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- PDB-4zdi: Crystal structure of the M. tuberculosis CTP synthase PyrG (apo form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zdi
タイトルCrystal structure of the M. tuberculosis CTP synthase PyrG (apo form)
要素CTP synthase
キーワードLIGASE / CTP synthase / PyrG / amidotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / CTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CTP synthase / CTP synthase, N-terminal / CTP synthase GATase domain / CTP synthase N-terminus / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...CTP synthase / CTP synthase, N-terminal / CTP synthase GATase domain / CTP synthase N-terminus / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Bellinzoni, M. / Barilone, N. / Alzari, P.M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号
European CommissionHEALTH-F3-2011-260872 フランス
引用ジャーナル: Chem.Biol. / : 2015
タイトル: Thiophenecarboxamide Derivatives Activated by EthA Kill Mycobacterium tuberculosis by Inhibiting the CTP Synthetase PyrG.
著者: Mori, G. / Chiarelli, L.R. / Esposito, M. / Makarov, V. / Bellinzoni, M. / Hartkoorn, R.C. / Degiacomi, G. / Boldrin, F. / Ekins, S. / de Jesus Lopes Ribeiro, A.L. / Marino, L.B. / Centarova, ...著者: Mori, G. / Chiarelli, L.R. / Esposito, M. / Makarov, V. / Bellinzoni, M. / Hartkoorn, R.C. / Degiacomi, G. / Boldrin, F. / Ekins, S. / de Jesus Lopes Ribeiro, A.L. / Marino, L.B. / Centarova, I. / Svetlikova, Z. / Blasko, J. / Kazakova, E. / Lepioshkin, A. / Barilone, N. / Zanoni, G. / Porta, A. / Fondi, M. / Fani, R. / Baulard, A.R. / Mikusova, K. / Alzari, P.M. / Manganelli, R. / de Carvalho, L.P. / Riccardi, G. / Cole, S.T. / Pasca, M.R.
履歴
登録2015年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CTP synthase
B: CTP synthase
C: CTP synthase
D: CTP synthase
E: CTP synthase
F: CTP synthase
G: CTP synthase
H: CTP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)510,48816
ポリマ-510,1688
非ポリマー3218
00
1
B: CTP synthase
ヘテロ分子

A: CTP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,6224
ポリマ-127,5422
非ポリマー802
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z+1/41
Buried area2458 Å2
ΔGint-27.4 kcal/mol
Surface area39935 Å2
手法PISA
2
A: CTP synthase
ヘテロ分子

B: CTP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,6224
ポリマ-127,5422
非ポリマー802
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-y,x,z-1/41
Buried area2460 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area39940 Å2
手法PISA
3
C: CTP synthase
D: CTP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,6224
ポリマ-127,5422
非ポリマー802
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area39080 Å2
手法PISA
4
E: CTP synthase
H: CTP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,6224
ポリマ-127,5422
非ポリマー802
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area39720 Å2
手法PISA
5
F: CTP synthase
G: CTP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,6224
ポリマ-127,5422
非ポリマー802
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area39480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)196.826, 196.826, 184.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
CTP synthase / CTP synthetase / UTP--ammonia ligase


分子量: 63770.953 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: pyrG, Rv1699, MTCI125.21 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WHK7, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : Ca

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG8000, 200 mM Ca acetate, 100 mM Hepes pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.52→49.21 Å / Num. obs: 85758 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 69.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.52→3.58 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.998 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZDJ
解像度: 3.52→49.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8712 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8705 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.447
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2209 4288 5.01 %RANDOM
Rwork0.2128 ---
obs0.2132 85620 98.62 %-
原子変位パラメータBiso mean: 111 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-28.0945 Å20 Å20 Å2
2--28.0945 Å20 Å2
3----56.189 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.81 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.52→49.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30929 0 8 0 30937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealRestraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00831615HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8943267HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d13921SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes638HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4834HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it31615HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4321SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact35111SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.52→3.61 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 323 5.14 %
Rwork0.2516 5962 -
all0.252 6285 -
obs--98.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0878-0.74530.4741.29440.21082.16690.0226-0.02930.11190.10140.0882-0.09410.01270.0964-0.1108-0.0703-0.00190.10020.00070.034-0.152348.38336.9348-8.9464
20.2528-0.60451.568500.48171.84760.0041-0.0272-0.00790.06280.0216-0.01230.013-0.014-0.02570.03030.0461-0.07320.0798-0.0844-0.015364.125230.75748.6993
34.5499-1.3186-1.05123.0551.67591.7292-0.04080.138-0.0676-0.07510.0152-0.0357-0.0365-0.08030.0256-0.1090.06370.02130.02040.0601-0.188973.38512.5682-15.2181
42.3756-0.3942-0.49732.4137-0.43070.87170.02670.03170.1832-0.2621-0.0884-0.17620.13530.04520.06170.04620.09350.0914-0.055-0.0086-0.205546.5417-32.45482.9061
500.0693-2.83590.3656-2.25511.757700.03680.0182-0.01570.0042-0.00650.02390.0124-0.00410.04140.11630.14050.07250.0898-0.014950.242-17.2721-15.1092
62.7449-0.74950.10815.03410.18411.59770.02830.02670.0013-0.0928-0.2153-0.05740.1612-0.02990.1870.0120.0888-0.0128-0.03790.0376-0.296722.6155-7.0522-2.806
72.9950.38890.43541.9508-0.08981.1233-0.1340.07280.1545-0.19520.3083-0.0515-0.0030.0592-0.17430.0732-0.14330.03090.03390.0727-0.296449.29515.503235.4329
80.1317-0.06371.63370-1.28681.74290.00020.02420.001-0.02130.00740.0104-0.01070.0261-0.00770.1393-0.1211-0.07750.03880.1438-0.092833.40811.669217.8433
95.72781.8171-0.6642.9135-0.9551.1584-0.1437-0.0527-0.1857-0.03210.0435-0.0034-0.17640.0390.10020.029-0.07870.0054-0.04260.0078-0.263924.4023-9.173640.3607
101.1899-0.43010.48713.4896-0.07731.4018-0.0672-0.10580.1127-0.01320.1459-0.2815-0.0226-0.0442-0.0786-0.16090.152-0.08920.1278-0.1264-0.18866.594624.439166.2805
110.370.51611.22610.60192.29310.71190.0029-0.020.01210.04350.0072-0.0188-0.0293-0.0135-0.01010.02390.1051-0.11340.0269-0.13970.061983.443830.208883.0138
123.8502-1.272-0.13363.11750.14911.5549-0.06770.0248-0.0301-0.046-0.0279-0.068-0.052-0.1650.0956-0.16610.152-0.11550.1113-0.0384-0.206692.35691.210673.5752
131.22510.0984-0.56093.2057-0.442.0674-0.0746-0.14880.05870.09260.18290.23430.1042-0.013-0.1083-0.16550.1511-0.11190.0804-0.0692-0.120643.499452.542665.5275
140.1332-0.1722-1.07940.0357-1.00321.07210.0019-0.017-0.0050.04080.00320.010.00390.0166-0.00510.07320.07850.0480.02560.0772-0.003928.018548.831483.8902
153.0819-0.78160.25961.9347-0.41771.3825-0.0286-0.026-0.0168-0.0582-0.00130.087-0.0303-0.00240.0299-0.20720.1407-0.0391-0.034-0.13740.098418.056176.407271.5567
163.7244-0.0010.65011.55870.67041.90180.06220.1545-0.158-0.1309-0.0702-0.1403-0.0349-0.04320.008-0.06760.15190.1461-0.1337-0.0052-0.08574.3767-55.4831.7916
170.42380.44851.32030.2951.04361.72740.00180.0343-0.0029-0.02610.0053-0.0017-0.0219-0.0112-0.0070.03270.1058-0.04580.0551-0.09650.023368.9356-72.1675-15.2071
182.5991-2.5053-0.20434.04240.18360.5890.04270.04740.03840.0615-0.1615-0.1131-0.0663-0.07410.1189-0.07070.15120.1469-0.08070.0484-0.088797.9416-81.1464-5.5571
191.68610.2009-0.52141.62620.21972.36450.0282-0.11410.07340.183-0.0847-0.10460.01180.01070.05650.0305-0.07220.1294-0.1937-0.0598-0.027782.0221-38.286233.1303
200.0608-0.3549-1.10990.2690.96681.71110.001-0.037-0.00530.01340.01280.00490.0269-0.0185-0.01380.0336-0.03210.03880.0109-0.0813-0.000285.631-22.045750.6417
212.20490.6409-0.93243.6691-1.33510.62550.008-0.0221-0.004-0.061-0.0658-0.0860.0691-0.05280.0578-0.0465-0.14270.0068-0.196-0.07580.1153106.79-13.140828.807
221.67451.9609-1.00081.74211.28082.8817-0.1459-0.02720.0565-0.30890.3711-0.0797-0.1097-0.1157-0.22520.1003-0.152-0.1483-0.0741-0.0234-0.267858.533962.051331.2089
230.01660.6321-0.70090-0.5121.40280.00240.02660.0091-0.02430.0095-0.0188-0.0228-0.0208-0.0120.0663-0.14090.01660.0236-0.0797-0.066373.607367.502913.1746
244.33321.83310.53542.07630.75630.9979-0.1137-0.14480.1151-0.1960.1481-0.05060.0419-0.1068-0.03440.0822-0.152-0.0292-0.1363-0.1382-0.194684.355585.71337.245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|7 - A|278 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|279 - A|298 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|299 - A|551 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|7 - B|278 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|279 - B|298 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|299 - B|551 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ C|7 - C|278 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ C|279 - C|298 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ C|299 - C|551 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ D|7 - D|278 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ D|279 - D|298 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ D|299 - D|551 }
13X-RAY DIFFRACTION13{ E|7 - E|278 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ E|279 - E|298 }
15X-RAY DIFFRACTION15{ E|299 - E|551 }
16X-RAY DIFFRACTION16{ F|6 - F|278 }
17X-RAY DIFFRACTION17{ F|279 - F|298 }
18X-RAY DIFFRACTION18{ F|299 - F|551 }
19X-RAY DIFFRACTION19{ G|7 - G|278 }
20X-RAY DIFFRACTION20{ G|279 - G|298 }
21X-RAY DIFFRACTION21{ G|299 - G|551 }
22X-RAY DIFFRACTION22{ H|7 - H|278 }
23X-RAY DIFFRACTION23{ H|279 - H|298 }
24X-RAY DIFFRACTION24{ H|299 - H|551 }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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