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- PDB-4z9c: EcPltAB Oxidized -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z9c
タイトルEcPltAB Oxidized
要素
  • Pertussis toxin-like subunit ArtA
  • Subtilase cytotoxin subunit B-like protein
キーワードTRANSFERASE / Redox switch / Pertussis toxin / Typhoid toxin / ADP-ribosyltransferase / Escherichia coli / AB5
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / nucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 ...Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 40S ribosomal protein S16 / Pertussis toxin subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Littler, D.R. / Johnson, M.D. / Summers, R.J. / Schembri, M.A. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure and function analyses of a pertussis-like toxin from pathogenic Escherichia coli reveal a distinct mechanism of inhibition of trimeric G proteins.
著者: Littler, D.R. / Ang, S.Y. / Moriel, D.G. / Kocan, M. / Kleifeld, O. / Johnson, M.D. / Tran, M.T. / Paton, A.W. / Paton, J.C. / Summers, R. / Schrembri, M. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.T.
履歴
登録2015年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pertussis toxin-like subunit ArtA
B: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein
C: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein
D: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein
E: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein
F: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0777
ポリマ－100,9826
非ポリマー951
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13480 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area31310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.900, 160.900, 62.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Pertussis toxin-like subunit ArtA / Pertussis-like toxin subunit A


分子量: 27565.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PU15_14675, PU38_26245 / 詳細 (発現宿主): pUC57 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B1KWV6, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: タンパク質
Subtilase cytotoxin subunit B-like protein / Pertussis-like toxin subunit B


分子量: 14683.417 Da / 分子数: 5 / Fragment: UNP residues 25-141 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PU15_14670, PU38_26240 / プラスミド: pUC57 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B1KTJ4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 15% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→49.42 Å / Num. obs: 38825 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DWA

3dwa


解像度: 2.35→40.312 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1935 4.99 %Random selection
Rwork0.192 ---
obs0.1951 38796 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→40.312 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6380 0 5 64 6449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3728809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0342372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067907
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061141
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.40880.33111330.31822629X-RAY DIFFRACTION100
2.4088-2.47390.35351450.28262582X-RAY DIFFRACTION100
2.4739-2.54670.31811570.26362603X-RAY DIFFRACTION100
2.5467-2.62890.30371320.25272620X-RAY DIFFRACTION100
2.6289-2.72280.28741460.24722603X-RAY DIFFRACTION100
2.7228-2.83180.3241460.24212615X-RAY DIFFRACTION100
2.8318-2.96070.31251500.24432588X-RAY DIFFRACTION100
2.9607-3.11670.29681460.22022617X-RAY DIFFRACTION100
3.1167-3.31190.25061660.21142606X-RAY DIFFRACTION100
3.3119-3.56750.27821100.1842648X-RAY DIFFRACTION100
3.5675-3.92620.26011130.1742699X-RAY DIFFRACTION100
3.9262-4.49370.2021180.14842652X-RAY DIFFRACTION100
4.4937-5.65910.18351330.13892666X-RAY DIFFRACTION100
5.6591-40.31760.23711400.17812733X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8259-0.2653-1.93364.09410.13544.96490.6290.08441.1163-0.0343-0.0026-0.2086-1.03760.0129-0.45820.55750.01170.29780.3423-0.00680.8134-3.7222-34.0932-2.5441
24.04121.6405-3.50515.67821.57899.6128-0.15830.520.673-0.46250.07220.2982-0.414-0.52970.0810.34380.0427-0.00230.522-0.00770.5936-17.3807-45.5064-7.4719
34.66710.2259-0.13155.0080.08372.64750.8483-0.26651.53780.0583-0.2052-0.1175-1.04240.0778-0.51370.8455-0.05480.40190.4867-0.09551.0672-2.7709-28.63421.925
44.21761.2489-1.82972.5414-1.00954.39030.6077-0.09221.26370.1365-0.06710.2755-1.0644-0.3442-0.14280.73790.24550.42310.0956-0.07340.8007-6.7029-29.9983-0.2282
54.634-0.1342-2.55568.95552.00299.20210.15280.4352-0.0767-0.775-0.0024-0.2542-0.287-0.3357-0.14390.21560.0440.06730.3712-0.00190.4119-4.8394-45.8879-4.0166
68.1137-1.0832-0.2960.3295-0.61120.35340.18350.14950.6343-0.2304-0.07820.64060.10530.1538-0.15750.5925-0.09150.09440.5457-0.10050.973611.4446-38.5383-3.1586
71.5847-1.97091.75767.74552.45456.6844-0.211-0.30020.30420.11140.13570.37120.0810.11060.11830.2230.0560.03040.3504-0.01770.463-9.7884-54.9663-0.208
86.0124-3.18615.75029.873-2.58555.65480.3607-2.5972-0.03751.61721.41440.3908-0.2578-1.9038-0.54690.6541-0.08590.06621.0218-0.20390.2709-19.6666-44.992726.126
97.1796-3.3485-0.49147.61321.85950.9827-0.099-1.1856-0.03651.6151-0.3061-1.2796-0.12860.43490.47880.4199-0.0909-0.12540.63170.02720.3361-6.9354-58.882620.2394
107.7047-0.739-2.05977.0410.73566.8878-0.3018-1.043-1.1131.25590.3475-1.09751.0070.4280.07150.53140.044-0.16270.68330.10120.5764-9.5205-61.14623.0904
116.1222.8631-2.85763.38770.68233.28810.8431-0.4010.78780.9944-0.4598-0.1794-1.6052.1044-0.13580.9344-0.2509-0.04820.9672-0.19480.7713-6.828-40.013123.3789
123.4163-2.00571.24222.548-0.32338.01190.0281-0.6928-0.46511.05490.2261.08550.6683-0.5119-0.19320.54360.0145-0.04890.80640.19060.5984-16.443-63.584724.3288
135.3216-1.5998-0.03986.0795-6.62239.33360.116-0.6012-0.5196-0.9202-0.0538-0.17020.8249-0.1241-0.20650.31670.0164-0.0230.4128-0.04270.3058-14.8775-55.179912.8944
146.9216-0.8569-2.20176.2341-2.63229.26830.0153-1.27510.49110.9588-0.2940.1234-0.70680.21440.47480.3983-0.0804-0.00240.7105-0.11490.3736-16.9546-46.949122.2427
156.92171.8778-4.77033.9798-0.32583.54962.1026-6.4255-1.28394.64782.7255-1.35340.21032.497-3.81521.90040.4022-0.10062.11580.09691.6431-9.661-60.293233.4835
160.8037-1.5070.80212.8513-1.5160.8438-0.3834-1.9015-0.31362.31691.0559-0.8474-0.19940.8871-0.26131.13910.1609-0.49931.56070.04070.9328-4.4304-57.419930.5436
175.5608-0.7387-0.06835.3348-3.08677.17470.0523-0.83740.63511.32250.07080.0023-0.9123-0.8283-0.16780.4573-0.02990.03430.5251-0.12160.3586-21.1319-44.155619.5059
183.5053-0.7393-0.81541.56830.83151.81660.2122-0.4630.28660.1681-0.17090.4977-0.147-0.9541-0.17620.2632-0.04080.04760.602-0.0260.4265-33.8142-49.649410.216
194.43831.2824-1.84154.7461-4.65715.48910.2235-1.41850.15290.32310.06130.29870.2781-0.3213-0.32410.3879-0.02730.00670.76770.02020.2998-29.5694-53.471917.928
204.0671-0.42010.53136.4163-2.59384.3237-0.0877-0.51540.8051-0.04720.12020.4983-0.3388-0.97250.12610.37060.1150.07080.7516-0.0920.4364-33.4949-43.994411.0781
219.20297.6871-2.97867.0786-4.58989.4189-1.6374-0.754-1.3311-0.77220.9685-1.1934-0.2361-0.34730.63980.85570.1181-0.02010.833-0.07780.5929-31.9842-66.401916.5947
227.42685.7868-4.8778.404-5.61124.66020.0705-0.0988-0.3594-0.1501-0.2714-0.21130.2877-0.02410.26540.27740.00980.00890.4398-0.04890.2791-25.4209-54.37565.7465
236.5645.111-6.66174.2297-4.63697.09310.16170.1799-0.07680.0558-0.28260.4071-0.6251-1.2460.1090.2783-0.05340.07170.7088-0.13380.5137-36.5221-48.75144.1783
243.73712.0672-3.99671.8748-3.355.9204-0.5383-1.8611.94442.50232.40260.12450.8686-0.2726-1.37291.30.0253-0.11311.5937-0.29390.9384-37.2866-51.290223.7828
257.02320.2133-3.12317.6198-0.8272.1529-0.0303-0.08930.23590.15410.2489-0.09240.0408-0.8802-0.0830.24150.0294-0.00920.6133-0.12590.4101-36.6025-49.09644.1779
266.4533-3.30573.59693.17561.30198.21210.12390.8945-1.4379-0.6204-0.27910.26370.6639-1.13890.05150.3921-0.1647-0.05550.6736-0.17860.5789-30.2915-70.8267-16.9109
277.32632.2383-6.1783.1615-1.57064.8798-0.02940.24540.3076-0.08010.33350.25660.3028-0.5162-0.3350.2479-0.0673-0.09670.5377-0.01520.3059-35.816-60.8109-1.529
286.27231.3411-4.22553.4192-0.46346.9081-0.0290.4936-0.2031-0.3158-0.204-0.13670.0286-0.15590.39610.3492-0.04850.03040.6947-0.09310.6912-34.1915-64.6357-7.1018
294.47821.8181-0.74047.3389-0.67514.9920.076-0.1157-0.45510.19360.0323-0.18510.0325-0.3196-0.06010.15120.00970.01070.4555-0.04310.2856-25.9336-64.026-7.7585
307.0297-0.4497-4.27625.16311.39396.8237-0.17421.08170.3082-0.08760.2024-0.05220.2054-0.76540.04940.3786-0.0753-0.11380.5960.02580.4202-33.1208-66.8062-10.8881
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357.37971.53470.5622.5012-0.7063.53470.03670.9571-1.28520.21110.40520.6970.76950.1038-0.43620.55270.03140.05150.4875-0.13271.3855-9.2381-79.1847-8.0072
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405.11443.80845.5714.41356.15338.59740.6764-0.3039-0.77622.4765-0.70820.36012.1331-0.2275-0.07461.1443-0.1748-0.12140.81990.15591.02-13.3896-77.854216.266
410.3458-0.58010.29326.5176-2.35897.775-0.0132-0.2083-0.9509-0.047-0.2913-0.00140.2191-0.02180.14470.25160.0007-0.04470.36950.01080.5207-7.2365-63.23518.156
426.51390.1899-0.93514.14320.68727.3144-0.1635-0.7003-0.86940.99210.1105-1.1395-0.13040.44150.00520.273-0.0387-0.07390.57910.11230.64932.9643-63.52815.567
430.04840.08010.28110.060.17641.151-0.4772-1.1467-1.5242-0.6755-1.3724-1.0977-1.2983-0.92751.59421.05690.3984-0.31411.48640.32331.75851.6688-82.061313.694
446.738-4.3342-5.14.70274.39334.58091.43542.0523-1.5179-0.29-0.5336-0.64970.2868-0.3597-1.08770.90960.2935-0.13160.94970.02681.22384.6433-80.60067.3463
455.2226-4.73181.12987.4776-4.32139.1224-0.0732-0.9478-0.12391.21320.2604-0.8626-0.7450.4415-0.17110.3423-0.0298-0.08050.72340.05740.63761.9968-58.649517.9848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 99 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 116 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 117 through 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 140 through 177 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 178 through 197 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 198 through 213 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 214 through 226 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 0 through 9 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 10 through 21 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 22 through 34 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 35 through 43 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 44 through 57 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 58 through 71 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 72 through 81 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 82 through 87 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 88 through 95 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 96 through 114 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 0 through 21 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 22 through 34 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 35 through 50 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 51 through 57 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 58 through 71 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 72 through 81 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 82 through 89 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 90 through 114 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 0 through 9 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 10 through 34 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 35 through 57 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 58 through 81 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 82 through 114 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 0 through 21 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 22 through 34 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 35 through 43 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 44 through 71 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 72 through 86 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 87 through 95 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 96 through 114 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 0 through 21 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 22 through 50 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 51 through 57 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 58 through 71 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 72 through 81 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 82 through 86 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'F' and (resid 87 through 95 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'F' and (resid 96 through 114 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る