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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zfj | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Ergothioneine-biosynthetic Ntn hydrolase EgtC, apo form | ||||||
要素 | Amidohydrolase EgtC | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Ntn hydrolase / ergothioneine biosynthesis / sulfur chemistry / Mycobacteria | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報gamma-glutamyl hercynylcysteine S-oxide hydrolase / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Vit, A. / Seebeck, F.P. / Blankenfeldt, W. | ||||||
| 資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015タイトル: Structure of the Ergothioneine-Biosynthesis Amidohydrolase EgtC. 著者: Vit, A. / Mashabela, G.T. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 4zfj.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb4zfj.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 4zfj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 4zfj_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 4zfj_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 4zfj_validation.xml.gz | 125.8 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 4zfj_validation.cif.gz | 177.7 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 25258.975 Da / 分子数: 12 / 変異: E53D, L84V, P95S, D118A, V137L, H188R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)遺伝子: egtC, MSMEG_6248, MSMEI_6087 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0R5M9, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 #2: 化合物 | ChemComp-MES / #3: 化合物 | ChemComp-XPE / #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.4, 10-12% PEG 20000 |
-データ収集
| 回折 |
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| 放射光源 |
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| 検出器 |
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| 放射 |
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| 放射波長 |
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| Reflection | 冗長度: 13.7 % / 数: 3248829 / Rmerge(I) obs: 0.138 / D res high: 1.85 Å / D res low: 47.83 Å / Num. obs: 236707 / % possible obs: 98.3 | ||||||||||||||||||||||||
| Diffraction reflection shell |
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| 反射 | 解像度: 1.75→47.64 Å / Num. obs: 283662 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 958644 | ||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.4 % / Rejects: _
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→47.641 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 17.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.641 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
X線回折
スイス, 1件
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