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- PDB-4z8m: Crystal structure of the MAVS-TRAF6 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z8m
タイトルCrystal structure of the MAVS-TRAF6 complex
要素
  • Peptide from Mitochondrial antiviral-signaling protein
  • TNF receptor-associated factor 6
キーワードLIGASE/SIGNALING PROTEIN / Complex / Adaptor / E3 ligase / Antiviral signaling / LIGASE-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of IP-10 production / regulation of peroxisome organization / interleukin-17A-mediated signaling pathway / protein kinase B binding / CD40 signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / MyD88 cascade initiated on plasma membrane ...positive regulation of IP-10 production / regulation of peroxisome organization / interleukin-17A-mediated signaling pathway / protein kinase B binding / CD40 signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / interleukin-17-mediated signaling pathway / activation of protein kinase activity / protein branched polyubiquitination / interleukin-33-mediated signaling pathway / CD40 receptor complex / CARD domain binding / toll-like receptor 3 signaling pathway / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / Regulated proteolysis of p75NTR / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of response to cytokine stimulus / protein localization to mitochondrion / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of immunoglobulin production / ubiquitin conjugating enzyme binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / peroxisomal membrane / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / interleukin-1-mediated signaling pathway / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / T-helper 1 type immune response / toll-like receptor 4 signaling pathway / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / negative regulation of viral genome replication / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / cellular response to cytokine stimulus / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of JUN kinase activity / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of interferon-alpha production / autophagosome assembly / protein K63-linked ubiquitination / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type I interferon production / ubiquitin ligase complex / bone resorption / protein autoubiquitination / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of defense response to virus by host / lipid droplet / signaling adaptor activity / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / antiviral innate immune response / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / positive regulation of interleukin-2 production / p75NTR recruits signalling complexes / activation of innate immune response / response to interleukin-1 / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / NF-kB is activated and signals survival / ossification / NRIF signals cell death from the nucleus / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of interferon-beta production / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interleukin-8 production / Regulation of NF-kappa B signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / neural tube closure / positive regulation of JNK cascade / molecular condensate scaffold activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 6, zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 / TNF receptor-associated factor 6, MATH domain / IPS1, CARD domain / : / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain ...TNF receptor-associated factor 6, zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 / TNF receptor-associated factor 6, MATH domain / IPS1, CARD domain / : / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial antiviral-signaling protein / TNF receptor-associated factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Shi, Z.B. / Zhou, Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into Mitochondrial Antiviral Signaling Protein (MAVS)-Tumor Necrosis Factor Receptor-associated Factor 6 (TRAF6) Signaling
著者: Shi, Z. / Zhang, Z. / Zhang, Z. / Wang, Y. / Li, C. / Wang, X. / He, F. / Sun, L. / Jiao, S. / Shi, W. / Zhou, Z.
履歴
登録2015年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22015年11月11日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor 6
B: TNF receptor-associated factor 6
C: Peptide from Mitochondrial antiviral-signaling protein
D: Peptide from Mitochondrial antiviral-signaling protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6644
ポリマ－43,6644
非ポリマー00
水00
1
A: TNF receptor-associated factor 6
C: Peptide from Mitochondrial antiviral-signaling protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8322
ポリマ－21,8322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area8320 Å2
手法PISA
2
B: TNF receptor-associated factor 6
D: Peptide from Mitochondrial antiviral-signaling protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8322
ポリマ－21,8322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.392, 78.035, 108.751
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor-associated factor 6 / E3 ubiquitin-protein ligase TRAF6 / Interleukin-1 signal transducer / RING finger protein 85


分子量: 19778.783 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 346-504 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAF6, RNF85 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Condonplus
参照: UniProt: Q9Y4K3, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Mitochondrial antiviral-signaling protein / MAVS / CARD adapter inducing interferon beta / Cardif / Interferon beta promoter stimulator protein ...MAVS / CARD adapter inducing interferon beta / Cardif / Interferon beta promoter stimulator protein 1 / IPS-1 / Putative NF-kappa-B-activating protein 031N / Virus-induced-signaling adapter / VISA


分子量: 2053.167 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 450-468 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Condonplus / 参照: UniProt: Q7Z434

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 6% (v/v) Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES pH 6.0, and 25% (w/v) polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月31日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 9814 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.95→3 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LB4

1lb4


解像度: 2.95→43.498 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2379 975 10 %Random selection
Rwork0.1865 ---
obs0.1919 9747 98.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→43.498 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2535 0 0 0 2535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012608
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2953549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.491932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.10550.35651380.25961243X-RAY DIFFRACTION100
3.1055-3.30.31821370.21971232X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.55470.241390.18941244X-RAY DIFFRACTION100
3.5547-3.91220.21311380.17711253X-RAY DIFFRACTION100
3.9122-4.47780.20671410.15371258X-RAY DIFFRACTION99
4.4778-5.63960.21051390.15921252X-RAY DIFFRACTION98
5.6396-43.50240.2411430.21131290X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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