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万見
- PDB-3ty7: Crystal Structure of Aldehyde Dehydrogenase family Protein from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ty7
タイトルCrystal Structure of Aldehyde Dehydrogenase family Protein from Staphylococcus aureus
要素Putative aldehyde dehydrogenase SAV2122
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / alpha-beta sandwich / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


aldehyde metabolic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase NAD(P)-dependent / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Aldehyde dehydrogenase NAD(P)-dependent / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kim, Y. / Joachimiak, G. / Jedrzejczak, R. / Rubin, E. / Ioerger, T. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Aldehyde Dehydrogenase family Protein from Staphylococcus aureus
著者: Kim, Y. / Joachimiak, G. / Jedrzejczak, R. / Rubin, E. / Ioerger, T. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative aldehyde dehydrogenase SAV2122
B: Putative aldehyde dehydrogenase SAV2122
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,14112
ポリマ－105,2602
非ポリマー88110
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area35670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.448, 173.448, 96.569
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細a dimer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Putative aldehyde dehydrogenase SAV2122


分子量: 52630.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: aureus Mu50 / 遺伝子: SAV2122 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q99SD6, aldehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 30 % PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 42456 / Num. obs: 42456 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 55.13 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2075 / Rsym value: 0.582 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
RESOLVEモデル構築
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_851)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→32.456 Å / SU ML: 0.74 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.99 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 2129 5.04 %random
Rwork0.185 ---
all0.186 42206 --
obs0.186 42206 99.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.489 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2325 Å2-0 Å20 Å2
2---2.2325 Å2-0 Å2
3---4.4649 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→32.456 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6963 0 57 163 7183
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8779714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0762697
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671080
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041281
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4-2.45590.35381400.3092643278398
2.4559-2.51730.28721500.27562670282099
2.5173-2.58530.31241570.26722630278799
2.5853-2.66130.28421610.246526462807100
2.6613-2.74720.26661500.233626572807100
2.7472-2.84530.25721280.228527202848100
2.8453-2.95920.27531360.22526502786100
2.9592-3.09370.26911160.217727182834100
3.0937-3.25670.24541300.208726732803100
3.2567-3.46050.24091580.19926582816100
3.4605-3.72740.2211390.185727032842100
3.7274-4.10180.18161510.169726592810100
4.1018-4.69380.15361500.140326842834100
4.6938-5.90790.18421360.158826872823100
5.9079-32.4590.17941270.16112679280699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8084-0.60070.49482.7103-0.54222.1419-0.02370.35730.1136-0.062-0.02590.1795-0.08990.24770.05320.2969-0.0077-0.12390.25110.01820.268653.356837.30546.0684
24.73982.32671.03373.5390.94998.0766-0.04740.5884-1.5179-0.994-0.0260.17131.3331-0.125-0.04720.82560.0798-0.14180.4289-0.13180.970948.098620.152345.8918
35.06730.38640.79672.2651-0.55853.9732-0.1720.1209-0.1988-0.0168-0.0244-0.12430.33760.45660.18790.40750.09480.14110.53410.05410.334353.217628.355815.2713
40.16830.0975-1.23811.0914-0.53325.4597-0.06050.22730.31790.0774-0.044-0.0012-0.2567-0.37780.19680.29670.05250.020.44360.04780.634532.119231.619832.9676
51.77341.1417-0.1264.3358-0.83991.65820.1540.0883-0.06280.12520.05970.26840.1345-0.2153-0.19820.23520.0295-0.02480.2508-0.05440.280620.57747.383437.68
65.2621.167-1.82975.4146-0.15977.84150.0698-0.99120.48651.4372-0.0843-1.5087-0.50060.97030.01510.56470.0186-0.21830.5609-0.18840.812737.54088.886639.4033
71.4890.74371.60732.35610.0781.9550.0632-0.10620.39620.26780.30980.55920.26-0.2098-0.10820.5013-0.03220.08520.3844-0.08450.618427.45316.069960.8684
82.7287-0.21731.92093.6345-0.11143.03260.3653-0.32290.14480.5614-0.1999-0.11410.2378-0.2381-0.18390.6809-0.12520.10150.43650.05590.400328.42878.377169.7628
91.0959-0.1764-0.0620.8954-1.38914.70050.05910.03860.10810.22670.06780.1022-0.3807-0.32180.07690.37240.04290.11830.2303-0.02690.678827.559829.07648.9773
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 0:212)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 213:240)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 241:415)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 416:475)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 0:206)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 207:234)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 235:276)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 277:415)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 416:475)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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