PDB-4z60: The 2.5-angstrom of crystal structure of Zn(2+)-bound PqqB from P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z60

タイトル

The 2.5-angstrom of crystal structure of Zn(2+)-bound PqqB from Pseudomonas Putida

要素

Coenzyme PQQ synthesis protein B

キーワード

HYDROLASE / PqqB / PQQ / metallo-beta-lactamase / beta-lactamase / Pyrroloquinoline quinone

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroloquinoline quinone biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Tu, X. / Wilmot, C.M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures reveal metal-binding plasticity at the active site of PqqB
著者: Tu, X. / Wimot, C.M.

履歴

登録	2015年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z60.cif.gz	136.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z60.ent.gz	105.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z60.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z60_validation.pdf.gz	421.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z60_full_validation.pdf.gz	422.6 KB	表示
XML形式データ	4z60_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	4z60_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z60	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z5yC 4z5zC 4z67C 4z6x C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z5y-1 1xto-1 6e13-1 4z5z-1 3jxp-2 4z67-1 6i1n-2 4z6x-1 6i1n-1 6sxn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coenzyme PQQ synthesis protein B

ヘテロ分子

34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Coenzyme PQQ synthesis protein B

ヘテロ分子

A: Coenzyme PQQ synthesis protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.186, 86.186, 107.224
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-583- HOH
2	1	A-630- HOH

#1: タンパク質	Coenzyme PQQ synthesis protein B / Pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein B 分子量: 33985.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain KT2440) (バクテリア) 株: KT2440 / 遺伝子: pqqB, PP_0379 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88QV5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 11% PEG4000, 0.2M NaCl, 40uM ZnCl2, 0.1M Bis-Tris Propane

-
データ収集

回折

平均測定温度: 108 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 14603 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 32.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.112 / Χ²: 0.938 / Net I/av σ(I): 20.283 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 126826

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	7.5	0.518	724	0.809	0.2	0.557	0.832	100
2.54-2.59	7.9	0.495	693	0.8	0.187	0.53	0.862	100
2.59-2.64	8.1	0.435	711	0.882	0.162	0.465	0.865	99.9
2.64-2.69	8.1	0.424	732	0.901	0.157	0.453	0.842	100
2.69-2.75	8.2	0.403	702	0.885	0.149	0.431	0.891	100
2.75-2.82	8.4	0.339	698	0.935	0.124	0.362	0.902	100
2.82-2.89	8.4	0.297	727	0.953	0.108	0.316	0.916	100
2.89-2.96	8.6	0.251	713	0.97	0.09	0.267	0.935	100
2.96-3.05	8.6	0.223	720	0.976	0.079	0.237	0.962	99.9
3.05-3.15	8.7	0.195	722	0.983	0.07	0.207	0.914	100
3.15-3.26	8.8	0.166	722	0.99	0.059	0.176	0.953	99.9
3.26-3.39	9	0.129	719	0.993	0.045	0.137	0.952	99.9
3.39-3.55	9	0.109	722	0.994	0.038	0.115	0.957	100
3.55-3.73	9.3	0.091	736	0.996	0.031	0.096	0.934	99.9
3.73-3.97	9.3	0.08	729	0.997	0.027	0.084	0.963	100
3.97-4.27	9.3	0.069	732	0.997	0.023	0.073	0.921	100
4.27-4.7	9.4	0.07	749	0.997	0.024	0.074	1.095	100
4.7-5.38	9.3	0.069	754	0.997	0.024	0.073	1.008	100
5.38-6.76	8.9	0.064	762	0.997	0.022	0.068	0.846	99.9
6.76-30	8.6	0.041	836	0.999	0.015	0.043	1.119	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.5.1	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→29.311 Å / FOM work R set: 0.8739 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2131	718	5.06 %
R_work	0.1612	13485	-
obs	0.1637	14203	97.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.09 Å² / B_iso mean: 41.31 Å² / B_iso min: 11.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→29.311 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2380	0	2	130	2512
B_iso mean	-	-	44.9	41.45	-
残基数	-	-	-	-	308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2452
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.806	3334
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	360
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	447
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.277	901

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4981-2.6908	0.2893	130	0.2002	2374	2504	88
2.6908-2.9614	0.2494	168	0.1797	2659	2827	100
2.9614-3.3893	0.2291	130	0.1635	2752	2882	100
3.3893-4.2681	0.1934	141	0.1399	2769	2910	100
4.2681-29.3128	0.1846	149	0.1593	2931	3080	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1344	-1.2346	-0.1575	2.5092	-0.5458	1.4773	-0.0521	0.0214	0.1839	-0.0121	0.0382	-0.1081	-0.1315	0.2006	0.02	0.2359	-0.0621	-0.0278	0.2083	-0.0003	0.2923	-15.1415	-11.664	-8.6912
2	0.5674	-0.0174	0.524	2.2623	-1.4388	3.2708	-0.0207	0.0693	-0.0896	-0.2629	0.0906	0.3332	0.309	-0.181	-0.0856	0.2284	-0.0249	-0.0219	0.2448	-0.0202	0.4072	-29.8868	-20.6832	-14.1244
3	2.3719	-1.0066	1.6946	3.9154	-1.7154	5.0759	0.42	0.4019	-0.3632	-0.8796	-0.2918	-0.1512	0.9385	0.4173	-0.2194	0.5695	0.0736	0.034	0.3126	-0.0705	0.4118	-11.515	-26.4813	-23.2102
4	3.6745	-1.1426	2.1109	3.5913	-0.837	2.5513	0.2242	0.5658	0.1468	-0.624	-0.1523	-0.371	0.193	0.3816	-0.0446	0.3573	0.027	0.1123	0.338	0.0363	0.3022	-7.4301	-15.305	-24.625

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 80 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 81 through 197 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 198 through 247 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 248 through 307 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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