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- PDB-4z8t: CRYSTAL STRUCTURE OF AvrRxo1-ORF1:AvrRxo1-ORF2 WITH SULPHATE IONS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z8t
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AvrRxo1-ORF1:AvrRxo1-ORF2 WITH SULPHATE IONS
要素
  • AvrRxo1-ORF1
  • AvrRxo1-ORF2
キーワードPROTEIN BINDING / AVRRXO1-ORF2 AVRRXO1-ORF1 AVRRXO1 AVRRXO1 REQUIRED CHAPERONE 1 / EFFECTOR PROTEINS AND MOLECULAR CHAPERONE
機能・相同性P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ACETATE ION / AvrRxo1-ORF1 / AvrRxo1-ORF2
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas oryzae pv. oryzicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Han, Q. / Zhou, C. / Wu, S. / Liu, Y. / Yang, Z. / Miao, J. / Triplett, L. / Cheng, Q. / Tokuhisa, J. / Deblais, L. ...Han, Q. / Zhou, C. / Wu, S. / Liu, Y. / Yang, Z. / Miao, J. / Triplett, L. / Cheng, Q. / Tokuhisa, J. / Deblais, L. / Robinson, H. / Leach, J.E. / Li, J. / Zhao, B.
資金援助 米国, 中国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)IOS-0845283 米国
United States Department of Agriculture (USDA), National Institute of Food and Agriculture (NIFA, United States)2014-67013-21564 米国
United States Department of Agriculture (USDA), National Institute of Food and Agriculture (NIFA, United States)2011-67012-30570 米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31472186 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Xanthomonas AvrRxo1-ORF1, a Type III Effector with a Polynucleotide Kinase Domain, and Its Interactor AvrRxo1-ORF2.
著者: Han, Q. / Zhou, C. / Wu, S. / Liu, Y. / Triplett, L. / Miao, J. / Tokuhisa, J. / Deblais, L. / Robinson, H. / Leach, J.E. / Li, J. / Zhao, B.
履歴
登録2015年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年3月16日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.72024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AvrRxo1-ORF1
B: AvrRxo1-ORF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4599
ポリマ－47,8272
非ポリマー6317
水6,810378
1
A: AvrRxo1-ORF1
B: AvrRxo1-ORF2
ヘテロ分子

A: AvrRxo1-ORF1
B: AvrRxo1-ORF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,91718
ポリマ－95,6544
非ポリマー1,26314
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area10260 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area36500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.418, 88.430, 152.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

SO4

21A-703-

HOH

31A-789-

HOH

41A-825-

HOH

51A-857-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 AvrRxo1-ORF1


分子量: 36303.531 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 88-421 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzicola (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TKR8
#2: タンパク質 AvrRxo1-ORF2


分子量: 11523.586 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1-98 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzicola (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TKR9

-
非ポリマー , 4種, 385分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.6M (NH4)2SO4, 18% GLYCEROL, 8 MM DTT, 100 MM NA-CITRATE, PH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月21日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 59173 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.532 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4Q5L

4q5l
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.64→45.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 3155 5.1 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.203 59173 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→45.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3327 0 35 378 3740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193411
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1451.994601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7725426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.20124150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.54415595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5861526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 223 -
Rwork0.26 4271 -
obs--98.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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