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- PDB-4zci: Crystal Structure of Escherichia coli GTPase BipA/TypA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zci
タイトルCrystal Structure of Escherichia coli GTPase BipA/TypA
要素GTP-binding protein TypA/BipA
キーワードGTP-BINDING PROTEIN / BipA / GTPase / Nucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosomal large subunit assembly / ribosome biogenesis / ribosome binding / tRNA binding / rRNA binding / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding ...guanosine tetraphosphate binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosomal large subunit assembly / ribosome biogenesis / ribosome binding / tRNA binding / rRNA binding / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / TypA/BipA C-terminal domain / GTP-binding protein TypA / BipA, domain V / GTP-binding protein TypA/BipA, C-terminal / Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3 / Alpha-Beta Plaits - #240 ...: / : / : / : / TypA/BipA C-terminal domain / GTP-binding protein TypA / BipA, domain V / GTP-binding protein TypA/BipA, C-terminal / Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3 / Alpha-Beta Plaits - #240 / Translation factors / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT HEXAMMINE(III) / Large ribosomal subunit assembly factor BipA / 50S ribosomal subunit assembly factor BipA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.627 Å
データ登録者Fan, H.T. / Hahm, J. / Diggs, S. / Blaha, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Analysis of BipA, a Regulator of Virulence in Enteropathogenic Escherichia coli.
著者: Fan, H. / Hahm, J. / Diggs, S. / Perry, J.J. / Blaha, G.
履歴
登録2015年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22015年9月2日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein TypA/BipA
B: GTP-binding protein TypA/BipA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,2606
ポリマ－140,6152
非ポリマー6444
水1,42379
1
A: GTP-binding protein TypA/BipA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6303
ポリマ－70,3081
非ポリマー3222
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTP-binding protein TypA/BipA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6303
ポリマ－70,3081
非ポリマー3222
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.717, 161.391, 89.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 GTP-binding protein TypA/BipA / Tyrosine phosphorylated protein A


分子量: 70307.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: typA, bipA, yihK, b3871, JW5571 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32132, UniProt: P0DTT0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris-HCl, 2 % PEG 6000, and 5 mM [Co(NH3)6]Cl3, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月7日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.627→46.004 Å / Num. all: 46793 / Num. obs: 46760 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 58.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.63→2.68 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.919 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIXdev_1819精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CB4, 3E3X

3cb4

3e3x


解像度: 2.627→46.004 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2483 2258 4.83 %
Rwork0.2104 --
obs0.2123 46733 98.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.627→46.004 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8582 0 0 79 8661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74411833
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.63208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0291360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031561
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.627-2.68410.38881290.33652123X-RAY DIFFRACTION76
2.6841-2.74650.33971370.30652826X-RAY DIFFRACTION99
2.7465-2.81520.29311430.27762807X-RAY DIFFRACTION100
2.8152-2.89130.29851440.28432810X-RAY DIFFRACTION100
2.8913-2.97640.34711360.27192828X-RAY DIFFRACTION100
2.9764-3.07240.27641490.24752776X-RAY DIFFRACTION100
3.0724-3.18220.28331330.24722856X-RAY DIFFRACTION100
3.1822-3.30960.24571390.24952819X-RAY DIFFRACTION100
3.3096-3.46020.31061340.24742814X-RAY DIFFRACTION100
3.4602-3.64250.25061330.22792836X-RAY DIFFRACTION100
3.6425-3.87060.2631420.21562814X-RAY DIFFRACTION100
3.8706-4.16930.24181540.1862809X-RAY DIFFRACTION100
4.1693-4.58850.19521360.16582822X-RAY DIFFRACTION100
4.5885-5.25170.20441530.16722836X-RAY DIFFRACTION100
5.2517-6.61340.26131420.21362841X-RAY DIFFRACTION100
6.6134-46.01070.21621540.17582858X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0394-1.94810.00992.0269-0.01381.3972-0.21980.2678-0.24880.05990.12860.0109-0.0380.12890.08720.2775-0.0049-0.03460.4972-0.04890.34615.264.75019.5103
21.147-0.16181.04930.2129-0.70286.20310.19040.07250.16830.140.1294-0.0237-1.1832-0.2284-0.27570.78580.0610.07620.57140.06650.522313.3904-3.880347.1953
38.13242.56730.3563.5504-0.58942.2491-0.6067-0.10290.5456-0.04480.2893-0.01270.0690.08320.20510.32670.0401-0.04570.4461-0.03750.433719.623945.730130.2213
47.91452.53450.56132.74740.78731.5457-0.1941-0.49740.20670.1812-0.03730.18730.3079-0.0940.23630.39590.05910.09670.44560.00090.34194.642236.02833.1239
51.1548-0.5667-0.8150.28750.31871.1748-0.97910.3599-0.5962-1.23950.66690.38291.6993-0.29010.55521.8938-0.6590.18090.91010.08020.80659.023639.3398-0.3296
61.95971.0396-1.00991.475-0.94054.7674-0.0812-0.0181-0.0598-0.51920.27330.06711.559-0.4673-0.05690.9375-0.1558-0.09750.66290.11150.555623.342252.5181-5.5411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 295 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 296 through 601 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 160 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 161 through 294 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 295 through 345 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 346 through 601 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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