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- PDB-4z7x: MdbA protein, a thiol-disulfide oxidoreductase from Actinomyces oris. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z7x
タイトルMdbA protein, a thiol-disulfide oxidoreductase from Actinomyces oris.
要素MdbA
キーワードOXIDOREDUCTASE / thiol-disulfide oxidoreductase / structural genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology
機能・相同性Thioredoxin / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-3CX / MdbA
機能・相同性情報
生物種Actinomyces oris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者OSIPIUK, J. / Reardon-Robinson, M.E. / Ton-That, H. / JOACHIMIAK, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE017382 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025015 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: A Disulfide Bond-forming Machine Is Linked to the Sortase-mediated Pilus Assembly Pathway in the Gram-positive Bacterium Actinomyces oris.
著者: Reardon-Robinson, M.E. / Osipiuk, J. / Chang, C. / Wu, C. / Jooya, N. / Joachimiak, A. / Das, A. / Ton-That, H.
履歴
登録2015年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MdbA
B: MdbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6954
ポリマ－51,2212
非ポリマー4752
水8,125451
1
A: MdbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8482
ポリマ－25,6101
非ポリマー2371
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MdbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8482
ポリマ－25,6101
非ポリマー2371
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.880, 66.860, 256.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 MdbA


分子量: 25610.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Actinomyces oris (バクテリア) / 遺伝子: mdbA, ANA_1994 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0M3KL32*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-3CX / (2S)-3-(cyclohexylamino)-2-hydroxypropane-1-sulfonic acid


分子量: 237.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 37.1 PEG 8000, 0.04 M sodium iodide, 0.15 M CAPSO buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月2日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→38.4 Å / Num. all: 59458 / Num. obs: 59458 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.863 / Net I/av σ(I): 23.465 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 371950
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.55-1.584.10.60629380.7140.3320.6960.8598.4
1.58-1.615.10.58328860.8150.2840.6510.89399.9
1.61-1.645.90.54230000.8510.2460.5970.919100
1.64-1.676.50.47728790.8950.2030.5191.02100
1.67-1.716.50.41329720.9250.1750.4491.079100
1.71-1.756.50.37428980.9350.1580.4061.207100
1.75-1.796.50.31329670.950.1320.341.315100
1.79-1.846.50.25529230.9680.1080.2771.505100
1.84-1.896.50.21929420.970.0920.2381.694100
1.89-1.956.50.18930230.9780.080.2061.863100
1.95-2.026.50.15629110.9840.0660.172.031100
2.02-2.16.50.13829430.9880.0580.152.263100
2.1-2.26.50.12229610.990.0510.1332.279100
2.2-2.326.50.11129640.9910.0470.1212.279100
2.32-2.466.50.10129970.9930.0420.112.444100
2.46-2.656.50.09629750.9920.040.1042.384100
2.65-2.926.50.09630400.9930.0410.1042.498100
2.92-3.346.40.08929990.9930.0380.0972.149100
3.34-4.216.30.06530490.9970.0280.072.224100
4.21-506.10.0631910.9970.0260.0663.599.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→38.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.988 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1799 2954 5 %RANDOM
Rwork0.1239 ---
obs0.1267 56424 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.74 Å2 / Biso mean: 21.32 Å2 / Biso min: 8.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→38.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3175 0 30 451 3656
Biso mean--30.39 33.81 -
残基数----419
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.023539
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.9754848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88538024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4255497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.82126.867150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54915622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.685152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.981.7881759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9791.7861758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7822.6872213
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.04836971
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free34.1415109
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.78557207
LS精密化 シェル解像度: 1.546→1.586 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 213 -
Rwork0.181 4028 -
all-4241 -
obs--96.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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