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- PDB-4zfj: Ergothioneine-biosynthetic Ntn hydrolase EgtC, apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zfj
タイトルErgothioneine-biosynthetic Ntn hydrolase EgtC, apo form
要素Amidohydrolase EgtC
キーワードHYDROLASE / Ntn hydrolase / ergothioneine biosynthesis / sulfur chemistry / Mycobacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-glutamyl hercynylcysteine S-oxide hydrolase / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / glutamine metabolic process
類似検索 - 分子機能
Ergothioneine biosynthesis protein EgtC / Gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide hydrolase, Actinobacteria / Gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide hydrolase EgtC-like / Glutamine amidotransferases class-II / Glutamine amidotransferase domain / Glutamine amidotransferase type 2 domain profile. / Glutamine amidotransferase type 2 domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal ...Ergothioneine biosynthesis protein EgtC / Gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide hydrolase, Actinobacteria / Gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide hydrolase EgtC-like / Glutamine amidotransferases class-II / Glutamine amidotransferase domain / Glutamine amidotransferase type 2 domain profile. / Glutamine amidotransferase type 2 domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Vit, A. / Seebeck, F.P. / Blankenfeldt, W.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号
Swiss National Science Foundation147005 スイス
引用ジャーナル: Chembiochem / : 2015
タイトル: Structure of the Ergothioneine-Biosynthesis Amidohydrolase EgtC.
著者: Vit, A. / Mashabela, G.T. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P.
履歴
登録2015年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年10月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amidohydrolase EgtC
B: Amidohydrolase EgtC
C: Amidohydrolase EgtC
D: Amidohydrolase EgtC
E: Amidohydrolase EgtC
F: Amidohydrolase EgtC
G: Amidohydrolase EgtC
H: Amidohydrolase EgtC
I: Amidohydrolase EgtC
J: Amidohydrolase EgtC
K: Amidohydrolase EgtC
L: Amidohydrolase EgtC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,49435
ポリマ-303,10812
非ポリマー7,38723
44,6952481
1
A: Amidohydrolase EgtC
B: Amidohydrolase EgtC
C: Amidohydrolase EgtC
D: Amidohydrolase EgtC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,65112
ポリマ-101,0364
非ポリマー2,6158
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
E: Amidohydrolase EgtC
H: Amidohydrolase EgtC
J: Amidohydrolase EgtC
K: Amidohydrolase EgtC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,65112
ポリマ-101,0364
非ポリマー2,6158
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
F: Amidohydrolase EgtC
G: Amidohydrolase EgtC
I: Amidohydrolase EgtC
L: Amidohydrolase EgtC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,19211
ポリマ-101,0364
非ポリマー2,1577
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.977, 69.507, 160.375
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Amidohydrolase EgtC


分子量: 25258.975 Da / 分子数: 12 / 変異: E53D, L84V, P95S, D118A, V137L, H188R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
遺伝子: egtC, MSMEG_6248, MSMEI_6087 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0R5M9, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-XPE / 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL / DECAETHYLENE GLYCOL / デカエチレングリコ-ル


分子量: 458.541 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / : C20H42O11 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2481 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.4, 10-12% PEG 20000

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X10SA10.9786
シンクロトロンSLS X10SA20.9792
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2010年10月6日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2010年8月22日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
2double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
1double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97861
20.97921
Reflection冗長度: 13.7 % / : 3248829 / Rmerge(I) obs: 0.138 / D res high: 1.85 Å / D res low: 47.83 Å / Num. obs: 236707 / % possible obs: 98.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRedundancy
1.851.8811.07714
10.1347.8310.05813.4
反射解像度: 1.75→47.64 Å / Num. obs: 283662 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 958644
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.4 % / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.75-1.780.6541.947488140380.6970.41599.8
9.59-47.640.02824.9622918510.9990.01798.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.5.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→47.641 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 17.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1801 13870 4.89 %
Rwork0.1494 --
obs0.1509 283575 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20316 0 419 2481 23216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17629171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6047656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053800
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.76990.25774860.22868996X-RAY DIFFRACTION100
1.7699-1.79070.24544770.21928942X-RAY DIFFRACTION100
1.7907-1.81260.2574130.21089009X-RAY DIFFRACTION100
1.8126-1.83550.23234280.20818999X-RAY DIFFRACTION100
1.8355-1.85970.25894710.20418940X-RAY DIFFRACTION100
1.8597-1.88510.23164670.19728982X-RAY DIFFRACTION100
1.8851-1.91210.22484470.19028944X-RAY DIFFRACTION100
1.9121-1.94060.21484420.17429013X-RAY DIFFRACTION100
1.9406-1.97090.20814680.16888965X-RAY DIFFRACTION100
1.9709-2.00320.20394710.16418995X-RAY DIFFRACTION100
2.0032-2.03780.19724230.16359041X-RAY DIFFRACTION100
2.0378-2.07480.20364650.15798936X-RAY DIFFRACTION100
2.0748-2.11470.19744800.15139030X-RAY DIFFRACTION100
2.1147-2.15790.18015030.14328946X-RAY DIFFRACTION100
2.1579-2.20480.17834630.1468927X-RAY DIFFRACTION100
2.2048-2.25610.18184950.14249001X-RAY DIFFRACTION100
2.2561-2.31250.17774390.14278971X-RAY DIFFRACTION100
2.3125-2.37510.18384910.14458944X-RAY DIFFRACTION99
2.3751-2.4450.19314510.1418944X-RAY DIFFRACTION100
2.445-2.52390.18584400.14689098X-RAY DIFFRACTION100
2.5239-2.61410.18344480.14318988X-RAY DIFFRACTION100
2.6141-2.71870.17774550.13969025X-RAY DIFFRACTION100
2.7187-2.84240.18264610.14238962X-RAY DIFFRACTION99
2.8424-2.99230.17654790.15259025X-RAY DIFFRACTION99
2.9923-3.17970.17924670.15278996X-RAY DIFFRACTION99
3.1797-3.42520.17424740.1438889X-RAY DIFFRACTION98
3.4252-3.76970.15284720.13458921X-RAY DIFFRACTION98
3.7697-4.31490.13854750.12119049X-RAY DIFFRACTION99
4.3149-5.43510.13574470.1189042X-RAY DIFFRACTION98
5.4351-47.65850.18574720.16289185X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20940.02540.27171.17330.18031.62120.0055-0.018-0.00160.00080.0004-0.05610.08910.0296-0.01110.1065-0.0054-0.00720.0632-0.00490.113860.611710.6048121.8137
20.9619-0.33710.26732.0462-0.10432.55310.02980.05410.1546-0.1092-0.0326-0.1475-0.27960.1367-0.01120.136-0.02220.00340.08220.0170.138859.384623.4835108.369
31.7252-0.4813-0.34092.4353-0.77172.0705-0.00740.147-0.068-0.2067-0.0104-0.01450.26280.0127-0.00060.1521-0.0075-0.01460.0806-0.03380.107958.93415.1316106.2273
41.6201-0.1508-0.18871.6443-0.36251.7292-0.0385-0.06460.06890.13490.00540.0052-0.04310.00280.02920.1161-0.0097-0.00040.0641-0.00750.113765.9543.9829135.6581
51.1897-0.45370.72371.8350.07522.25030.03430.0312-0.082-0.0422-0.08020.14270.1056-0.08740.03940.1091-0.02090.00130.0791-0.00820.134156.653545.0784119.4947
61.3082-0.43540.22651.7457-0.10671.9296-0.1002-0.03360.19450.13930.0253-0.0161-0.3211-0.00670.04530.1808-0.0224-0.0240.0613-0.01180.160660.672959.0107131.3247
71.577-0.2720.41841.25620.07361.7835-0.03630.0720.0192-0.0175-0.0217-0.0789-0.05810.11160.04430.0752-0.0213-0.00830.10650.00760.105283.455627.4291131.7645
82.8334-0.72510.37761.642-0.59982.7901-0.0333-0.085-0.23460.01760.0460.07240.3768-0.121-0.01780.1359-0.02470.01010.11460.00990.122283.065316.4586146.8104
91.936-0.0578-0.07071.5017-0.09682.9132-0.05420.1304-0.0087-0.019-0.0455-0.22150.08940.4850.08250.0754-0.00080.00220.21110.01340.171498.077722.7488137.7117
102.04080.15440.13271.76740.0312.07120.0941-0.21020.07260.0713-0.10680.06060.0959-0.2530.0120.1003-0.0510.01530.1484-0.00670.109148.627719.4903140.8157
112.9499-0.67091.04440.1717-0.45773.34230.0585-0.51460.15010.0554-0.0785-0.07280.0418-0.0963-0.00730.153-0.0733-0.00670.2469-0.02590.14759.827616.5816155.227
122.13950.0062-0.42661.2122-0.01481.01180.078-0.52480.05730.3324-0.10960.21560.1762-0.5957-0.0580.1883-0.20540.05220.5132-0.03830.182740.923415.0001154.535
131.4626-0.11950.78641.86350.07521.58890.01080.1210.1449-0.0375-0.133-0.1532-0.07160.1454-0.08320.0939-0.0080.01750.18360.05070.147328.732938.59564.4858
142.20780.00870.70012.2255-0.7850.984-0.0006-0.15980.12380.0678-0.05130.1294-0.0735-0.0136-0.0420.10680.00370.02210.1776-0.02350.159310.181737.891262.8479
152.27410.0718-0.39842.89170.38771.24170.02650.3940.3831-0.1703-0.1476-0.0389-0.13180.1401-0.02890.1903-0.00080.00740.24320.10140.209222.059748.319452.7757
161.59880.18450.07671.362-0.49381.79180.0489-0.18110.21190.035-0.08970.12790.0046-0.2226-0.0470.0962-0.02350.01370.1583-0.03260.1536113.761352.1592140.6725
172.4492-0.18830.89160.19140.07632.65770.1055-0.3890.14550.1174-0.1217-0.00340.1007-0.1985-0.08270.171-0.0703-0.00230.2102-0.03020.1651125.26749.2453155.0063
181.57010.4293-0.09641.38550.73111.00230.3416-0.60690.08870.3683-0.29440.27130.3582-0.3855-0.16370.196-0.17360.06940.4802-0.08180.2133107.040945.7259154.6983
191.5446-0.11640.20441.00630.01871.9506-0.04180.10940.0891-0.0211-0.0562-0.1042-0.0560.14220.00180.1071-0.0278-0.02320.13090.02210.1345147.78863.5145132.001
202.4718-0.79150.10221.7463-0.95962.5039-0.0721-0.0559-0.12290.00220.05670.0220.263-0.00470.03460.1598-0.0213-0.0130.1423-0.00250.1321148.490752.2249146.7148
211.8224-0.38190.76882.4403-0.7153.3989-0.16510.25610.14710.1074-0.1955-0.371-0.16210.76980.16630.1258-0.0404-0.00630.34850.08130.2877163.826960.6308136.4652
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231.28750.30881.2571.8585-0.37362.1670.05280.0355-0.0135-0.1837-0.05790.01860.1156-0.03250.0120.1141-0.00560.0190.189-0.01960.12122.505518.926877.0629
242.32650.01960.21212.0989-0.57651.54090.0773-0.2064-0.24750.101-0.03590.06280.2735-0.2992-0.01740.1811-0.0920.0230.24010.02010.15951.31288.474692.8543
252.2670.05650.6331.28370.15852.22850.05760.056-0.0369-0.0542-0.0082-0.00110.13750.037-0.04550.12540.0012-0.00880.0736-0.01470.0975126.371345.3984121.2757
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272.3674-1.25080.38612.3723-0.26333.01410.11110.1997-0.1484-0.171-0.046-0.00420.49430.1706-0.04510.23110.0136-0.02350.1304-0.05730.1502125.293940.14105.8242
281.7253-0.51750.37671.38690.10510.85810.11770.24530.0321-0.0865-0.1276-0.03420.07130.1462-0.12950.11840.040.03180.2181-0.00860.118835.591716.17269.0636
290.9054-0.14370.96862.15130.06351.30780.05950.09330.05680.0832-0.066-0.13660.08280.1207-0.04760.12810.00240.01740.19680.00410.138349.210217.332182.5546
301.1223-0.0859-0.01922.0776-0.10531.4970.1470.3281-0.174-0.1239-0.1381-0.12420.16670.2868-0.19250.20240.10560.03170.3119-0.04170.185748.23536.154268.0367
311.8711-0.36170.79272.204-0.07522.3267-0.031-0.10760.22560.0053-0.0730.0325-0.0662-0.09730.07070.07720.0017-0.0050.1377-0.04470.142423.171239.736794.4143
323.45540.18790.68892.38851.03663.0757-0.01350.0740.2061-0.01330.0121-0.1593-0.06210.12370.00440.0866-0.0026-0.01370.11310.00520.148642.036838.093697.5312
332.2762-0.75620.30752.11180.29011.4817-0.1094-0.39640.54750.22-0.0256-0.0472-0.1584-0.14270.10010.19660.0112-0.02150.229-0.12340.276430.200749.5459105.786
341.195-0.38210.21942.2558-0.24932.4762-0.1046-0.06230.1170.225-0.04870.0184-0.2006-0.04320.12750.18720.0075-0.03270.0845-0.03070.164128.848178.2758136.9351
352.1228-0.30611.38522.54020.80483.7196-0.1355-0.10710.1972-0.1671-0.14080.3051-0.2581-0.35920.21370.19290.0219-0.04640.148-0.04150.2033119.170479.4603121.0447
361.3683-0.6247-0.17981.79550.53942.0199-0.2125-0.01140.14830.1194-0.1770.2086-0.6779-0.33690.19890.39970.0841-0.09720.166-0.09190.3163122.026392.9279133.7743
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 89 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 170 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 171 through 230 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 89 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 90 through 170 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 171 through 229 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 2 through 89 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 90 through 170 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 171 through 230 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 2 through 89 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 90 through 170 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 171 through 228 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 2 through 89 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 90 through 170 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 171 through 229 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 2 through 89 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 90 through 170 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 171 through 231 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 2 through 89 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 90 through 170 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 190 through 228 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 2 through 89 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 90 through 170 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 171 through 227 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'I' and (resid 2 through 89 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'I' and (resid 90 through 170 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'I' and (resid 171 through 229 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'J' and (resid 2 through 89 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'J' and (resid 98 through 170 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'J' and (resid 171 through 227 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'K' and (resid 2 through 89 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'K' and (resid 98 through 170 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'K' and (resid 171 through 228 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'L' and (resid 2 through 89 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'L' and (resid 90 through 170 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'L' and (resid 171 through 228 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る