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- PDB-4z5q: Crystal structure of the LnmZ cytochrome P450 hydroxylase from th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z5q
タイトルCrystal structure of the LnmZ cytochrome P450 hydroxylase from the leinamycin biosynthetic pathway of Streptomyces atroolivaceus S-140 at 1.8 A resolution
要素Cytochrome P450 hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / hydroxylase / leinamycin / heme / monooxygenase / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces atroolivaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Ma, M. / Lohman, J. / Rudolf, J. / Miller, M.D. / Cao, H. / Osipiuk, J. / Joachimiak, A. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01GM098248 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA106150 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the LnmZ cytochrome P450 hydroxylase from the leinamycin biosynthetic pathway of Streptomyces atroolivaceus S-140
著者: Ma, M. / Lohman, J. / Rudolf, J. / Miller, M.D. / Cao, H. / Osipiuk, J. / Joachimiak, A. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B.
履歴
登録2015年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5129
ポリマ－47,1871
非ポリマー1,3258
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area16180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.307, 83.434, 48.192
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome P450 hydroxylase


分子量: 47187.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces atroolivaceus (バクテリア)
株: S-140 / 遺伝子: LnmZ / プラスミド: pRSF-TEV/LIC / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8GGM6

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非ポリマー , 6種, 162分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSSHHHHHHSQDPGDENLYFQS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
Temp details: room temperature
Experiment crystal grow comp
ConcComp nameComp-IDCrystal-IDSol-ID
11. mg/mlprotein11macromolecule
10. mMTEAOH21macromolecule
20. mMNaCl31macromolecule
10. mMKCl41macromolecule
25. %(w/v)PEG 335051precipitant
0.1 MBis-Tris61precipitant
0.2 MMgCl271precipitant
25. %(w/v)PEG 335081reservoir
0.1 MBis-Tris91reservoir
0.2 MMgCl2101reservoir
Experiment crystal grow sol
Crystal-IDSol-IDpHVolume (Å3)
1macromolecule7.52.0 µL
1precipitant6.52.0 µL
1reservoir6.50.5 mL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Crystal support: 0.2-0.3 mm nylon loop
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月8日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: DIAMOND[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.801→46.884 Å / Num. all: 34256 / Num. obs: 34256 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.076 / Rsym value: 0.064 / Net I/av σ(I): 10 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 114903
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueDiffraction-IDNet I/σ(I) obs% possible all
1.801-1.853.31.0010.8381.4837425240.6060.5411.0010.83811.498.7
1.85-1.93.30.7480.6271.9820124510.7220.4050.7480.6271.9100
1.9-1.953.40.6210.5212.3796423640.7610.3350.6210.5212.399.9
1.95-2.013.40.4530.383.1785523350.8620.2450.4530.383.1100
2.01-2.083.40.3480.2914.1760222680.9120.1880.3480.2914.199.9
2.08-2.153.40.2720.2285.3735621820.9480.1470.2720.2285.3100
2.15-2.233.40.2120.1786.7710021060.9620.1140.2120.1786.7100
2.23-2.333.40.1680.1418.2686720420.9790.0910.1680.1418.299.8
2.33-2.433.40.1430.129.6654719410.9830.0770.1430.129.6100
2.43-2.553.40.1240.10411633818680.9860.0670.1240.10411100
2.55-2.683.40.0990.08313.4601917840.9920.0530.0990.08313.4100
2.68-2.853.40.0790.06716.5559816620.9940.0430.0790.06716.5100
2.85-3.043.40.0620.05220.1537415850.9970.0330.0620.05220.1100
3.04-3.293.40.0520.04423.7495414670.9970.0280.0520.04423.799.9
3.29-3.63.40.0410.03530.2455313570.9980.0220.0410.03530.299.8
3.6-4.033.30.0370.03134.4411512320.9980.020.0370.03134.499.6
4.03-4.653.30.030.02540.1357910750.9990.0160.030.02540.199.6
4.65-5.73.30.0290.02538.230359160.9990.0160.0290.02538.299.6
5.7-8.053.30.0320.02738.223667240.9980.0170.0320.02738.299.1
8.05-46.8830.0310.02642.811063730.9980.0170.0310.02642.893.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0107精密化
XDSVERSION January 10, 2014データ削減
XDSVERSION January 10, 2014データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y98

2y98


解像度: 1.801→46.884 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 6.282 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 4. THE HEME IRON IS MODELED AS FE2+ AND IS LIKELY REDUCED BY X-RAY EXPOSURE. 5. DUE TO EVIDENCE OF RADIATION DAMAGE, ONLY THE FIRST 160 DEGREES OF DATA COLLECTED WERE USED FOR THE FINAL REFINEMENT DATASET. 6. CHLORIDE, MAGNISIUM AND PEG FRAGMENTS FROM THE CRYSTLLIZATOION CONDITIONS HAVE BEEN MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1999 1760 5.1 %RANDOM
Rwork0.159 32474 --
obs0.1611 34234 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.61 Å2 / Biso mean: 32.207 Å2 / Biso min: 14.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20 Å20.2 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→46.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2797 0 86 154 3037
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193173
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6582.0014357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99736871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0575408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.46623.431137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.11215497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3791528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9554.591570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9554.5891569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4498.5332000
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 128 -
Rwork0.267 2392 -
all-2520 -
obs--98.67 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.088 Å / Origin y: 27.452 Å / Origin z: 45.398 Å
111213212223313233
T0.0252 Å20.015 Å20.0084 Å2-0.0799 Å20.009 Å2--0.0083 Å2
L0.3218 °20.2264 °20.0165 °2-0.2929 °20.1573 °2--0.8041 °2
S-0.0273 Å °-0.0153 Å °-0.047 Å °0.0212 Å °0.0269 Å °-0.0216 Å °0.0046 Å °0.1122 Å °0.0003 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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