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- PDB-4zfn: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zfn
タイトルHypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) from Sulfolobus solfataricus containing GMP complexed in two different ways together with one or two MG2+
要素Purine phosphoribosyltransferase (GpT-2)
キーワードTRANSFERASE / HGXPRT / HGPRT / purine phosphoribosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Purine phosphoribosyltransferase (GpT-2)
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Christoffersen, S.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Sulfolobus solfataricus P2
著者: Christoffersen, S. / Hansen, M.R. / Jensen, K.S. / Larsen, S. / Jensen, K.F.
履歴
登録2015年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine phosphoribosyltransferase (GpT-2)
B: Purine phosphoribosyltransferase (GpT-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3569
ポリマ－41,3642
非ポリマー9917
水7,692427
1
A: Purine phosphoribosyltransferase (GpT-2)
B: Purine phosphoribosyltransferase (GpT-2)
ヘテロ分子

A: Purine phosphoribosyltransferase (GpT-2)
B: Purine phosphoribosyltransferase (GpT-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,71118
ポリマ－82,7284
非ポリマー1,98314
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area15960 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area28320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.467, 74.467, 143.527
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Purine phosphoribosyltransferase (GpT-2)


分子量: 20682.057 Da / 分子数: 2 / 断片: hgxprt / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌)
遺伝子: gpT-2, SSO2424 / プラスミド: pKU1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NF1830
参照: UniProt: Q97W22, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.03688 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03688 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.842 Å / Num. all: 32611 / Num. obs: 32529 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.55 % / Biso Wilson estimate: 27.72 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Χ2: 0.944 / Net I/σ(I): 19.85 / Num. measured all: 245734
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.9-2.027.610.8580.7173.1439180517651470.76899.4
2.02-2.150.9410.4135.4937264484248370.44399.9
2.15-2.330.9760.2428.9534951454845460.259100
2.33-2.550.9920.14613.932123417941770.157100
2.55-2.850.9970.09220.3729344383938390.099100
2.85-3.280.9980.05630.6625776340234020.06100
3.28-4.020.9990.03844.0921478289928970.0499.9
4.02-5.650.9990.03152.4516430232023140.03399.7
5.650.9990.02853.079188140613700.0397.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.73 Å40.32 Å
Translation4.73 Å40.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.0位相決定
PHENIX1.9精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VDM

1vdm


解像度: 1.901→40.251 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2361 1627 5 %Random selection
Rwork0.1805 30899 --
obs0.1833 32526 99.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.55 Å2 / Biso mean: 32.4168 Å2 / Biso min: 14.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.901→40.251 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2858 0 61 427 3346
Biso mean--37.63 41.37 -
残基数----350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0964068
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6791106
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9005-1.95650.27281330.25172518265199
1.9565-2.01960.2961320.222925122644100
2.0196-2.09180.26751330.221925222655100
2.0918-2.17550.25611330.203525382671100
2.1755-2.27460.23731340.195925392673100
2.2746-2.39450.26851350.198625572692100
2.3945-2.54450.23741330.190225402673100
2.5445-2.74090.26731360.193325822718100
2.7409-3.01660.23341360.187325872723100
3.0166-3.45290.22221370.174825962733100
3.4529-4.34950.21271390.148826432782100
4.3495-40.26020.22341460.16752765291199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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