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- PDB-4zcw: Structure of Human Enolase 2 in complex with SF2312 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zcw
タイトルStructure of Human Enolase 2 in complex with SF2312
要素Gamma-enolase
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / enolase gamma / glycolysis / neuron specific enolase / inhibitor / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / photoreceptor inner segment / gluconeogenesis / glycolytic process / perikaryon ...phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / photoreceptor inner segment / gluconeogenesis / glycolytic process / perikaryon / magnesium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4NG / Gamma-enolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.992 Å
データ登録者Leonard, P.G. / Maxwell, D. / Czako, B. / Muller, F.L.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: SF2312 is a natural phosphonate inhibitor of enolase.
著者: Leonard, P.G. / Satani, N. / Maxwell, D. / Lin, Y.H. / Hammoudi, N. / Peng, Z. / Pisaneschi, F. / Link, T.M. / Lee, G.R. / Sun, D. / Prasad, B.A. / Di Francesco, M.E. / Czako, B. / Asara, J.M. ...著者: Leonard, P.G. / Satani, N. / Maxwell, D. / Lin, Y.H. / Hammoudi, N. / Peng, Z. / Pisaneschi, F. / Link, T.M. / Lee, G.R. / Sun, D. / Prasad, B.A. / Di Francesco, M.E. / Czako, B. / Asara, J.M. / Wang, Y.A. / Bornmann, W. / DePinho, R.A. / Muller, F.L.
履歴
登録2015年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22016年10月26日Group: Database references
改定 1.32016年11月23日Group: Database references
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-enolase
B: Gamma-enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7908
ポリマ－96,2992
非ポリマー4916
水10,719595
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area29000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.300, 109.460, 117.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 2 - 434 / Label seq-ID: 2 - 434

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Gamma-enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / Enolase 2 / Neural enolase / Neuron-specific enolase / NSE


分子量: 48149.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENO2 / プラスミド: pJL-H6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 plysS / 参照: UniProt: P09104, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-4NG / [(3S,5S)-1,5-dihydroxy-2-oxopyrrolidin-3-yl]phosphonic acid


分子量: 197.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8NO6P
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 200 mM ammonium acetate, 18-22% w/v PEG3350, overnight crystal soak in 4 mM SF2312, 100 mM Bis-Tris, 200 mM ammonium acetate, 32% w/v PEG3350, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月16日
放射モノクロメーター: Double flat crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→80.02 Å / Num. obs: 60867 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 21.18 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 428996 / Scaling rejects: 47
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.99-2.046.60.4493.82884443990.9060.18999.6
8.91-80.026.40.03126.850637850.9990.01399.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.95 Å51.69 Å
Translation5.95 Å51.69 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
Coot0.7.1モデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLM7.1.1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3UCC chain A

3ucc


解像度: 1.992→51.686 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2023 3064 5.04 %Random selection
Rwork0.1567 57724 --
obs0.159 60788 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.16 Å2 / Biso mean: 25.1923 Å2 / Biso min: 5.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.992→51.686 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6628 0 28 595 7251
Biso mean--18.75 32.5 -
残基数----866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0186792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3969201
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0921035
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8012527
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3929X-RAY DIFFRACTION5.262TORSIONAL
12B3929X-RAY DIFFRACTION5.262TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.992-2.02320.30921320.22322570270299
2.0232-2.05630.25561320.191126042736100
2.0563-2.09180.23791370.185225642701100
2.0918-2.12980.25741310.172926252756100
2.1298-2.17080.26821450.179525562701100
2.1708-2.21510.22161490.170326042753100
2.2151-2.26330.20091540.165125882742100
2.2633-2.31590.21971260.161425822708100
2.3159-2.37390.22411240.161126092733100
2.3739-2.4380.21171330.160526502783100
2.438-2.50980.21681620.155525512713100
2.5098-2.59080.18661450.157826002745100
2.5908-2.68340.21591450.157226172762100
2.6834-2.79080.20871490.157625822731100
2.7908-2.91780.21471650.160926092774100
2.9178-3.07160.21351170.165326572774100
3.0716-3.2640.22581500.169326202770100
3.264-3.5160.1981110.158426682779100
3.516-3.86970.18131340.145626612795100
3.8697-4.42940.14111160.128926942810100
4.4294-5.57960.16411570.13326952852100
5.5796-51.70380.18251500.151228182968100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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