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- PDB-4zch: Single-chain human APRIL-BAFF-BAFF Heterotrimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zch
タイトルSingle-chain human APRIL-BAFF-BAFF Heterotrimer
要素Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13,Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B,Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
キーワードCYTOKINE / B-cell activating factor / A proliferation-inducing ligand / TNF superfamily / PROTEROS BIOSTRUCTURES GMBH
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell costimulation / positive regulation of germinal center formation / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / transitional one stage B cell differentiation / germinal center formation / tumor necrosis factor receptor binding / skin development ...B cell costimulation / positive regulation of germinal center formation / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / transitional one stage B cell differentiation / germinal center formation / tumor necrosis factor receptor binding / skin development / B cell proliferation / B cell homeostasis / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / T cell costimulation / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / receptor ligand activity / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / signaling receptor binding / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13 / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Lammens, A. / Jiang, X. / Maskos, K. / Schneider, P.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
Institute of Arthritis Research スイス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Stoichiometry of Heteromeric BAFF and APRIL Cytokines Dictates Their Receptor Binding and Signaling Properties.
著者: Schuepbach-Mallepell, S. / Das, D. / Willen, L. / Vigolo, M. / Tardivel, A. / Lebon, L. / Kowalczyk-Quintas, C. / Nys, J. / Smulski, C. / Zheng, T.S. / Maskos, K. / Lammens, A. / Jiang, X. / ...著者: Schuepbach-Mallepell, S. / Das, D. / Willen, L. / Vigolo, M. / Tardivel, A. / Lebon, L. / Kowalczyk-Quintas, C. / Nys, J. / Smulski, C. / Zheng, T.S. / Maskos, K. / Lammens, A. / Jiang, X. / Hess, H. / Tan, S.L. / Schneider, P.
履歴
登録2015年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22015年7月8日Group: Database references
改定 1.32019年4月3日Group: Advisory / Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.52024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13,Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B,Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13,Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B,Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5853
ポリマ－97,4632
非ポリマー1221
水6,107339
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13,Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B,Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8542
ポリマ－48,7311
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13,Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B,Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7311
ポリマ－48,7311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.041, 117.865, 295.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13,Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B,Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B / A proliferation-inducing ligand / APRIL / TNF- and APOL-related leukocyte expressed ligand 2 / TALL- ...A proliferation-inducing ligand / APRIL / TNF- and APOL-related leukocyte expressed ligand 2 / TALL-2 / TNF-related death ligand 1 / TRDL-1 / B lymphocyte stimulator / BLyS / B-cell-activating factor / BAFF / Dendritic cell-derived TNF-like molecule / TNF- and APOL-related leukocyte expressed ligand 1 / TALL-1 / B lymphocyte stimulator / BLyS / B-cell-activating factor / BAFF / Dendritic cell-derived TNF-like molecule / TNF- and APOL-related leukocyte expressed ligand 1 / TALL-1


分子量: 48731.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The compound is a single chain APRIL-BAFF-BAFF heterotrimer from the construct of His-FLAG-TEV-GS-hAPRIL (aa111-250, T126A)-GGGGS-hBAFF(aa140-285)-GGGGS-hBAFF(aa140-285) with cleaved tags.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: TNFSF13, APRIL, TALL2, ZTNF2, UNQ383/PRO715, TNFSF13B, BAFF, BLYS, TALL1, TNFSF20, ZTNF4, UNQ401/PRO738
細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75888, UniProt: Q9Y275
#2: 化合物 ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: RESERVOIR SOLUTION : 14% PEG6000 , 1M LiCL , TRIS-HCL pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→147.76 Å / Num. obs: 36901 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 54.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.46
反射 シェル解像度: 2.43→2.68 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Rejects: 0 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q5X and 1KD7

1q5x

1kd7


解像度: 2.43→32.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9454 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9176 / SU R Cruickshank DPI: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.411 / SU Rfree Blow DPI: 0.25 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.25
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2341 1111 3.01 %RANDOM
Rwork0.1771 ---
obs0.1788 36894 96.72 %-
原子変位パラメータBiso max: 132.35 Å2 / Biso mean: 48.37 Å2 / Biso min: 12.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.923 Å20 Å20 Å2
2---2.6576 Å20 Å2
3---5.5805 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.334 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.43→32.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6644 0 8 339 6991
Biso mean--79.15 47.91 -
残基数----841
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2367SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes170HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes974HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6797HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion873SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7336SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6797HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9194HARMONIC21.22
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.5
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.5 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3682 87 2.88 %
Rwork0.2712 2929 -
all0.2742 3016 -
obs--96.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8003-0.8758-0.22433.9022-0.11594.078-0.0284-0.1558-0.26710.31070.00970.2280.5453-0.62720.0187-0.2253-0.15710.0173-0.02860.0405-0.0876-10.672827.309561.3683
21.13550.5297-0.07714.0941-1.39092.8982-0.03450.11320.0708-0.15090.05780.15970.0406-0.4485-0.0233-0.0974-0.0755-0.0069-0.0255-0.0205-0.0237-3.050330.33839.2703
303.8298-1.77445.3116-2.72121.42020.0015-0.1629-0.06860.0998-0.0035-0.0580.059-0.18050.0020.0167-0.0708-0.0136-0.04340.09930.105711.203440.603431.9199
41.29970.4092-0.46311.0930.49792.8078-0.09860.0242-0.0996-0.18070.0698-0.06370.276-0.16490.0287-0.0969-0.0423-0.0211-0.09960.01430.05121.566627.633843.9856
51.44990.2182-0.55832.25280.26193.4413-0.0278-0.17270.06920.0920.1128-0.2606-0.1090.2432-0.085-0.0992-0.0437-0.0228-0.0426-0.02380.019811.165540.119558.3562
61.86970.48422.62710.0426-1.9122.70710.04330.11710.08830.1249-0.2033-0.154-0.25120.16190.1601-0.0074-0.08240.0272-0.0175-0.04810.037310.902447.630275.2222
71.56370.1492-0.91731.99281.49773.7063-0.0275-0.18990.00850.20890.1451-0.24380.15040.1683-0.1176-0.105-0.0011-0.0593-0.05650.0263-0.00429.178233.270759.7748
82.0321-0.48920.71043.5859-0.13744.593-0.01240.32140.2161-0.351-0.1537-0.4998-0.74130.55350.16610.0847-0.08250.0856-0.1990.072-0.1756-0.03719.143312.9924
93.67090.086-0.55132.81550.36383.7668-0.0281-0.0339-0.0820.07650.0764-0.1399-0.10020.1668-0.0483-0.0618-0.0249-0.0098-0.10920.0475-0.0217-1.4353-0.108834.4642
101.98743.8355-3.97320-3.94631.82760.00640.0263-0.10230.0065-0.05070.08460.2136-0.18630.04430.003-0.05070.0624-0.02650.04080.0755-12.3408-14.139741.2798
111.54260.56150.88392.4754-0.65142.96450.10730.1755-0.1375-0.1966-0.0487-0.31460.0330.3635-0.0586-0.11070.02420.0129-0.08590.04070.00010.5416-4.371829.2771
122.2446-0.38850.73573.7523-1.4386.85880.20110.0561-0.2666-0.69130.09910.47720.962-0.3333-0.30030.0906-0.0681-0.1387-0.2806-0.003-0.1686-13.1419-12.337815.0163
1300.6373-2.427901.62141.0948-0.026-0.0451-0.1535-0.02130.06550.11750.0888-0.1346-0.03940.1620.0344-0.1819-0.0283-0.0257-0.1126-20.0644-10.8655-2.0951
140.32271.15880.79123.3172-1.20365.45450.07780.0647-0.1096-0.8302-0.0211-0.23810.62180.3315-0.05680.13960.05450.0021-0.2009-0.0101-0.1895-6.0912-10.530613.3922
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|8 - A|142 }A8 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|150 - A|221 }A150 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|222 - A|235 }A222 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|236 - A|294 }A236 - 294
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|301 - A|372 }A301 - 372
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|373 - A|386 }A373 - 386
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|387 - A|444 }A387 - 444
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|7 - B|142 }B7 - 142
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|151 - B|221 }B151 - 221
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|222 - B|235 }B222 - 235
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|236 - B|294 }B236 - 294
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|300 - B|372 }B300 - 372
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|373 - B|386 }B373 - 386
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|387 - B|444 }B387 - 444

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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