PDB-4zfk: Ergothioneine-biosynthetic Ntn hydrolase EgtC with glutamine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zfk

タイトル

Ergothioneine-biosynthetic Ntn hydrolase EgtC with glutamine

要素

Amidohydrolase EgtC

キーワード

HYDROLASE / Ntn hydrolase / ergothioneine biosynthesis / sulfur chemistry / Mycobacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

gamma-glutamyl hercynylcysteine S-oxide hydrolase / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Vit, A. / Seebeck, F.P. / Blankenfeldt, W.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Structure of the Ergothioneine-Biosynthesis Amidohydrolase EgtC.
著者: Vit, A. / Mashabela, G.T. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P.

履歴

登録	2015年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zfk.cif.gz	518.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zfk.ent.gz	434 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zfk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zfk_validation.pdf.gz	478.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zfk_full_validation.pdf.gz	479.2 KB	表示
XML形式データ	4zfk_validation.xml.gz	45.9 KB	表示
CIF形式データ	4zfk_validation.cif.gz	69.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zfjSC 4zflC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zfl-3 4zfl-1 4zfj-3 4zfj-2 4zfl-2 1cn1-1 4zfj-1 3db1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Amidohydrolase EgtC

B: Amidohydrolase EgtC

C: Amidohydrolase EgtC

D: Amidohydrolase EgtC

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.796, 109.993, 139.327
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Amidohydrolase EgtC 分子量: 25240.451 Da / 分子数: 4 / 変異: E53D, V137L, H188R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: egtC, MSMEG_6248, MSMEI_6087 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0R5M9, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀N₂O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.7, 50% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.82→46.44 Å / Num. obs: 85790 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 13.49 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 355388

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.82-1.85	4.2	0.798	2	18637	4472	0.609	0.445	99.9
9.63-46.44	3.5	0.025	34.1	2299	660	0.999	0.016	96.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	19.7 Å	1.99 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.2.17	データスケーリング
MOLREP	11.0.05	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZFJ

4zfj

解像度: 1.82→35.457 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1765	4256	4.97 %
R_work	0.1458	81442	-
obs	0.1474	85698	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.74 Å² / B_iso mean: 18.6238 Å² / B_iso min: 3.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.82→35.457 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6806	0	270	1153	8229
B_iso mean	-	-	43.42	32.51	-
残基数	-	-	-	-	920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7137
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.057	9730
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1103
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1282
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.778	2517

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.82-1.8407	0.2688	137	0.2435	2659	2796	100
1.8407-1.8623	0.2688	119	0.2204	2718	2837	100
1.8623-1.885	0.2232	139	0.2084	2696	2835	100
1.885-1.9089	0.2534	140	0.1973	2645	2785	100
1.9089-1.934	0.2057	142	0.1868	2720	2862	100
1.934-1.9605	0.2308	148	0.1773	2659	2807	100
1.9605-1.9885	0.1981	146	0.1771	2677	2823	100
1.9885-2.0182	0.2043	128	0.1705	2691	2819	100
2.0182-2.0497	0.2049	131	0.1588	2708	2839	100
2.0497-2.0833	0.173	132	0.1469	2683	2815	100
2.0833-2.1193	0.1644	144	0.1395	2728	2872	100
2.1193-2.1578	0.2065	141	0.1466	2664	2805	100
2.1578-2.1993	0.2131	108	0.1469	2736	2844	100
2.1993-2.2442	0.188	147	0.1402	2689	2836	100
2.2442-2.293	0.1914	159	0.1305	2695	2854	100
2.293-2.3463	0.1775	140	0.1357	2683	2823	100
2.3463-2.405	0.1644	129	0.1271	2708	2837	100
2.405-2.47	0.1655	158	0.1323	2708	2866	100
2.47-2.5426	0.1714	134	0.1332	2715	2849	100
2.5426-2.6247	0.1821	134	0.1338	2720	2854	100
2.6247-2.7184	0.1616	128	0.1281	2700	2828	100
2.7184-2.8272	0.1714	157	0.1295	2718	2875	100
2.8272-2.9559	0.1651	159	0.1368	2716	2875	100
2.9559-3.1116	0.1695	141	0.14	2722	2863	100
3.1116-3.3064	0.1445	122	0.128	2756	2878	100
3.3064-3.5615	0.149	143	0.1309	2752	2895	100
3.5615-3.9195	0.1468	154	0.1294	2746	2900	100
3.9195-4.4857	0.1546	158	0.1227	2766	2924	100
4.4857-5.6478	0.1459	143	0.1398	2798	2941	100
5.6478-35.4639	0.196	195	0.1826	2866	3061	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3597	0.1344	0.1203	0.6216	-0.1152	0.2238	0.0195	0.0651	0.0632	0.0282	-0.0065	0.0381	0.0315	0.0115	0.0202	0.017	-0.0008	-0.0013	0.0597	0.0041	0.0286	32.398	-1.5776	4.8375
2	1.8467	0.0883	0.2848	1.9596	-0.5541	1.6684	0.0612	-0.0229	-0.2821	0.0564	0.0148	0.0314	0.2492	-0.0045	-0.0494	0.1147	-0.0024	-0.0129	0.0718	0.0031	0.1406	32.6373	-19.4792	10.2589
3	2.5165	-0.2656	0.0508	1.9365	-0.1464	1.5801	0.069	0.238	-0.1735	-0.1804	-0.0197	0.1583	0.1957	-0.1806	-0.0347	0.0877	-0.0178	-0.0359	0.1562	-0.0191	0.1228	20.4613	-10.8316	-1.2149
4	1.3729	0.1041	-0.1522	1.5854	-0.1477	0.893	0.0034	0.0669	-0.0268	-0.0131	-0.0293	-0.0494	-0.017	0.0018	0.019	0.0576	0.0032	0.006	0.0945	0.0243	0.0785	55.521	4.5029	1.9714
5	1.4526	0.1687	-0.0586	1.8716	0.6264	1.6658	0.0384	-0.0562	0.1909	0.121	-0.0528	-0.0308	-0.1305	0.0527	0.0103	0.0928	-0.0082	0.0004	0.0922	0.0281	0.133	57.6979	20.931	10.9605
6	1.1537	-0.1858	-0.1895	1.7768	0.4124	1.2795	0.0553	0.2222	0.2072	-0.1997	0.0012	-0.2057	-0.1999	0.1909	-0.0332	0.1034	-0.0132	0.0369	0.1858	0.0782	0.1576	66.1782	16.3723	-4.3361
7	1.2542	-0.2546	-0.0531	2.3317	0.3601	1.0121	-0.0776	-0.0495	-0.0742	0.2651	0.0179	0.0733	0.1142	-0.0515	0.0459	0.1859	-0.0224	0.0222	0.0729	-0.0059	0.0852	37.8523	4.1301	34.4385
8	1.6255	0.3137	-0.1199	2.6151	0.0731	1.8744	0.0132	0.0247	0.187	-0.0369	-0.0172	-0.0657	-0.1117	-0.0586	-0.0084	0.1223	-0.0095	0.0021	0.0663	0.0105	0.1056	40.5828	21.7389	28.731
9	2.1028	-0.136	0.1968	1.2374	0.3811	2.282	-0.0622	-0.1591	0.0736	0.5731	0.0214	0.1638	-0.0097	-0.2043	0.0224	0.2764	-0.0124	0.0659	0.1079	-0.0324	0.1462	30.9463	16.5163	43.573
10	1.7724	-0.4449	0.0267	1.6389	-0.2243	0.5797	-0.0851	0.0072	0.0971	0.1923	-0.0024	-0.0839	-0.0247	0.0607	0.0819	0.1571	-0.0056	-0.0494	0.0763	0.019	0.0997	58.6246	-7.2404	30.3265
11	2.0094	0.0407	0.7354	2.3815	0.0214	1.1807	0.0851	0.1784	-0.2556	-0.0638	-0.0443	0.1126	0.1701	0.0724	-0.0263	0.1395	0.0179	-0.0225	0.0946	-0.0222	0.1251	53.8484	-23.4292	22.2743
12	2.2191	-0.3018	0.2364	1.2003	-0.1942	0.9805	0.0152	-0.1212	-0.0455	0.3137	-0.0588	-0.215	0.0482	0.1406	0.0753	0.2113	0.0112	-0.0723	0.1267	0.035	0.1316	67.4869	-20.2272	35.3387

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 89 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 90 through 170 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 171 through 228 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 89 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 90 through 170 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 171 through 232 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 2 through 89 )	C
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 90 through 170 )	C
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 171 through 230 )	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 2 through 89 )	D
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 90 through 170 )	D
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 171 through 228 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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