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- PDB-3opt: Crystal structure of the Rph1 catalytic core with a-ketoglutarate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3opt
タイトルCrystal structure of the Rph1 catalytic core with a-ketoglutarate
要素DNA damage-responsive transcriptional repressor RPH1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rph1 / histone demethylase / catalytic core
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K36 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of autophagy / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II ...histone H3K36 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of autophagy / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Zinc finger, C2H2 type / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / zinc finger / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain ...JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Zinc finger, C2H2 type / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / zinc finger / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / NICKEL (II) ION / DNA damage-responsive transcriptional repressor RPH1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chang, Y. / Wu, J. / Tong, X. / Zhou, J. / Ding, J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the catalytic core of Saccharomyces cerevesiae histone demethylase Rph1: insights into the substrate specificity and catalytic mechanism
著者: Chang, Y. / Wu, J. / Tong, X.J. / Zhou, J.Q. / Ding, J.
履歴
登録2010年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年3月5日Group: Database references / Refinement description
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA damage-responsive transcriptional repressor RPH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8183
ポリマ－43,6141
非ポリマー2052
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.415, 109.415, 145.958
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 DNA damage-responsive transcriptional repressor RPH1


分子量: 43613.613 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic core domain, UNP residues 1-373 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RPH1, YER169W / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P39956, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase
#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.7828 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.7299 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, 7% PFG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 21926 / % possible obs: 77.1 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 31.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 39.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.2_432精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
DiffractionAnisotropy Serverデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→39.74 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7919 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 1092 4.98 %
Rwork0.1983 --
obs0.2003 21926 44.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.787 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 137.24 Å2 / Biso mean: 41.6666 Å2 / Biso min: 6.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.946 Å2-0 Å20 Å2
2---1.946 Å2-0 Å2
3---2.3415 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2464 0 11 226 2701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032551
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6313459
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045345
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.364931
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2073-2.30770.381540.336289932
2.3077-2.42940.56190.30623874067
2.4294-2.58150.4131380.307273777513
2.5815-2.78080.2563630.31011282134522
2.7808-3.06050.34621050.26242108221336
3.0605-3.50310.29872250.23394449467475
3.5031-4.41230.20423340.180358566190100
4.4123-36.36050.20513040.17015926623099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23040.12950.09060.52640.13680.5474-0.19-0.09270.1039-0.2016-0.2341-0.0026-0.04790.069-0.07820.1174-0.1779-0.1256-0.0014-0.2006-0.5232-47.807437.20480.6331
20.03740.0035-0.01520.0324-0.00070.01010.0196-0.03740.0566-0.0942-0.0177-0.02650.05750.0407-0.0157-0.2243-0.1821-0.0532-0.1052-0.00510.2816-47.503335.94880.3284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 6:341)A6 - 341
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 374:601)A374 - 601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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