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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zf3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Green Fluorescent Protein (GFP); S65T, H148D; circular permutant ( 50-51) | ||||||
![]() | Green fluorescent protein | ||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oltrogge, L.M. / Boxer, S.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Short Hydrogen Bonds and Proton Delocalization in Green Fluorescent Protein (GFP). 著者: Oltrogge, L.M. / Boxer, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28176.395 Da / 分子数: 2 変異: S30R, Y39I, C48S, F64L, S65T, Q80R, F99S, N105K, E111V, I128Y, Y145F, H148D, M153T, K156N, V163A, K166T, I167V, I171V, S205T, A206V 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GFP / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 50 mM sodium acetate, 100 mM NaCl, 5% (wt/vol) PEG 3550 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月3日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→37.8 Å / Num. obs: 27729 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 29.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 10.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2DUF 解像度: 1.9→34.309 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.56 Å2 / Biso mean: 37.8076 Å2 / Biso min: 14.98 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→34.309 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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