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- PDB-4z3z: Active site complex BamBC of Benzoyl Coenzyme A reductase in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z3z
タイトルActive site complex BamBC of Benzoyl Coenzyme A reductase in complex with Zinc
要素
  • Benzoyl-CoA reductase, putative
  • Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / aromatics / reductase / Benzoyl-CoA / anaerobic
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4Fe-4S binding domain / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A; domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A, domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase; A, domain 1 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 2 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase-like, C-terminal ...4Fe-4S binding domain / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A; domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A, domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase; A, domain 1 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 2 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase-like, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain superfamily / : / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domains 2 & 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / 4-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MTE / IRON/SULFUR CLUSTER / Unknown ligand / : / Benzoyl-CoA reductase, putative / Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.666 Å
データ登録者Weinert, T. / Kung, J.W. / Weidenweber, S. / Huwiler, S.G. / Boll, M. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of enzymatic benzene ring reduction.
著者: Weinert, T. / Huwiler, S.G. / Kung, J.W. / Weidenweber, S. / Hellwig, P. / Stark, H.J. / Biskup, T. / Weber, S. / Cotelesage, J.J. / George, G.N. / Ermler, U. / Boll, M.
履歴
登録2015年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22015年7月8日Group: Database references
改定 1.32015年7月29日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzoyl-CoA reductase, putative
B: Benzoyl-CoA reductase, putative
C: Benzoyl-CoA reductase, putative
D: Benzoyl-CoA reductase, putative
E: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
F: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
G: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
H: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,14348
ポリマ－376,1188
非ポリマー10,02540
水00
1
A: Benzoyl-CoA reductase, putative
D: Benzoyl-CoA reductase, putative
E: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
F: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,07124
ポリマ－188,0594
非ポリマー5,01320
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19040 Å2
ΔGint-331 kcal/mol
Surface area57160 Å2
手法PISA
2
B: Benzoyl-CoA reductase, putative
C: Benzoyl-CoA reductase, putative
G: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
H: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,07124
ポリマ－188,0594
非ポリマー5,01320
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18620 Å2
ΔGint-329 kcal/mol
Surface area57590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.240, 117.430, 143.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' and (resseq 1:652 )
211chain 'B' and (resseq 1:652 )
311chain 'C' and (resseq 1:652 )
411chain 'D' and (resseq 1:652 )

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Benzoyl-CoA reductase, putative / Benzoyl coenzyme A reductase subunit B


分子量: 73895.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
遺伝子: bamB-1, Gmet_2087
発現宿主: Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
参照: UniProt: Q39TV8
#2: タンパク質
Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein / Benzoyl coenzyme A reductase subunit C


分子量: 20133.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
遺伝子: bamC-1, Gmet_2086
発現宿主: Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
参照: UniProt: Q39TV9

-
非ポリマー , 6種, 40分子

#3: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物
ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン


分子量: 395.352 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6PS2
#6: 化合物
ChemComp-W / TUNGSTEN ION


分子量: 183.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: W
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 3.8 % PEG 4000 0.2 M LiCl 2 mM DTT 1 mM ZnSO4 0.2 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.666→82.511 Å / Num. all: 109678 / Num. obs: 106725 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.96 % / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 6.68
反射 シェル解像度: 2.666→2.73 Å / 冗長度: 3.88 % / Rmerge(I) obs: 1.69 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z40

4z40


解像度: 2.666→82.511 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2742 1389 1.3 %
Rwork0.2315 --
obs0.232 106469 97.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.666→82.511 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25790 0 336 0 26126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00826932
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81436413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.08510149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0293887
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034684
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A5180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B5180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
13C5180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
14D5180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6657-2.7610.42631280.40279988X-RAY DIFFRACTION93
2.761-2.87150.3911410.373410444X-RAY DIFFRACTION97
2.8715-3.00220.39241380.350210492X-RAY DIFFRACTION98
3.0022-3.16050.34151380.306910560X-RAY DIFFRACTION98
3.1605-3.35850.35071450.288410586X-RAY DIFFRACTION98
3.3585-3.61780.30881330.273810552X-RAY DIFFRACTION98
3.6178-3.98190.27951390.233610609X-RAY DIFFRACTION98
3.9819-4.5580.2331410.202910593X-RAY DIFFRACTION98
4.558-5.74240.2381420.185210689X-RAY DIFFRACTION98
5.7424-82.55040.20921440.168410567X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24580.0229-0.49951.1709-0.59530.6951.85130.74592.3166-0.8379-0.1241-0.667-1.9454-0.5231.14542.29330.49731.48230.45490.6682.1882-6.754357.6431.0775
20.1024-0.1080.24080.9042-0.52550.55261.16241.41221.4935-0.5898-0.4592-0.28-1.3953-1.6562-0.0142.86121.6231.63071.38221.98052.2289-13.633660.790116.6782
30.2998-0.56920.291.5188-0.42870.20270.3180.65951.0403-0.56060.03440.3337-0.6632-0.420.05912.21951.85471.05881.68311.33112.1762-32.142164.93927.289
42.1524-0.7099-1.39252.58181.21381.94970.02620.1621-0.1022-0.4614-0.1294-0.8294-0.0520.09130.10420.69790.12930.20220.52650.08190.9411-29.732955.742971.757
51.55480.3752-0.78122.83730.71181.94650.0062-0.5028-0.18610.4508-0.1453-0.40650.17960.11650.18460.40210.1097-0.15060.52710.05680.5559-35.50462.539495.9836
60.4437-0.2627-0.44161.66350.99791.724-0.3773-0.548-0.09190.05380.3285-0.90590.46650.960.04790.67140.30370.06921.05450.08211.5772-10.850150.652386.5613
70.83430.4614-0.29511.06030.02741.3588-0.51310.7103-1.15640.0714-0.29830.40010.7399-0.89190.00240.9409-0.56520.25491.1668-0.86991.1084-88.727425.329385.4628
81.86570.207-1.56261.12230.19822.3365-0.39980.2802-0.71810.4467-0.08840.76610.377-0.80450.17060.5131-0.276-0.03551.0646-0.37690.7321-95.366636.6259101.4247
91.91840.0139-1.08990.9323-0.40842.73160.2747-1.63150.07950.0597-0.1633-0.30980.06571.5378-0.09910.5536-0.0594-0.02011.0159-0.11860.568447.2323.467715.9931
101.3594-0.4569-1.80110.85671.01932.88141.00930.46661.0272-0.27360.2083-0.0536-1.78190.0763-1.04431.3229-0.05710.50720.7839-0.05131.388539.538447.8544-3.1897
111.56330.3-0.90371.1393-0.38872.1410.5627-0.38060.6338-0.19030.11-0.2716-0.86560.6501-0.00970.6656-0.25310.12270.6212-0.27810.668949.25737.1416-2.3984
120.36980.6989-0.02591.5351-0.52.83540.3223-1.28770.0515-0.0296-0.3268-0.42540.02572.1789-0.22190.6713-0.1820.09362.0614-0.26790.94267.547130.80728.5696
131.341-0.60480.02833.46350.39420.13080.1637-0.80840.61030.53650.07480.1177-0.60740.55270.18991.0365-0.4840.24351.685-0.59910.76237.515638.72935.5911
141.46640.2653-0.45160.5983-0.02560.21380.801-1.1040.51410.0756-0.026-0.097-0.45911.1143-0.31870.7429-0.17620.01260.962-0.22860.610626.313630.508932.8418
151.2770.11050.26440.4539-0.12040.09730.4122-0.63310.14730.09660.2537-0.19180.0450.30330.21471.3594-0.90070.38871.6572-0.6791.118234.279346.128440.5095
163.5359-0.6097-0.77113.3207-2.67892.62480.2536-0.24850.28410.27060.4129-0.2411-0.10240.0415-0.43071.4356-0.36570.08761.9436-0.21921.48231.956232.943956.6071
170.02570.0119-0.01120.02730.00230.00720.1262-1.3095-0.83090.80260.3929-0.16250.3950.0867-0.30641.507-0.198-0.03271.70150.38691.38195.220921.804860.833
182.8511-0.7635-2.01752.19971.01082.24061.0345-0.49761.1-0.38240.0613-0.7834-0.7880.6677-0.27570.6738-0.11140.02670.527-0.07130.54618.87835.57235.5227
191.3425-0.1314-0.6660.48-0.19741.22570.0908-0.6762-0.08910.1118-0.77470.01970.31950.1170.58611.3747-0.1666-0.07022.6011-0.26441.033912.201925.846954.4243
200.8487-0.1202-0.26141.0648-0.26551.2798-0.41620.5403-0.8344-0.7430.0986-0.23710.4016-0.49620.18930.798-0.13820.25730.6157-0.24631.0842-43.635334.860868.622
211.4262-0.42760.01011.13810.06510.84910.12830.862-0.2028-0.3194-0.2663-0.25490.3277-1.06250.03520.6742-0.13970.06281.0056-0.28890.649-57.452542.722169.2333
222.06230.1872-0.85340.5954-0.7423.06610.16961.2273-0.13-0.4443-0.2178-0.0230.1499-0.41240.29090.8366-0.06610.16731.251-0.17760.8651-54.902842.804663.8845
231.57770.8241-0.40482.55220.85380.6466-0.47760.6951-0.9421-0.5956-0.2402-0.26250.9576-0.34970.33841.1082-0.0820.45130.7906-0.30391.2607-43.084330.409964.0537
241.6208-0.7871-1.00681.5334-0.82492.1335-0.21540.7573-0.9638-0.1428-0.1186-0.14840.6048-0.51540.29761.0776-0.02010.39970.5709-0.04931.3063-49.190924.756376.2741
253.4928-1.55440.11422.18421.61521.90130.26220.0546-0.19630.1215-0.27870.20150.3359-0.29320.06771.3541-0.45690.42171.7883-0.69241.3404-60.619820.076259.3583
261.53831.8093-2.20786.8157-0.77696.68410.03060.4817-0.3304-0.3435-0.1280.32020.58880.05320.11821.311-0.34090.2781.863-0.76341.4231-52.184233.560847.7286
271.8538-1.1067-1.7140.8850.89461.6620.21180.4927-0.1863-0.3947-0.09590.02480.0656-0.1161-0.00181.7442-0.37560.06352.4882-0.44870.7606-48.588137.537137.0471
282.32331.1421-0.52543.0649-1.24840.84910.11250.88030.0385-0.3991-0.1994-0.1471-0.33570.59480.10890.75780.0294-0.20511.1646-0.16410.2433-65.780951.934161.3308
291.87110.47671.30260.70810.2990.9368-0.2070.9427-0.4283-0.4842-0.11120.14750.4395-0.50710.0870.8088-0.1571-0.03421.4622-0.39640.7167-78.207237.144971.9075
302.5884-0.78081.56531.40060.17451.8261-0.18931.2401-0.5425-0.5203-0.3420.0010.2173-0.35290.4720.8629-0.14420.1350.9133-0.36990.9342-61.936433.855471.2151
312.39120.71240.71390.8835-0.39480.7915-0.01271.1911-1.0141-0.3044-0.3772-0.18980.2143-0.32040.02090.9086-0.1870.11.5788-0.48390.7174-72.01236.224865.8175
323.5854-0.7822-2.64032.3487-0.08492.1504-0.13290.76010.2421-0.5866-0.2921-0.3001-0.5957-0.36880.21270.8124-0.1034-0.27121.2381-0.05430.418-66.586351.916464.6462
332.91211.51441.52930.79580.81150.8188-0.04880.7679-0.3164-0.1366-0.0683-0.43610.22130.12250.0551.5957-0.18380.4461.534-0.27640.9018-43.83332.061544.4433
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 297 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 298 through 564 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 565 through 652 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 257 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 258 through 416 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 417 through 652 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 257 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 258 through 652 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 257 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 258 through 297 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 298 through 510 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 511 through 652 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 7 through 43 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 44 through 114 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 115 through 149 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 150 through 163 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 164 through 174 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 7 through 140 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 141 through 176 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 7 through 54 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 55 through 84 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 85 through 104 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 105 through 127 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 128 through 140 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 141 through 150 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 151 through 162 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 163 through 175 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 6 through 15 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 16 through 57 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 58 through 84 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 85 through 127 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 128 through 151 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 152 through 174 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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