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万見
- PDB-4z8d: Antibacterial FabH Inhibitors with Validated Mode of Action in Ha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z8d
タイトルAntibacterial FabH Inhibitors with Validated Mode of Action in Haemophilus Influenzae by in vitro resistance mutation mapping
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / Beta-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase III / carbamate / structure based drug design / fatty acid biosynthesis / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4LB / Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Lahiri, S.D.
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2016
タイトル: Antibacterial FabH Inhibitors with Mode of Action Validated in Haemophilus influenzae by in Vitro Resistance Mutation Mapping.
著者: McKinney, D.C. / Eyermann, C.J. / Gu, R.F. / Hu, J. / Kazmirski, S.L. / Lahiri, S.D. / McKenzie, A.R. / Shapiro, A.B. / Breault, G.
履歴
登録2015年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Data collection / Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9386
ポリマ－67,0942
非ポリマー8444
水5,585310
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9693
ポリマ－33,5471
非ポリマー4222
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9693
ポリマ－33,5471
非ポリマー4222
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.370, 79.496, 120.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III


分子量: 33547.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: fabH, Z1730, ECs1469 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A6R2, UniProt: P0A6R0*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 化合物 ChemComp-4LB / trans-4-[({[(2-chlorobenzyl)oxy]carbonyl}amino)methyl]cyclohexanecarboxylic acid


分子量: 325.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20ClNO4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.63 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 1mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.05 Å / Num. obs: 34795 / % possible obs: 84.1 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 14.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化解像度: 2→25.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 3.729 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2151 1753 5 %RANDOM
Rwork0.1578 ---
obs0.1607 33013 83.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.39 Å2 / Biso mean: 15.267 Å2 / Biso min: 3.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→25.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4702 0 54 310 5066
Biso mean--26.93 22.69 -
残基数----634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0194876
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7091.9626639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03310620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6825640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.53924.381194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.06815771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.421528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1561.3592554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1541.3592553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7482.033196
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 55 -
Rwork0.186 1069 -
all-1124 -
obs--37.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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