PDB-4z8n: Crystal structure of the erythrocyte-binding domain from Plasmodi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z8n

タイトル

Crystal structure of the erythrocyte-binding domain from Plasmodium vivax reticulocyte-binding protein 2a (PvRBP2a)

要素

Reticulocyte-binding protein 2a

キーワード

CELL INVASION / reticulocyte-binding / alpha-helical

機能・相同性

NBD94 domain / Nucleotide-Binding Domain 94 of RH / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Reticulocyte-binding protein 2 (RBP2), like

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.124 Å

データ登録者

Gruszczyk, J. / Tham, W.H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structurally conserved erythrocyte-binding domain in Plasmodium provides a versatile scaffold for alternate receptor engagement.
著者: Gruszczyk, J. / Lim, N.T. / Arnott, A. / He, W.Q. / Nguitragool, W. / Roobsoong, W. / Mok, Y.F. / Murphy, J.M. / Smith, K.R. / Lee, S. / Bahlo, M. / Mueller, I. / Barry, A.E. / Tham, W.H.

履歴

登録	2015年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月30日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月13日	Group: Database references
改定 1.3	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z8n.cif.gz	256.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z8n.ent.gz	209.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z8n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z8n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5w53-2 5w53-1 6bpe-4 1zso-d 7c8w-d 6xyn-1 6grk-3 5vjx-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Reticulocyte-binding protein 2a

B: Reticulocyte-binding protein 2a

ヘテロ分子

69.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Reticulocyte-binding protein 2a

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Reticulocyte-binding protein 2a

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.790, 93.450, 126.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reticulocyte-binding protein 2a / RBP2 分子量: 34486.129 Da / 分子数: 2 / 断片: Erythrocyte-binding domain (UNP residues 160-455) / 由来タイプ: 組換発現詳細: proteolysed fragment of larger experimental construct 由来: (組換発現) Plasmodium vivax (strain Salvador I) (マラリア病原虫) 株: Salvador I / 遺伝子: PVX_121920 / プラスミド: pPROEX HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 / 参照: UniProt: A5JZ09

#1: タンパク質

Reticulocyte-binding protein 2a / RBP2

分子量: 34486.129 Da / 分子数: 2 / 断片: Erythrocyte-binding domain (UNP residues 160-455) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: proteolysed fragment of larger experimental construct
由来: (組換発現)

Plasmodium vivax (strain Salvador I) (マラリア病原虫)
株: Salvador I / 遺伝子: PVX_121920 / プラスミド: pPROEX HTb / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 / 参照: UniProt: A5JZ09

-
非ポリマー , 5種, 200分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% w/v PEG3350, 100 mM HEPES sodium

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.12→49.76 Å / Num. obs: 40211 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.134 / R_pim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 573213 / Scaling rejects: 46

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2.12-2.19	14.1	1.916	1.8	45977	3256	0.538	0.525	100
9.01-49.76	12.6	0.047	38.8	7847	621	0.999	0.013	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
MOSFLM	7.0.9	データ削減
Aimless	0.2.7	データスケーリング
PHENIX	1.9-1692	位相決定
PHENIX	1.9-1692	精密化
Coot	0.7.2	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.124→43.84 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2294	1031	2.57 %	Random selection
R_work	0.2031	39108	-	-
obs	0.2038	40139	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.29 Å² / B_iso mean: 56.7806 Å² / B_iso min: 25.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.124→43.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4739	0	11	195	4945
B_iso mean	-	-	77.07	51.15	-
残基数	-	-	-	-	582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4838
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.712	6534
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	738
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.247	1809

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.1241-2.2361	0.3465	143	0.2858	5485	5628
2.2361-2.3762	0.276	152	0.2527	5506	5658
2.3762-2.5596	0.2519	153	0.2333	5516	5669
2.5596-2.8171	0.301	132	0.2328	5564	5696
2.8171-3.2247	0.2783	127	0.2183	5586	5713
3.2247-4.0623	0.2178	158	0.1847	5614	5772
4.0623-43.8491	0.1853	166	0.177	5837	6003

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2669	1.8453	-0.5665	6.0565	-1.9167	2.6134	0.0617	-0.2314	0.1783	0.3134	0.0446	0.3662	0.068	-0.6961	-0.1205	0.283	-0.0273	0.0071	0.5381	-0.0232	0.3088	-7.2431	60.5744	108.8994
2	4.6191	4.5459	-3.9389	7.9746	-5.3798	4.9392	0.3328	-0.3074	0.4592	0.6834	-0.2086	0.0964	-0.4689	0.0059	-0.1849	0.3771	0.0834	-0.044	0.2643	-0.0872	0.4343	6.7155	82.2627	103.8029
3	4.4596	0.2952	-0.9667	7.6821	-0.0499	3.3773	0.0236	-0.4987	-0.726	0.9522	-0.0871	0.1137	0.9262	-0.8304	0.1874	0.432	-0.1687	-0.0835	0.505	0.1392	0.3932	-7.079	43.3545	113.8734
4	3.4726	3.3369	4.5544	4.2872	4.3972	5.9827	0.0426	-0.0331	1.5501	-0.1508	-0.1855	0.03	0.2103	-0.0783	0.1238	0.6122	-0.0037	0.1102	0.5943	-0.1387	0.8546	11.112	51.3327	96.2481
5	4.6997	0.2521	-1.3407	5.6591	-1.6652	3.9498	-0.1219	-0.1629	0.4843	-0.0581	0.2022	0.0486	-0.3606	0.0644	-0.0592	0.2336	0.0083	-0.033	0.2514	-0.054	0.4401	24.0515	76.1687	96.8789
6	5.0795	3.6897	-1.4321	5.5318	-2.4752	3.4826	0.2835	-0.3841	-0.7104	0.294	-0.3356	-0.8071	0.4625	-0.0847	0.1194	0.3212	-0.0409	-0.0928	0.2694	0.0294	0.4128	5.0689	50.2891	108.5028
7	4.201	1.9938	-4.8754	6.2943	-4.2619	8.091	-0.1385	0.4118	0.0734	-0.4864	-0.0942	-0.0635	-0.3278	-0.187	0.1265	0.3372	0.1011	-0.0383	0.3117	0.0018	0.5326	17.8514	76.4071	89.2208
8	6.0012	1.7943	1.075	7.9504	0.9845	6.9698	-0.3828	0.1157	0.3064	0.0213	-0.0222	-0.0374	0.3366	-0.8685	0.3366	0.3309	-0.0159	0.0992	0.4699	-0.1216	0.4525	27.2384	47.8528	75.8938
9	6.6896	0.4457	-6.1026	5.0246	-3.3321	8.0388	-0.7073	-0.2403	0.401	-0.7557	1.1195	-0.4801	-0.0627	1.5158	-0.6462	1.1603	-0.3076	0.1507	1.0662	-0.2027	0.6432	13.8294	29.2802	69.568
10	3.2484	1.5321	2.3536	5.7702	5.1655	7.7698	0.1828	0.1631	-0.1816	0.5821	-0.0248	-0.0302	1.0984	-0.0135	-0.2209	0.3865	0.0015	0.0248	0.2364	0.0784	0.3727	39.1267	47.6655	81.067
11	8.244	5.1066	5.7163	4.7411	5.7935	7.5795	-0.4405	0.72	0.0972	-0.3545	0.4103	-0.05	-0.2759	0.6311	0.1532	0.3899	-0.0273	-0.0424	0.2915	0.1249	0.3597	40.2895	55.7239	75.3217
12	1.2213	0.7717	0.7343	1.8703	0.0671	1.3527	-0.141	0.4963	0.0824	0.12	-0.2881	0.8284	1.1822	-1.0151	0.2096	0.6931	-0.4759	0.1005	1.2258	-0.1691	0.7403	8.1308	41.1748	72.1973
13	6.9079	0.3517	1.4388	4.0704	0.7486	3.9993	-0.0327	0.0244	0.3927	-0.2858	-0.0024	-0.4434	-0.3638	0.33	0.0178	0.3222	-0.0127	0.0785	0.2295	0.0259	0.4587	34.0364	73.6256	88.3905
14	2.6557	2.6624	0.886	5.0397	2.1241	3.598	-0.2265	0.297	-0.1762	-0.3446	0.119	0.1729	0.3164	-0.6483	0.1322	0.2972	-0.0714	0.0306	0.435	-0.0198	0.5386	20.0339	55.0262	80.1699

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 158:235)	A	158 - 235
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 236:279)	A	236 - 279
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 280:320)	A	280 - 320
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 321:327)	A	321 - 327
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 328:363)	A	328 - 363
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 364:426)	A	364 - 426
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 427:456)	A	427 - 456
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 160:193)	B	160 - 193
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 194:206)	B	194 - 206
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 207:247)	B	207 - 247
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 248:288)	B	248 - 288
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 289:326)	B	289 - 326
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 327:370)	B	327 - 370
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 371:451)	B	371 - 451

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

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非ポリマー , 5種, 200分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)