB-4zg5: Structural and functional insights into Survival endonuclease, an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zg5
タイトルStructural and functional insights into Survival endonuclease, an important virulence factor of Brucella abortus
要素5'-nucleotidase SurE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stationary-phase Survival Protein Sure Homolog; Chain: A, / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / Survival protein SurE / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / SurE-like phosphatase/nucleotidase superfamily / Survival protein SurE / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-nucleotidase SurE
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus S19 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tarique, K.F. / Abdul Rehman, S.A. / Devi, S. / Gourinath, S.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
CSIR インド
DBT インド
ICMR インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Structural and functional insights into the stationary-phase survival protein SurE, an important virulence factor of Brucella abortus
著者: Tarique, K.F. / Abdul Rehman, S.A. / Devi, S. / Tomar, P. / Gourinath, S.
履歴
登録2015年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2015年5月6日ID: 4QEA
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22017年10月4日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-nucleotidase SurE
A: 5'-nucleotidase SurE
C: 5'-nucleotidase SurE
G: 5'-nucleotidase SurE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5558
ポリマ－114,4584
非ポリマー974
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16020 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area37370 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.181, 121.068, 82.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
12D
22C
13D
23G
14A
24C
15A
25G
16C
26G

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALADA1 - 2501 - 250
21ALAALAAB1 - 2501 - 250
12GLYGLYDA1 - 2481 - 248
22GLYGLYCC1 - 2481 - 248
13GLYGLYDA1 - 2521 - 252
23GLYGLYGD1 - 2521 - 252
14ALAALAAB1 - 2491 - 249
24ALAALACC1 - 2491 - 249
15ALAALAAB1 - 2501 - 250
25ALAALAGD1 - 2501 - 250
16ALAALACC1 - 2491 - 249
26ALAALAGD1 - 2491 - 249

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
5'-nucleotidase SurE / Survival endonuclease / Nucleoside 5'-monophosphate phosphohydrolase


分子量: 28614.494 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus S19 (ウシ流産菌)
株: S19 / 遺伝子: surE, BAbS19_I08450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2S5B9, 5'-nucleotidase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15% PEG 4000, TRIS, 0.2M MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 75815 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TY2

3ty2


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 8.682 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22725 3807 5 %RANDOM
Rwork0.19841 ---
obs0.19986 71978 97.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.947 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å2-0.94 Å2
2--3.64 Å20 Å2
3----3.72 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7477 0 4 215 7696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0197650
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.027299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0821.96510375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.581316715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4765989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.82823.07329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.682151193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1031571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.21185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0218728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021697
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6872.6223974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6872.6213973
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7053.9174957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7053.9174958
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.863.0153676
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8613.0163665
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.564.3625419
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.12921.4918426
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.11221.48377
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11D144730.07
12A144730.07
21D144340.09
22C144340.09
31D142350.09
32G142350.09
41A143000.08
42C143000.08
51A142130.09
52G142130.09
61C142000.09
62G142000.09
LS精密化 シェル解像度: 1.897→1.946 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 284 -
Rwork0.298 5312 -
obs--97.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.11960.25730.04140.96150.08691.51440.0672-0.09420.09450.18350.00290.033-0.043-0.0456-0.070.05430.00670.04070.01210.00550.06593.677-3.9316.906
21.0406-0.214-0.06171.28770.10712.363-0.02290.14270.0393-0.2139-0.0051-0.0445-0.26290.27390.02810.0799-0.05110.02110.0687-0.00280.0533-8.259-0.882-31.682
30.8559-0.07630.39391.2579-0.42421.43160.034-0.075-0.10240.07330.0089-0.03270.11730.0517-0.0430.03970.00980.02270.01380.01450.08482.114-27.9375.307
40.7789-0.2065-0.08321.2390.34081.59950.00890.109-0.2234-0.156-0.00080.23440.1923-0.1628-0.0080.079-0.02520.00720.0433-0.00930.1866-16.313-23.483-31.088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D1 - 252
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 250
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 249
4X-RAY DIFFRACTION4G1 - 252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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