PDB-4z6h: Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with a valerolac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z6h

タイトル

Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with a valerolactam quinolone ligand

要素

Bromodomain-containing protein 9

キーワード

TRANSCRIPTION / lysine-acetylated histone binding / chromatin regulator / Bromodomain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / : / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Tallant, C. / Structural Genomics Consortium (SGC) / Clark, P.G.K. / Vieira, L.C.C. / Krojer, T. / Nunez-Alonso, G. / Picaud, S. / Fedorov, O. / Dixon, D.J. / von Delft, F. ...

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: LP99: Discovery and Synthesis of the First Selective BRD7/9 Bromodomain Inhibitor.
著者: Clark, P.G. / Vieira, L.C. / Tallant, C. / Fedorov, O. / Singleton, D.C. / Rogers, C.M. / Monteiro, O.P. / Bennett, J.M. / Baronio, R. / Muller, S. / Daniels, D.L. / Mendez, J. / Knapp, S. / ...

履歴

登録	2015年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z6h.cif.gz	108.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z6h.ent.gz	84.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z6h_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z6h_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4z6h_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	4z6h_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z6iC 3hmeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z6i-1 5f25-2 1it4-d 3rcw-6 5f25-1 3rcw-3 3rcw-7 1wug-d 3mzt-1 6v1b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 9

B: Bromodomain-containing protein 9

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bromodomain-containing protein 9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bromodomain-containing protein 9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.233, 125.220, 29.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-338- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 9 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8 分子量: 14249.763 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 14-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD9, UNQ3040/PRO9856 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8M2
#2: 化合物	ChemComp-4L2 / 1,4-dimethyl-7-(2-oxopiperidin-1-yl)quinolin-2(1H)-one / 7-(2-オキソ-1-ピペリジニル)-1,4-ジメチルキノリン-2(1H)-オン分子量: 270.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈N₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / Density meas: 265586.938 Mg/m³ / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M PCB pH 8, 30% PEG1K / PH範囲: 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→28.97 Å / Num. all: 25694 / Num. obs: 25694 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.033 / R_sym value: 0.014 / Net I/σ(I): 25.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.89 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.735 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HME

3hme

解像度: 1.8→28.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 8.695 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27084	1283	5 %	RANDOM
R_work	0.22071	-	-	-
obs	0.22314	24360	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.705 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.97 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→28.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1835	0	40	68	1943

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.717	1.996	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.951	3.005	4359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.62	5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.505	23.25	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.203	15	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.507	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2082
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	440
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.769	3.046	902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.761	3.047	901
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.695	4.546	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.695	4.546	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.326	3.517	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.325	3.52	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.034	5.149	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.567	26.659	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.574	26.57	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.798→1.844 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	85	-
R_work	0.306	1755	-
obs	-	-	98.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	詳細	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.555	-0.174	-0.1207	2.3305	-0.4926	2.1229	-0.1387	-0.0612	0.0493	-0.0145	0.0211	0.0689	-0.3269	0.0634	0.1175	0.2684	0.0031	-0.065	0.0143	0.0185	0.0848	Chain A	99.13	145.6746	8.0317
2	2.1892	-1.0529	0.6782	5.7408	0.8665	0.4947	0.1838	0.469	-0.2921	0.492	-0.0679	0.1213	0.2025	0.2276	-0.1159	0.3238	0.245	-0.0283	0.3573	-0.1002	0.0514	Chain B	90.3242	179.6328	5.7984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	22 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	22 - 134

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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