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万見
- PDB-4zar: Crystal Structure of Proteinase K from Engyodontium albuminhibite... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zar
タイトルCrystal Structure of Proteinase K from Engyodontium albuminhibited by METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-PHE-CHLOROMETHYL KETONE at 1.15 A resolution
要素
  • METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-PHE-CHLOROMETHYL KETONE, bound form
  • Proteinase K
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / Serine Protease inhibitor / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-PHE-CHLOROMETHYL KETONE / Proteinase K
類似検索 - 構成要素
生物種Engyodontium album (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Collazo, M. / Bond, C. / Cohen, A. / DeNicola, A. / Eden, K. / Jain, K. / Leung, C. / Lubock, N. ...Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Collazo, M. / Bond, C. / Cohen, A. / DeNicola, A. / Eden, K. / Jain, K. / Leung, C. / Lubock, N. / McCormick, J. / Rosinski, J. / Spiegelman, L. / Athar, Y. / Tibrewal, N. / Winter, J. / Solomon, S.
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Proteinase K from Engyodontium album inhibited by METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-PHE-CHLOROMETHYL KETONE at 1.15 A resolution
著者: Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Collazo, M. / Bond, C. / Cohen, A. / DeNicola, A. / Eden, K. / Jain, K. / Leung, C. / Lubock, N. / McCormick, J. / Rosinski, J. / Spiegelman, L. / Athar, Y. / ...著者: Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Collazo, M. / Bond, C. / Cohen, A. / DeNicola, A. / Eden, K. / Jain, K. / Leung, C. / Lubock, N. / McCormick, J. / Rosinski, J. / Spiegelman, L. / Athar, Y. / Tibrewal, N. / Winter, J. / Solomon, S.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 1991
タイトル: Inhibition of proteinase K by methoxysuccinyl-Ala-Ala-Pro-Ala-chloromethyl ketone. An x-ray study at 2.2-A resolution.
著者: Wolf, W.M. / Bajorath, J. / Mueller, A. / Raghunathan, S. / Singh, T.P. / Hinrichs, W. / Saenger, W.
履歴
登録2015年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_database_related ...entity / pdbx_database_related / pdbx_entity_src_syn / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact
Item: _entity.src_method / _pdbx_database_related.content_type ..._entity.src_method / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase K
B: METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-PHE-CHLOROMETHYL KETONE, bound form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5904
ポリマ－29,5102
非ポリマー802
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.850, 67.850, 102.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-650-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase


分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 106-384 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Engyodontium album (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: タンパク質・ペプチド METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-PHE-CHLOROMETHYL KETONE, bound form


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 551.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: METHOXYSUCCINYL-ALA-ALA-PRO-PHE-CHLOROMETHYL KETONE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Ammonium Sulfate , Tris HCL, calcium chloride / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→56.6 Å / Num. obs: 82922 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 16.018 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 18.82 / Num. measured all: 1014404
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.15-1.180.8590.5913.2637346620846190.6374.4
1.18-1.210.9080.5154.1850966608853230.54487.4
1.21-1.250.9510.4655.4169373587058530.48699.7
1.25-1.290.9640.4286.3473556575557480.44699.9
1.29-1.330.9730.3467.5270234556755670.361100
1.33-1.370.9760.2918.5764937538953890.304100
1.37-1.430.9870.24210.4968519520352020.252100
1.43-1.480.9910.19712.8365474502350230.206100
1.48-1.550.9940.15415.761161484148360.16199.9
1.55-1.630.9950.12418.4456858460946030.12999.9
1.63-1.710.9960.10622.5859420442544250.11100
1.71-1.820.9970.08926.0654898415841580.093100
1.82-1.940.9970.07530.449441394039390.078100
1.94-2.10.9980.06535.3746414368336760.06799.8
2.1-2.30.9980.0639.845231340334030.063100
2.3-2.570.9980.05641.7440445310131010.058100
2.57-2.970.9990.05142.332715273927250.05499.5
2.97-3.640.9990.0547.2731309236123610.052100
3.64-5.140.9980.04746.7822994186918660.04999.8
5.140.9980.04445.7213113110911050.04699.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3PRK

3prk


解像度: 1.15→56.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 0.84 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1345 8293 10 %RANDOM
Rwork0.1099 ---
obs0.1124 74629 97.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.91 Å2 / Biso mean: 14.417 Å2 / Biso min: 4.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.15→56.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2066 0 2 318 2386
Biso mean--14.33 27.61 -
残基数----284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0192228
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7661.9413056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.934642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.5255.032316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.2823.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.25215329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5091515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3221.1761169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3231.1761168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3761.7721468
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.25734239
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.404569
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.84354425
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 462 -
Rwork0.168 4156 -
all-4618 -
obs--74.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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