[日本語] English
万見
- PDB-4z9d: EcPltA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z9d
タイトルEcPltA
要素Pertussis toxin-like subunit ArtA
キーワードTRANSFERASE / UTEC / Escherichia coli / pertussis like / Membrane glycoproteins / Toxin / AB5 / Pertussis toxin / Typhoid toxin / Plt / PltAB / PltA / ribosyltransferase
機能・相同性Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / nucleotide binding / extracellular region / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Pertussis toxin subunit 1
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Littler, D.R. / Johnson, M.D. / Summers, R.J. / Schembri, M.A. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure and function analyses of a pertussis-like toxin from pathogenic Escherichia coli reveal a distinct mechanism of inhibition of trimeric G proteins.
著者: Littler, D.R. / Ang, S.Y. / Moriel, D.G. / Kocan, M. / Kleifeld, O. / Johnson, M.D. / Tran, M.T. / Paton, A.W. / Paton, J.C. / Summers, R. / Schrembri, M. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.T.
履歴
登録2015年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pertussis toxin-like subunit ArtA
B: Pertussis toxin-like subunit ArtA
C: Pertussis toxin-like subunit ArtA
D: Pertussis toxin-like subunit ArtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,72710
ポリマ－79,0284
非ポリマー2,7006
水10,773598
1
A: Pertussis toxin-like subunit ArtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4433
ポリマ－19,7571
非ポリマー6862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pertussis toxin-like subunit ArtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4433
ポリマ－19,7571
非ポリマー6862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Pertussis toxin-like subunit ArtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4202
ポリマ－19,7571
非ポリマー6631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Pertussis toxin-like subunit ArtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4202
ポリマ－19,7571
非ポリマー6631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Pertussis toxin-like subunit ArtA
D: Pertussis toxin-like subunit ArtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8645
ポリマ－39,5142
非ポリマー1,3503
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
6
B: Pertussis toxin-like subunit ArtA
C: Pertussis toxin-like subunit ArtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8645
ポリマ－39,5142
非ポリマー1,3503
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.520, 55.660, 73.060
Angle α, β, γ (deg.)90.06, 104.07, 96.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Pertussis toxin-like subunit ArtA / Pertussis toxin-like subunit PltA


分子量: 19756.875 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-190 / 変異: Q116D, E118D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: UPEC strain PA26B was isolated from a patient presenting with a urinary tract infection at the Princess Alexandra Hospital.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PA26B / 遺伝子: PU15_14675, PU38_26245 / プラスミド: pET28-NKI / 詳細 (発現宿主): hexahistidine tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B1KWV6, EC: 2.2.2.30
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
解説: Clusters of plate-like crystals that grew within 2-3 days
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Treated with 20 mM NAD+ for thirty minutes prior to crystallization, 1:1 protein to 4-7% PEG, 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.15 M lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→70.8 Å / Num. all: 91849 / Num. obs: 55479 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 10.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4Z9C

4z9c


解像度: 1.8→35.894 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 2818 5.08 %Random selection
Rwork0.1809 ---
obs0.1832 55466 88.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.894 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5569 0 178 598 6345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075926
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1798085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3852368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052861
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061067
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8310.31551360.26112591X-RAY DIFFRACTION87
1.831-1.86430.32611350.24822614X-RAY DIFFRACTION88
1.8643-1.90020.28831460.22662609X-RAY DIFFRACTION89
1.9002-1.9390.27321580.21482659X-RAY DIFFRACTION89
1.939-1.98110.23011560.19982644X-RAY DIFFRACTION89
1.9811-2.02720.2231470.19182682X-RAY DIFFRACTION90
2.0272-2.07790.24541320.18082676X-RAY DIFFRACTION90
2.0779-2.13410.25051440.18582721X-RAY DIFFRACTION91
2.1341-2.19690.22311430.18012681X-RAY DIFFRACTION90
2.1969-2.26780.23551370.17672687X-RAY DIFFRACTION90
2.2678-2.34880.23941350.17592748X-RAY DIFFRACTION91
2.3488-2.44280.20981350.1732674X-RAY DIFFRACTION90
2.4428-2.5540.22491280.17692666X-RAY DIFFRACTION90
2.554-2.68860.25861390.19262671X-RAY DIFFRACTION89
2.6886-2.8570.25831370.19472628X-RAY DIFFRACTION89
2.857-3.07740.2361370.19192635X-RAY DIFFRACTION88
3.0774-3.38690.22091470.17622588X-RAY DIFFRACTION87
3.3869-3.87650.20431460.15422479X-RAY DIFFRACTION84
3.8765-4.88210.1721370.14562478X-RAY DIFFRACTION83
4.8821-35.90110.17681430.16232517X-RAY DIFFRACTION85

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る