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- PDB-4z9k: Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH2)(F5) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z9k
タイトルRicin A chain bound to camelid nanobody (VHH2)(F5)
要素
  • Ricin
  • VHH2(F5) antibody
キーワードHydrolase/Immune system / Ricin toxin / nanobodies / Hydrolase-Immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Rudolph, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2016
タイトル: Structural analysis of nested neutralizing and non-neutralizing B cell epitopes on ricin toxin's enzymatic subunit.
著者: Rudolph, M.J. / Vance, D.J. / Cassidy, M.S. / Rong, Y. / Shoemaker, C.B. / Mantis, N.J.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structures of Ricin Toxin's Enzymatic Subunit (RTA) in Complex with Neutralizing and Non-Neutralizing Single-Chain Antibodies.
著者: Rudolph, M.J. / Vance, D.J. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Burshteyn, F. / Cassidy, M.S. / Gary, E.N. / Herrera, C. / Shoemaker, C.B. / Mantis, N.J.
履歴
登録2015年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ricin
B: VHH2(F5) antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6167
ポリマ－41,3562
非ポリマー2605
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area16130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.376, 107.085, 111.944
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-270-

HOH

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ricin


分子量: 28935.625 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 39-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 抗体 VHH2(F5) antibody


分子量: 12419.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 335分子

#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris, 15% PEG 3000, 2 mM Zinc acetate, 10 mM sulfobetaine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→111.94 Å / Num. obs: 75050 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 18.56 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 480384 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.5-1.536.61.4971.42379936300.5350.62499
8.22-111.945.90.04638.831205290.9960.02199.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.72 Å55.09 Å
Translation1.72 Å55.09 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.3データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→55.065 Å / FOM work R set: 0.8581 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 21.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1954 3741 4.99 %
Rwork0.1777 137886 -
obs0.1786 75015 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.84 Å2 / Biso mean: 27.81 Å2 / Biso min: 11.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→55.065 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2913 0 11 330 3254
Biso mean--33.52 38.86 -
残基数----374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0193029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6824117
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01543
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9331108
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.5170.35342390.3294538477799
1.517-1.53490.32142320.31314585481798
1.5349-1.55360.30732210.2954596481799
1.5536-1.57330.29722640.29114555481999
1.5733-1.5940.32162450.28744530477599
1.594-1.61580.3072360.27944606484299
1.6158-1.63890.26192300.26914565479599
1.6389-1.66340.26592630.25534596485999
1.6634-1.68940.26542460.248945924838100
1.6894-1.71710.27062420.24254544478699
1.7171-1.74670.26052510.22554650490199
1.7467-1.77840.22782300.21845364766100
1.7784-1.81260.24142480.208745964844100
1.8126-1.84960.2242480.203746314879100
1.8496-1.88990.22372300.197745954825100
1.8899-1.93380.20432730.186745544827100
1.9338-1.98220.18092080.17746424850100
1.9822-2.03580.19452150.174646494864100
2.0358-2.09570.2042500.173445774827100
2.0957-2.16330.18412620.166346024864100
2.1633-2.24070.16031850.163246874872100
2.2407-2.33040.18752320.162345974829100
2.3304-2.43640.16682650.166646074872100
2.4364-2.56490.21412350.167545964831100
2.5649-2.72560.1992560.168345994855100
2.7256-2.9360.19762470.171146294876100
2.936-3.23150.18292770.174645764853100
3.2315-3.6990.16922540.154446394893100
3.699-4.65990.14522340.137545794813100
4.6599-55.10230.17032290.154846384867100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.9217 Å / Origin y: 37.2273 Å / Origin z: 2.2663 Å
111213212223313233
T0.1136 Å2-0.0089 Å2-0.0074 Å2-0.102 Å2-0.0026 Å2--0.1503 Å2
L1.4188 °20.1783 °20.021 °2-0.8142 °2-0.2075 °2--2.4481 °2
S0.0256 Å °-0.1115 Å °-0.0751 Å °0.0161 Å °0.0057 Å °0.0208 Å °0.1295 Å °-0.2324 Å °-0.0263 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA5 - 262
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 117
3X-RAY DIFFRACTION1allZ1 - 5
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 372

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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