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- PDB-4z55: Anaplastic lymphoma kinase catalytic domain complexed with pyrazo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z55
タイトルAnaplastic lymphoma kinase catalytic domain complexed with pyrazolopyrimidine derivative of LDK378
要素ALK tyrosine kinase receptor
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / catalytic domain / transferase / inhibitor / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway ...ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway / response to environmental enrichment / ALK mutants bind TKIs / swimming behavior / regulation of neuron differentiation / positive regulation of dendrite development / Signaling by ALK / phosphorylation / response to stress / adult behavior / neuron development / negative regulation of lipid catabolic process / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / energy homeostasis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / hippocampus development / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / heparin binding / regulation of cell population proliferation / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / regulation of apoptotic process / receptor complex / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ALK/LTK, Glycine-rich domain / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily ...: / ALK/LTK, Glycine-rich domain / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4LO / ALK tyrosine kinase receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Lee, C.C. / Spraggon, G.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Design and synthesis of novel selective anaplastic lymphoma kinase inhibitors.
著者: Michellys, P.Y. / Chen, B. / Jiang, T. / Jin, Y. / Lu, W. / Marsilje, T.H. / Pei, W. / Uno, T. / Zhu, X. / Wu, B. / Nguyen, T.N. / Bursulaya, B. / Lee, C. / Li, N. / Kim, S. / Tuntland, T. / ...著者: Michellys, P.Y. / Chen, B. / Jiang, T. / Jin, Y. / Lu, W. / Marsilje, T.H. / Pei, W. / Uno, T. / Zhu, X. / Wu, B. / Nguyen, T.N. / Bursulaya, B. / Lee, C. / Li, N. / Kim, S. / Tuntland, T. / Liu, B. / Sun, F. / Steffy, A. / Hood, T.
履歴
登録2015年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALK tyrosine kinase receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0004
ポリマ－38,2381
非ポリマー7623
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area510 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.560, 57.520, 105.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ALK tyrosine kinase receptor / Anaplastic lymphoma kinase


分子量: 38237.871 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1072-1410 / 変異: S1281G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UM73, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-4LO / N~6~-[5-methyl-4-(1-methylpiperidin-4-yl)-2-(propan-2-yloxy)phenyl]-N~4~-[2-(propan-2-ylsulfonyl)phenyl]-2H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine-4,6-diamine


分子量: 577.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H39N7O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: citric acid, bis-tris propane, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 45757 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 15.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 0.917 / Net I/av σ(I): 16.418 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 193008
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Χ2% possible allRpim(I) allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.55-1.582.720680.180.68989.9
1.58-1.613.122030.1590.75896.2
1.61-1.643.622690.2630.74898.9
1.64-1.67422970.3990.75299.70.976
1.67-1.714.323010.4230.81599.90.785
1.71-1.754.422960.5040.84599.90.62
1.75-1.794.423090.6450.85899.80.4920.97
1.79-1.844.422960.7380.8851000.40.7850.887
1.84-1.894.423120.8210.95599.70.3090.6130.691
1.89-1.954.422910.8930.96899.60.2210.4350.491
1.95-2.024.422870.9430.97499.40.1550.3080.346
2.02-2.14.423240.9611.02899.40.1160.2310.261
2.1-2.24.423060.9741.01599.10.090.1780.201
2.2-2.324.523040.9851.00498.90.0680.1350.152
2.32-2.464.522940.9891.00398.20.0550.1080.122
2.46-2.654.523120.9890.96998.50.0480.0940.106
2.65-2.924.522960.9891.00797.70.0420.0820.093
2.92-3.344.423040.9931.02497.30.0310.060.068
3.34-4.214.423090.9980.95495.60.020.0410.046
4.21-504.523790.9990.83293.40.0130.0260.029

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
BUSTER位相決定
精密化解像度: 1.55→46.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9451 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9279 / SU R Cruickshank DPI: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Blow DPI: 0.104 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.101
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2081 1602 4.92 %RANDOM
Rwork0.1843 ---
obs0.1855 32543 70.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 98.6 Å2 / Biso mean: 20.63 Å2 / Biso min: 3.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0427 Å20 Å20 Å2
2--1.1681 Å20 Å2
3----1.1253 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.191 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→46.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2280 0 53 197 2530
Biso mean--20.51 30.92 -
残基数----294
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d831SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes53HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes357HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2430HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion311SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies8HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3018SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2430HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3308HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.08
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.6 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2132 1 3.45 %
Rwork0.2016 28 -
all0.202 29 -
obs--70.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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