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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z8n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the erythrocyte-binding domain from Plasmodium vivax reticulocyte-binding protein 2a (PvRBP2a) | ||||||
要素 | Reticulocyte-binding protein 2a | ||||||
キーワード | CELL INVASION / reticulocyte-binding / alpha-helical (Αヘリックス) | ||||||
機能・相同性 | NBD94 domain / Nucleotide-Binding Domain 94 of RH / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Reticulocyte-binding protein 2 (RBP2), like 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.124 Å | ||||||
データ登録者 | Gruszczyk, J. / Tham, W.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Structurally conserved erythrocyte-binding domain in Plasmodium provides a versatile scaffold for alternate receptor engagement. 著者: Gruszczyk, J. / Lim, N.T. / Arnott, A. / He, W.Q. / Nguitragool, W. / Roobsoong, W. / Mok, Y.F. / Murphy, J.M. / Smith, K.R. / Lee, S. / Bahlo, M. / Mueller, I. / Barry, A.E. / Tham, W.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4z8n.cif.gz | 252.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4z8n.ent.gz | 213.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4z8n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z8n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 34486.129 Da / 分子数: 2 / 断片: Erythrocyte-binding domain (UNP residues 160-455) / 由来タイプ: 組換発現 詳細: proteolysed fragment of larger experimental construct 由来: (組換発現) Plasmodium vivax (strain Salvador I) (マラリア 病原虫) 株: Salvador I / 遺伝子: PVX_121920 / プラスミド: pPROEX HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 / 参照: UniProt: A5JZ09 |
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-非ポリマー , 5種, 200分子
#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% w/v PEG3350, 100 mM HEPES sodium |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月18日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.12→49.76 Å / Num. obs: 40211 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 573213 / Scaling rejects: 46 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.124→43.84 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.68 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 141.29 Å2 / Biso mean: 56.7806 Å2 / Biso min: 25.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.124→43.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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