PDB-4zdx: Structure of OXA-51 beta-lactamase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zdx

タイトル

Structure of OXA-51 beta-lactamase

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / antibiotic resistance / beta-lactamase / carbapenemase / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / beta-lactamase
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Smith, C.A. / Antunes, N.T. / Stewart, N.K. / Frase, H. / Toth, M. / Kantardjieff, K.A. / Vakulenko, S.B.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Enhancement of Carbapenemase Activity in the OXA-51 Family of Class D beta-Lactamases.
著者: Smith, C.A. / Antunes, N.T. / Stewart, N.K. / Frase, H. / Toth, M. / Kantardjieff, K.A. / Vakulenko, S.

履歴

登録	2015年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月2日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zdx.cif.gz	110.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zdx.ent.gz	89.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zdx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zdx_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zdx_full_validation.pdf.gz	440 KB	表示
XML形式データ	4zdx_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	4zdx_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/4zdx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5kzh-1 4y0u-2 6t1h-d 4y0t-4 6apa-1 4y0t-3 4ibr-d 6apa-3 5kzh-3 4opr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.111, 131.111, 67.525
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-527- HOH
2	1	A-543- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Beta-lactamase OXA-51 分子量: 30702.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5QT35
#2: 化合物	ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 164.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES sodium, pH 7.5, 30% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→33.8 Å / Num. all: 20085 / Num. obs: 20085 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 26.4
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.001→33.763 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2161	1028	5.12 %
R_work	0.1566	-	-
obs	0.1595	20084	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→33.763 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1908	0	17	145	2070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1971
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.015	2664
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.597	734
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	291
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	340

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.001-2.1065	0.2605	149	0.2089	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1065-2.2384	0.2418	149	0.1758	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2384-2.4112	0.2092	134	0.1725	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4112-2.6538	0.2389	170	0.169	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6538-3.0376	0.2308	151	0.1719	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0376-3.8262	0.2329	145	0.1521	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8262-33.7673	0.1784	130	0.1401	2882	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1988	-0.1131	0.2519	0.2997	-0.017	0.357	0.6856	-0.0068	0.4867	-0.3513	-0.4674	0.1398	-1.0444	-1.0958	0.0187	0.7701	0.0227	-0.0998	0.8273	0.2459	0.7613	-0.1531	51.5594	12.3953
2	1.6545	0.1766	-0.3681	0.7565	0.1164	0.9227	0.0659	0.3519	0.0734	-0.2177	0.0519	0.193	-0.0453	-0.3363	-0.0001	0.3074	-0.0044	-0.0636	0.4383	0.038	0.3467	3.9026	34.0178	16.965
3	1.2307	0.2831	0.7506	0.769	0.2714	1.0421	0.0022	0.2234	0.0922	-0.1794	0.0449	-0.1	-0.0228	0.4328	0.0002	0.3592	0.0003	0.0181	0.4397	-0.0011	0.3981	26.6324	26.1092	18.5626
4	0.4935	-0.6071	0.3549	0.9438	-0.064	0.9192	-0.1147	0.2438	-0.4514	-0.4388	0.1335	-0.0242	0.4415	-0.0539	0.0002	0.4063	-0.049	-0.0179	0.3199	-0.0583	0.4267	14.1007	17.0383	19.0341
5	1.4613	-0.1722	0.4216	1.4232	-0.374	0.7943	-0.0328	0.2627	-0.1113	-0.2667	0.0904	0.2437	0.1697	-0.3394	0.0001	0.3043	-0.069	-0.055	0.383	-0.0225	0.3501	6.1652	24.8561	18.8067
6	0.7287	0.1634	0.0486	0.3503	-0.4563	0.6197	0.1406	-0.2865	0.3054	0.4026	-0.0789	0.3676	-0.1124	0.3343	0.0005	0.3002	-0.0151	-0.0175	0.4044	-0.0264	0.3482	15.5686	33.503	30.5544
7	2.2456	-0.239	0.5396	1.9804	-0.9346	0.8343	0.0381	0.3005	0.2488	-0.253	0.0612	0.0696	-0.1865	-0.0741	0.0044	0.2809	-0.051	-0.003	0.3647	0.0369	0.3266	9.9118	38.7105	17.1683
8	0.3001	0.3003	0.1462	0.3303	-0.0019	0.2896	0.1805	-0.0418	0.4411	-0.185	0.1024	-0.135	-0.5586	0.1544	0.0007	0.4241	-0.0188	0.0155	0.4066	0.057	0.5198	9.076	47.574	18.4154

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 34 through 48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 92 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 128 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 129 through 151 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 152 through 193 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 194 through 209 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 210 through 256 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 257 through 274 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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