PDB-4zfl: Ergothioneine-biosynthetic Ntn hydrolase variant EgtC_C2A with na...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zfl

タイトル

Ergothioneine-biosynthetic Ntn hydrolase variant EgtC_C2A with natural substrate

要素

Amidohydrolase EgtC

キーワード

HYDROLASE / Ntn hydrolase / ergothioneine biosynthesis / sulfur chemistry / Mycobacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

gamma-glutamyl hercynylcysteine S-oxide hydrolase / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / glutamine metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Vit, A. / Seebeck, F.P. / Blankenfeldt, W.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Structure of the Ergothioneine-Biosynthesis Amidohydrolase EgtC.
著者: Vit, A. / Mashabela, G.T. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P.

履歴

登録	2015年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4zfl_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zfl_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
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CIF形式データ	4zfl_validation.cif.gz	188.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4zfjSC 4zfkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zfk-d 4zfj-3 4zfj-2 1yd9-d 4zfj-1 6b6z-d 3d6a-d 3db1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Amidohydrolase EgtC

B: Amidohydrolase EgtC

C: Amidohydrolase EgtC

D: Amidohydrolase EgtC

E: Amidohydrolase EgtC

F: Amidohydrolase EgtC

G: Amidohydrolase EgtC

H: Amidohydrolase EgtC

I: Amidohydrolase EgtC

J: Amidohydrolase EgtC

K: Amidohydrolase EgtC

L: Amidohydrolase EgtC

ヘテロ分子

307 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Amidohydrolase EgtC

B: Amidohydrolase EgtC

C: Amidohydrolase EgtC

D: Amidohydrolase EgtC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Amidohydrolase EgtC

H: Amidohydrolase EgtC

J: Amidohydrolase EgtC

K: Amidohydrolase EgtC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
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3

F: Amidohydrolase EgtC

G: Amidohydrolase EgtC

I: Amidohydrolase EgtC

L: Amidohydrolase EgtC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.470, 69.363, 159.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.670, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid
2	1	chain B and segid
3	1	chain C and segid
4	1	chain D and segid
5	1	chain E and segid
6	1	chain F and segid
7	1	chain G and segid
8	1	chain H and segid
9	1	chain I and segid
10	1	chain J and segid
11	1	chain K and segid
12	1	chain L and segid

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	chain A and segid	A
2	1	1	chain B and segid	B
3	1	1	chain C and segid	C
4	1	1	chain D and segid	D
5	1	1	chain E and segid	E
6	1	1	chain F and segid	F
7	1	1	chain G and segid	G
8	1	1	chain H and segid	H
9	1	1	chain I and segid	I
10	1	1	chain J and segid	J
11	1	1	chain K and segid	K
12	1	1	chain L and segid	L

#1: タンパク質	Amidohydrolase EgtC 分子量: 25077.191 Da / 分子数: 12 / 変異: C2A, E53D, V137L, H188R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 遺伝子: egtC, MSMEG_6248, MSMEI_6087 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0R5M9, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物	ChemComp-4NK / (1S)-1-carboxy-4-({(1R)-1-carboxy-2-[(S)-{4-[(2S)-2-carboxy-2-(trimethylammonio)ethyl]-1H-imidazol-2-yl}sulfinyl]ethyl}amino)-4-oxobutan-1-aminium 分子量: 463.506 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₉N₅O₈S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3083 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.2-5.4, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月5日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→49.31 Å / Num. obs: 299928 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 19.79 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 2062156

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.7-1.73	6.8	0.966	2.1	99295	14544	0.705	0.397	96.2
9.31-49.31	6.9	0.022	49.3	13779	1998	0.999	0.009	99

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	9.18 Å	49.31 Å
Translation	9.18 Å	49.31 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
Aimless	0.2.14	データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZFJ

4zfj

解像度: 1.7→49.308 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 16.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1708	14630	4.88 %	random selection
R_work	0.1439	285231	-	-
obs	0.1452	299861	97.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.78 Å² / B_iso mean: 26.7113 Å² / B_iso min: 12.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→49.308 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20377	0	683	3083	24143
B_iso mean	-	-	41	34.24	-
残基数	-	-	-	-	2744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	21506
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.246	29533
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	3370
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3894
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.15	7670

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	15182	X-RAY DIFFRACTION	8.436	TORSIONAL
1	2	B	15182	X-RAY DIFFRACTION	8.436	TORSIONAL
1	3	C	15182	X-RAY DIFFRACTION	8.436	TORSIONAL
1	4	D	15182	X-RAY DIFFRACTION	8.436	TORSIONAL
1	5	E	15182	X-RAY DIFFRACTION	8.436	TORSIONAL
1	6	F	15182	X-RAY DIFFRACTION	8.436	TORSIONAL
1	7	G	15182	X-RAY DIFFRACTION	8.436	TORSIONAL
1	8	H	15182	X-RAY DIFFRACTION	8.436	TORSIONAL
1	9	I	15182	X-RAY DIFFRACTION	8.436	TORSIONAL
1	10	J	15182	X-RAY DIFFRACTION	8.436	TORSIONAL
1	11	K	15182	X-RAY DIFFRACTION	8.436	TORSIONAL
1	12	L	15182	X-RAY DIFFRACTION	8.436	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.2752	507	0.2422	9275	9782	96
1.7193-1.7395	0.2571	442	0.2307	9402	9844	96
1.7395-1.7608	0.2256	509	0.2097	9252	9761	96
1.7608-1.7831	0.2393	488	0.2007	9323	9811	96
1.7831-1.8065	0.2266	430	0.1855	9339	9769	96
1.8065-1.8313	0.2349	458	0.1868	9390	9848	96
1.8313-1.8574	0.2178	504	0.1836	9296	9800	97
1.8574-1.8852	0.2087	469	0.1761	9408	9877	97
1.8852-1.9146	0.1967	458	0.1698	9396	9854	97
1.9146-1.946	0.1861	477	0.1633	9448	9925	97
1.946-1.9796	0.202	496	0.1623	9387	9883	97
1.9796-2.0156	0.1887	455	0.1585	9420	9875	97
2.0156-2.0543	0.2003	474	0.1524	9474	9948	97
2.0543-2.0963	0.1852	489	0.1416	9443	9932	97
2.0963-2.1418	0.1785	512	0.1352	9371	9883	97
2.1418-2.1917	0.1703	500	0.1371	9477	9977	97
2.1917-2.2465	0.1741	532	0.1373	9489	10021	98
2.2465-2.3072	0.1756	473	0.1404	9515	9988	98
2.3072-2.3751	0.1771	519	0.1372	9480	9999	98
2.3751-2.4518	0.1744	468	0.1362	9565	10033	98
2.4518-2.5394	0.1626	469	0.1394	9600	10069	98
2.5394-2.641	0.1732	473	0.1402	9587	10060	98
2.641-2.7612	0.1684	506	0.1371	9625	10131	98
2.7612-2.9068	0.1631	514	0.1417	9624	10138	99
2.9068-3.0889	0.1779	490	0.1452	9629	10119	99
3.0889-3.3273	0.155	490	0.137	9715	10205	99
3.3273-3.6621	0.1566	516	0.1302	9703	10219	99
3.6621-4.1918	0.1347	512	0.1221	9733	10245	99
4.1918-5.2802	0.1273	488	0.1137	9837	10325	99
5.2802-49.3292	0.174	512	0.1577	10028	10540	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1263	-0.0896	0.1436	1.1021	0.0348	0.868	-0.0082	0.0118	-0.0421	0.0067	-0.0125	0.0663	0.0872	0.0047	0.0165	0.1704	0.0139	-0.0106	0.1175	-0.0079	0.1702	-2.7816	-22.1692	-41.5691
2	0.6073	-0.1419	0.1582	1.491	0.0253	1.855	0.0303	-0.0383	0.0658	0.0703	-0.0315	0.1045	-0.1379	-0.0793	-0.0053	0.1559	0.0004	0.0048	0.1155	-0.0147	0.1968	-2.0455	-9.1434	-28.2548
3	1.3088	0.3266	-0.1219	2.3873	1.2144	2.1846	0.0246	-0.1159	-0.0494	0.1912	-0.0419	-0.014	0.234	0.0278	0.0293	0.1974	0.0084	-0.0057	0.1146	0.0336	0.1901	-1.5472	-27.2302	-25.6886
4	1.2167	0.167	-0.1474	1.4825	0.1613	0.9402	0.0206	0.1033	0.1292	-0.2291	-0.0503	0.0661	-0.0787	-0.0551	0.0265	0.1947	0.044	-0.0197	0.125	0.0111	0.1644	-8.4978	11.5046	-55.3629
5	1.138	0.1934	0.5237	1.2133	-0.353	1.1706	0.0308	0.0301	0.0166	0.0379	-0.0854	-0.1104	0.0211	0.0716	0.0533	0.177	0.0145	-0.0015	0.1317	0.012	0.2168	1.3965	12.2684	-39.4276
6	1.3972	-0.1255	0.0888	2.3586	0.3836	2.0713	-0.0189	0.093	0.1954	-0.2597	-0.0462	-0.0251	-0.1969	-0.022	0.073	0.2318	0.0351	-0.0024	0.1095	0.0355	0.2256	-2.5985	26.3794	-50.7728
7	1.028	0.1749	0.3352	0.9109	0.0337	1.2154	-0.0172	-0.0529	0.078	-0.0716	-0.0577	0.1308	-0.1018	-0.1509	0.0616	0.1316	0.0339	-0.0442	0.1531	-0.0346	0.181	-25.6395	-4.4358	-51.6891
8	1.3976	0.6563	0.5008	1.4503	0.8174	1.6302	-0.057	0.0831	-0.0782	-0.1217	0.0233	-0.0143	0.0226	-0.0455	0.0383	0.1932	0.0305	-0.0366	0.1645	-0.0337	0.1863	-25.2636	-15.7964	-66.4486
9	1.4793	-0.0694	-0.1679	1.2477	-0.0162	1.6606	0.0008	0.0287	-0.0787	-0.1044	-0.1778	0.3341	-0.1473	-0.4247	0.1546	0.1582	0.0529	-0.0601	0.2626	-0.0958	0.2902	-40.235	-9.45	-56.9774
10	1.0035	-0.0532	0.1085	1.5417	-0.117	1.6423	0.0363	0.1636	-0.0235	-0.1051	-0.016	-0.0913	0.1257	0.1975	-0.0137	0.1506	0.0516	0.0119	0.1676	-0.0154	0.1508	8.9419	-13.0445	-60.2592
11	2.2743	0.0462	0.9421	0.4762	-0.0148	2.1763	0.0571	0.5101	-0.0161	-0.1518	-0.0165	-0.0093	0.0649	0.1707	-0.0274	0.1957	0.0394	0.0003	0.2623	-0.0102	0.1457	-2.2992	-15.5098	-74.775
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9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 171 through 229 )	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 2 through 89 )	D
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 90 through 170 )	D
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 171 through 228 )	D
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 2 through 89 )	E
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 90 through 170 )	E
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 171 through 230 )	E
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 2 through 89 )	F
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 90 through 170 )	F
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 171 through 231 )	F
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'G' and (resid 2 through 89 )	G
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'G' and (resid 90 through 170 )	G
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'G' and (resid 171 through 230 )	G
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'H' and (resid 2 through 89 )	H
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'H' and (resid 90 through 170 )	H
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'H' and (resid 171 through 230 )	H
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'I' and (resid 2 through 89 )	I
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'I' and (resid 90 through 170 )	I
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'I' and (resid 171 through 230 )	I
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'J' and (resid 2 through 89 )	J
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'J' and (resid 90 through 170 )	J
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'J' and (resid 171 through 230 )	J
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'K' and (resid 2 through 89 )	K
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'K' and (resid 90 through 170 )	K
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'K' and (resid 171 through 229 )	K
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'L' and (resid 2 through 89 )	L
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'L' and (resid 90 through 170 )	L
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'L' and (resid 171 through 228 )	L
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'M' and (resid 1 through 1 )	M
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'M' and (resid 2 through 2 )	M
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'M' and (resid 3 through 3 )	M
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'M' and (resid 4 through 4 )	M
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'M' and (resid 5 through 5 )	M
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'M' and (resid 6 through 6 )	M
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'M' and (resid 7 through 7 )	M
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'M' and (resid 8 through 8 )	M
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'M' and (resid 9 through 9 )	M
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'M' and (resid 10 through 10 )	M
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'M' and (resid 11 through 11 )	M
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'M' and (resid 12 through 12 )	M
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'N' and (resid 1 through 1 )	N
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'N' and (resid 2 through 2 )	N
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'N' and (resid 3 through 3 )	N
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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