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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zej | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of DIM-1 Metallo-beta-Lactamase exposed to Ceftazidime | ||||||
![]() | Metallo-beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / ZINC METALLOENZYME | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Booth, M.P.S. / Kosmopoulou, M. / Spencer, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Stricture of DIM-1 Metallo-beta-Lactamase 著者: Booth, M.P.S. / Kosmopoulou, M. / Poirel, L. / Nordmann, P. / Spencer, J. #1: ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2010 タイトル: Characterization of DIM-1, an integron-encoded metallo-beta-lactamase from a Pseudomonas stutzeri clinical isolate in the Netherlands. 著者: Poirel, L. / Rodriguez-Martinez, J.M. / Al Naiemi, N. / Debets-Ossenkopp, Y.J. / Nordmann, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 189.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 151.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ddkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25624.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: blaDIM-1 / プラスミド: PXD-1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 20% polyethylene glycol (PEG) 550 monomethyl ether (MME), 10% PEG 20 000, 50 mM HEPES, 50 mM MOPS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→91.89 Å / Num. obs: 38481 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 29.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.86 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DDK 解像度: 1.79→91.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.516 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.641 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→91.88 Å
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拘束条件 |
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